Во главе заговора, обширного и опасного для русских, стали шахрисябские беки Джура-бий и Баба-бий, оба решительные и храбрые. По их плану бухарские войска отнюдь не должны были принимать боя, а, отступая внутрь страны, завлекать русских все дальше и дальше, пока шахрисябцы при помощи городских жителей не овладеют Самаркандом. В заговоре участвовал и хан коканский, которого обязали выставить значительные силы на правый берег Сырдарьи, чтобы в случае успеха идти прямо к Ташкенту, где вырезать все русское население. Таким образом беки задались мыслью не только очищения долины Зарявшана, но полного изгнания русских из пределов Туркестанского края. Нашими друзьями остались лишь евреи; все же мусульманское население долины превратилось в явных или тайных врагов, возмечтавших о скором освобождении священного города. Они вели свое дело осторожно, с тонким расчетом; по-видимому, все обещало им полный успех. К счастью, хорошо задуманные замыслы потерпели крушение: ничтожный по численности гарнизон Самарканда оказал героическую стойкость, бухарцы приняли битву на Зерабулакских высотах, наконец предусмотрительный главнокомандующий повернул после победы назад на выручку Самарканда. Самаркандская цитадель, в которой был сосредоточен наш гарнизон, имела фигуру неправильного многоугольника, около версты длиной и 300 саженей поперек; вся ее площадь была сплошь занята казармами, саклями, несколькими мечетями, кладбищем и дворцом эмира, с его знаменитой тройной залой Тамерлана. В случае опасности защитой самаркандской цитадели могла служить только солдатская грудь, потому что ветхая, простоявшая целые века без ремонта и сложенная из глины стена, от 3 до 6 саженей высотой, давно осыпалась, местами обвалилась. Вместо рва цитадель была окружена глубоким оврагом, но не всегда вплотную; одной своей стеной она примыкала к садам, а двумя другими к городу; ворота, как бухарские, так и самаркандские, открывались прямо в улицы, почему и нельзя было из цитадели обстреливать прилежащую местность. Где только было возможно, под самой стеной лепились городские сакли, которые без труда могли быть обращены в галереи, удобные для пробивания стен, а крыши этих саклей позволяли легко взбираться наверх. Вдобавок ко всему цитадель стояла на бугре, что давало возможность совершенно безнаказанно обстреливать ее внутренность с городских мечетей, медресе и вообще высоких зданий, откуда она открывалась вся как на ладони. Наши успели только насыпать 2 барбета возле кладбища, что у самаркандских ворот, да обрыть часть осыпавшегося оврага, чем и кончились приспособления для обороны.
Нашему самаркандскому гарнизону, всего-то в 558 человек — кроме казаков, сапер и артиллеристов — надо было защищать окружность стены в 2,5 версты; в лазарете лежало 450 больных и слабых, требовавших ухода. Хорошо еще, что хранился большой запас патронов, муки, крупы, но мало было соли и мяса.
Тотчас же по выступлении Кауфмана на Каты-Курган в окрестностях Самарканда стали скапливаться большие вооруженные шайки. Между тем аксакалы, как ни в чем не бывало, продолжали являться в цитадель, заверяя в своей покорности и преданности. Два раза им удалось вызвать из цитадели майора Штемпеля, оставленного за коменданта с ротой солдат, чтобы отбить враждебные шайки, и во второй раз, когда Штемпель возвращался в цитадель, он должен был войти в бухарские ворота силой; после этого случая их заперли наглухо. Аксакалы надеялись, что в отсутствие войск можно будет занять цитадель без выстрела. А мы им верили до последней минуты, несмотря на то что евреи давно уже предупреждали об измене самаркандцев. Однако, как только опасность стала очевидной, гарнизон воспрянул духом: раненые, больные, чиновники и русские купцы пожелали принять участие в защите. В то время в Самарканде находились по своим торговым делам Хлудов, Трубчанинов, Иванов, гостил художник Верещагин — всего набралось добровольных защитников с первого же дня осады 140 человек. Душой обороны стал подполковник Назаров, командир 9-го линейного батальона, бывший тогда в лазарете на излечении; он охотно подчинился младшему в чине коменданту.
На западной стене, к стороне садов, расставили нестроевых — музыкантов, писарей, фурштатов; в углу между обоими воротами — сапер; прочие стены заняли часовыми, а у ворот выставили караулы; две бухарские пушки вкатили на барбеты возле мечети, четыре орудия оставили в резерве. Вот все, чем располагала защита.
