Шли слухи о его причастности к гибели младшего сына царя Ивана IV Грозного, царевича Дмитрия в Угличе, который погиб при загадочных обстоятельствах.
Возобновились ссылки, пострижения в монахи. Романовы были не исключением.
Три года подряд, с 1600 г., весной и летом шли по стране проливные дожди. Ранней осенью их сменяли заморозки, хлеба не вызревали, погибали на корню. Разразился страшный голод. На юго-западные и южные окраины бежали тысячи крестьян, холопов, посадских людей. Там скапливался горючий материал, готовый вспыхнуть в любое время. Власти именуют этих людей «ворами», «разбойниками», «лихими людьми». И недаром — ведь они нападают на богатых людей. Было известно, что у них имелись большие запасы хлеба от прошлых лет. Но они приберегали его, чтобы взвинтить цены и нажиться.
Уже с 1601 года, началось смятение по Русской земле. Задача нового царя и его советников заключалась в преодолении хозяйственной разрухи. Дав некоторые льготы дворянству и посадским людям, правительство в то же время пошло по пути дальнейшего закабаления крестьянства. Это вызвало недовольство широких народных масс. Крестьяне связывали ухудшение своего положения с именем Бориса. Они утверждали, что их закрепостили при царе Федоре Ивановиче по наущению боярина Бориса Федоровича Годунова.
Положение в стране еще более обострилось из-за неурожая. В 1601 г. более двух месяцев шли дожди. Потом очень рано, в середине августа ударили морозы и выпал снег, что привело к гибели урожая. В несколько раз выросли цены, началась спекуляция хлебом. В следующем, 1602 году посевы озимых вновь не дали всходов. Снова, как и в прошлом, наступили ранние холода. Цены выросли уже более чем в сто раз. Ели собак, кошек, кору деревьев. Начались массовые эпидемии. В Москве были отмечены случаи людоедства.
Борис Годунов организовал государственные работы. Он привлекал москвичей и хлынувших в столицу беженцев к строительству, используя уже имевшийся опыт возведения колокольни Ивана Великого, раздавая хлеб из государственных закромов, разрешил холопам уходить от своих господ и искать возможности прокормиться. Но все эти меры не имели успеха. Поползли слухи, что на страну наложено наказание за нарушение порядка престолонаследия, за грехи Годунова.
В 1603/04 годах в центре страны вспыхнуло восстание холопов под предводительством Хлопка Косолапа. Оно было жестоко подавлено, а Хлопок казнен в Москве.
Нестабильность экономики и социальные конфликты люди того времени объясняли, как божью кару за неправедные действия незаконного, «безродного» царя — Бориса Федоровича Годунова. Борис, всячески стремясь сохранить власть, делал все, чтобы убрать потенциальных претендентов. Так, одного из самых близких по крови к Федору Ивановичу его двоюродных братьев — Федора Никитича Романова насильно постригли в монахи и сослали в дальний монастырь (неподалеку от Архангельска) под именем Филарет.
Широкое распространение получили слухи, что жив царевич Дмитрий, «чудесно спасшийся» в Угличе. В 1602 году в Литве объявился человек, выдававший себя за царевича Дмитрия. Он поведал польскому магнату Адаму Вишневецкому, что его подменили «в спальне угличского дворца». Покровителем Лжедмитрия стал воевода Юрий Мнишек.
Согласно официальной версии правительства Бориса Годунова человек, выдававший себя за царевича Дмитрия, был монах Григорий (в миру — мелкий дворянин Юрий Богданович Отрепьев). Юшка, как его звали в молодости, проявил незаурядные способности — знал латинский и польский языки, имел каллиграфический почерк, обладал редкой способностью быстро ориентироваться в конкретной обстановке. В молодости он был слугой Федора Никитича Романова, после ссылки которого постригся в монахи. В Москве он жил в расположенном в Кремле Чудовом монастыре (ныне не существует) и служил при патриархе Иове.
В 1604 году Лжедмитрий с помощью польских магнатов, навербовав две тысячи наемников и используя недовольство казаков, предпринял поход на Москву. Его поддерживали многие бояре и дворяне, недовольные Годуновым. Поддерживали Лжедмитрия и народные массы, связывавшие с ним надежды на избавление от гнета и улучшение своего положения.
Борис Годунов в борьбе со Лжедмитрием I допустил целый ряд ошибок. Не веря, что самозванца поддержит народ, он поздно объявил указ о том, кто стоит за спиной якобы воскресшего царевича Дмитрия. Проявив нерешительность, Годунов не возглавил поход против самозванца. Судьба Лжедмитрия решалась под г. Кромы: маршрут движения на Москву сознательно был избран через районы, где жило казачество и было много беглых крестьян. Под Кромами царские войска перешли на сторону самозванца.
Этому событию предшествовала неожиданная смерть Бориса Федоровича Годунова на 54-м году жизни. Еще утром 13 апреля 1605 г. он принимал послов. После обеда и небольшой прогулки кровь хлынула у него из носа и ушей, царь скончался. Спустя сутки состоялась церемония присяги новому царю — сыну Бориса шестнадцатилетнему Федору Борисовичу.