Узнав об этом, царь Федор направил в Новгород С.М. Лобанова-Ростовского на место Долгорукого и приказал сформировать новые полки: Большой полк возглавил боярин Т.Р. Трубетовский. Новые воеводы были направлены в Ладогу и Орешек.
Осенью шведы вновь попытались напасть на Новгород. Против них по царскому указу выступили во главе Большого полка Б.Ю. Сабуров и С.М. Лобанов, во главе Передового полка П.Н. Шереметев и М.Г. Волынский, Сторожевого С.Ф. Сабуров и В.А Звенигородский. Поскольку положение складывалось очень опасное, то Федор направил в Новгород своих ближних бояр и воевод С.В. Годунова и И.В. Годунова. Они должны были возглавить оборону города.
После всех внезапных атак шведов в декабре было решено совершить ответный поход к Выборгу и дальше. Во главе полков встали самые видные воеводы: Ф.И. Мстиславский и И.В. Годунов (Большой полк), Ф.М. Трубецкой и Ф.А. Ноготков (Правой руки), Н.Р. Трубецкой и Н.И. Плещеев (Передовой полк), Т.Р. Трубецкой и Ф.И. Хворостинин (Сторожевой полк), С.В. Годунов и В.И. Бахтеяров (Левой руки), Б.Я. Вельский (у наряда). Одновременно к Ивангороду были направлены три полка во главе с татарскими царевичами. Им было велено начать осаду Ругодива (Нарвы).
Долгое время обстановка на русско-шведской границе была неспокойной. Той же зимой три полка под началом П.Н. Шереметева, Г.П. Ромодановского и А.Ф. Жирового-Засекина были направлены в устье Наровы. Три полка стояли в Тесове для охраны подступов к Новгороду. Одновременно небольшой отряд стрельцов и казаков напал со стороны Соловецких островов на шведские земли и с хорошей добычей вернулся назад. Новые воеводы появились в Новгороде: боярин В.И. Шуйский, окольничие И.В. Гагин и П.С. Лобанов. Летом 1592 г. из Копорья была направлена на шведское побережье плавная рать во главе с А.Ф. Жировым-Засекиным. В Наровском устье вновь стояли три полка во главе с П.Н. Шереметевым, М.Г. Салтыковым и Г.П. Ромодановским. Летом следующего года по морю на Росну напали три полка во главе с теми же воеводами. Осенью в Ивангороде вспыхнула эпидемия инфекционной болезни (моровое поветрие), и многие воеводы умерли. Пришлось снова отправлять туда государевых людей, чтобы его оборона не ослабла.
В 1591 г. при неясных обстоятельствах в Угличе погиб, якобы напоровшись на нож в припадке эпилепсии, последний из прямых наследников престола царевич Дмитрий. Народная молва, а также обвинения, инспирированные противниками Годунова, приписывали ему организацию убийства царевича с целью захвата власти. Однако историки не располагают убедительными документами, которые доказывали бы виновность Годунова.
Только после смерти в 1592 г. короля Юхана III положение на границе со Швецией стабилизировалось. Польскому королю Сигизмунду не удалось получить отцовский трон. Он был захвачен его дядей Карлом, ставшим непримиримым врагом Речи Посполитой. Это способствовало улучшению отношений Швеции с Россией. Уже в 1593 г. начались мирные переговоры. С русской стороны их возглавили окольничий И.С. Туренин, Е.М. Пушкин и дьяки Г. Клобуков и П. Дмитриев. Съезды послов продолжались достаточно долго. Только в мае 1595 г. в Тявзино был подписан договор «о вечном мире». По его условиям Швеция возвращала России Ивангород, Ям, Копорье и Корелу с уездом. Россия же отказывалась от своих притязаний на Нарву. Это давало возможность Швеции контролировать русскую торговлю через Прибалтику. Но выход в Балтийское море Россия все же себе вернула, хотя без сильного флота установить отношения с европейскими странами этим путём было невозможно.
Победа над Швецией существенно подняла авторитет царя Фёдора Ивановича на международной арене. Многие стали понимать, что «Москва теперь не старая и не боится поднять оружие против победителей Гоозного, и царь, которого некоторые называли не способным править, водит сам свои полки».
Приверженцы Федора в Литве и Польше стали поговаривать, что «надобно от Москвы беречься уже не Полоцку, не Ливонской земле, а надобно беречься от нее Вильне», т. е. столице Литвы. Федор, правда, таких далеко идущих планов не строил. К войне он прибегал лишь как к последнему средству разрешения международных конфликтов. Значительно больше внимания он уделял международным контактам. Поэтому посольства из самых различных стран были частыми гостями в Кремлевском дворце. В течение 1586/89 годах в г. Москве побывали представители Англии, Турции, Ирана, Бухары, Франции, Речи Посполитой, Римской империи, Кахетии, Крыма, Ногайской орды. Все они стремились к расширению всевозможных контактов с Русским государством: торговых, военных, дипломатических. Это опять же было свидетельством роста международного авторитета страны и ее правителя.
В 1598 году умер Фёдор Иванович. Старая династия прекратилась из-за того что Фёдор I был бездетным. На вновь собравшемся совете бояр в Земском соборе был избран новый царь, — Борис Годунов. Но многие знатные бояре были недовольны его избранием. Они помнили о гонениях и опалах.