Юхан в ответ написал царю Фёдору:
Все это свидетельствовало о неизбежности войны со Швецией.
Летом и осенью 1589 г. шла подготовка похода на Нарву. Были укреплены гарнизоны пограничных со Швецией городов. В июне в Орешек были отправлены воеводы А.И. Вельяминов-Воронцов, новгородский помещик В.И. Белоутов-Редегин и князь И.А. Мещерский для починки крепостных сооружений, сбора продовольствия и приведения гарнизона в боевую готовность. Для этих же целей в Ладогу поехали воеводы М.В. Ноздреватый и Ф. Наумов. Последний было начал местнический спор с Ноздреватым, но царь отказался его разбирать, поскольку служба не требовала отлагательств.
19 июня были отправлены в Псков ещё несколько человек. Для укрепления гарнизона Ладоги туда направили еще Е.И. Сабурова и Ф.И. Кобылина. В Орешек поехал С.Ф. Сабуров, также состоящий в родстве с Годуновыми. Особо был укреплён гарнизон Великого Новгорода.
Туда в июле с Береговой службы направился боярин И.И. Голицын, окольничий И.И. Сабуров и Г.И. Морозов. Царский родственник И.И. Сабуров попытался было местничать с князем Голицыным, но лишь вызвал гнев Федора. По его указу строптивого окольничего, отказавшегося взять роспись полков в сложное время, отправили на неделю в тюрьму, а потом заставили служить под началом боярина. Этим царь показывал, что стремится к справедливости и наказывает даже своих родственников.
В сентябре 1589 г. в Новгород были отправлены окольничий П.С. Лобанов и думный дворянин Р.М. Пивов нанимать дворы для размещения царского эскорта, который должен был прибыть зимой.
26 октября и 21 ноября царь по своему обычаю устроил пир. На одном из пиров было решено, что государево войско во главе с самим царем Федором выступит 14 декабря по направлению к Новгороду.
Царица Ирина, сестра Бориса Годунова и супруга Фёдора I, ни за что не хотела расставаться с мужем. Хотя женщины никогда прежде не сопровождали царей в военные походы, но для неё было сделано исключение. Договорились, что Ирина поедет до Новгорода, и там останется до окончания военной кампании.
В то самое время в столицу был отозван боярин С.В. Годунов, который вместе с дьяком Е. Вылузгиным должен был управлять городом и сообщать царю обо всех неотложных делах.
Рано утром 14 декабря Фёдор встал засветло. Помолившись с духовником у изображений мучеников Фирса, Левкия, Калинника и других, он направился к царице, чтобы узнать, все ли готово к поездке. Затем вместе с ней направился в кремлёвские соборы. Помолившись у гробов предков в Архангельском соборе, царская чета направилась в Успенский собор, где патриарх Иов организовал массовый молебен о даровании победы над недругом шведским королем Юханом. После обедни Федор получил от патриарха благословение и выслушал вместе со всеми воеводами напутственное слово. Затем войско построилось и торжественным шагом выехало из ворот Кремля. Впереди на превосходном аргамаке в сверкающей золотом одежде ехал Фёдор Иванович. Огромные толпы москвичей радостно приветствовали своего государя. Они видели, что он сам способен повести полки в бой и с оружием в руках отстоять интересы своего государства, как завещал ему его воинственный отец.
Войско Фёдора двигалось той же дорогой, какой шли когда-то в Ливонские походы его отец с братом и он сам в 1572 и 1577 годах. Через десять верст в селе Яковлеве была устроена первая остановка. Ещё через десять верст, вторая, у Чёрного Яма. Всего же было запланировано 20 остановок с ночёвками.
Окольничие М.Ф. Кашин и Д.А. Замыцкий заранее побеспокоились о том, чтобы в намеченных пунктах было жильё и пища для Фёдора, Ирины и их придворных, корм лошадям. На этот раз никаких неприятностей, как когда-то с больной царицей Анастасией, не было.
4 января 1590 года Фёдор с Ириной прибыли в Новгород, радостно приветствуемые его жителями. Уже 5 января состоялся военный совет всех воевод. Было решено на следующий день на Ругодивскую дорогу отправить разведывательный полк под началом В.К. Черкасского и Д.И. Вельяминова, чтобы не допустить внезапного нападения шведов на Новгород. Ему следовало расположиться в селе Тесове в 60 км от города.
Поскольку в поход пошёл сам царь, то при нём был сформирован особый Дворовый полк во главе с шуриным Б.Ф. Годуновым и двоюродным братом Ф.Н. Романовым, ближайшими царскими родственниками.
