В 1827г. году Главное правление, получив сведения с Камчатки о появлении большого количества каланов в районе Курильских островов, решило возобновить там свое поселение, существовавшее на острове Уруп до 1805 г. Новое селение должно было стать промысловой базой для партии алеутских байдарок, направленных сюда для добычи ценного зверя. Чистякову было предложено "вновь завести на Урупе прочную оседлость… а партовых алеут прислать туда из Михайловской крепости, где они бесполезны по недостатку в там бобра".
Помимо чисто экономических соображений, существовали и политические причины для основания нового поселения на Курильских островах, особенно после заключенных в 1824 и 1825 гг. конвенций: РАК серьезно опасалась появления на своих промысловых территориях иностранных конкурентов. "Кроме надежды на выгоды от промыслов в Курилах Правление Компании сделать там оседлость не менее побуждается и политическими видами, особливо в теперешних обстоятельствах".
По указанию директората Чистяков направил в 1828г. на бриге "Байкал" под командованием мичмана Этолина на Уруп отряд из 12 русских промышленников и 39 кадьякцев с семействами во главе с опытным Сысоем Слободчиковым. На "Байкал" были погружены лес и доски для строений, товары и продовольствие, 2 большие байдары и 20 байдарок, а также четыре пушки для защиты будущего поселения в случае возможного нападения японцев с Итурупа.
Этолин и Слободчиков с успехом справились с поручением, и на Урупе вновь появилось русское поселение. А в 1829 г. лейтенант Липинский, посланный из Новороссийска на бриге "Чичагов", высадил на Урупе подкрепления находившемуся там отряду и вывез в Макао большое количество накопившейся там пушнины. Первые два года промыслов на Курилах были на редкость успешны, и в 1828-29гг. РАК получила оттуда мехов более чем на 800 000 руб.
Так что предложения Чистякова были отложены в долгий ящик вместе с проектом "особого судна", на котором рукою Якоба Ван-Майера была наложена резолюция: "Столь несовместные качества в одном судне невозможны!". И только когда в 1837г., точно по предсказанию, малеймюты сожгли факторию в Иглемюте и вырезали её персонал, новые директора вернулись к старому проекту. В результате этого появился новый класс судов - юконская шхуна. А спустя 20 лет странные европейскому уху имена: "Кенай", "Чугач", "Кламат" появятся на первых страницах газет и будут упоминаться на биржах, в салонах и страховых компаниях Лондона и Парижа. Задуманные Чистяковым суда ещё скажут своё веское слово в мировой политике, а пока Петр Егорович решил обратить свою энергию на иное кораблестроение, тем более, что после смены на посту главного правителя колоний Баранова суда в Рус-Ам почти не строились. Уже в ноябре 1825г. в Москве был заложен небольшой, 40-тонный бот "Уналашка". В июле 1826г. он был спущен на воду, а в начале августа отправлен "для коммуникаций" в Уналашкинский отдел.
Новое пополнение колониальной флотилии произошло в 1828г.: с московских стапелей сошли еще два бота - "Бобр" и "Сивуч", строительство которых началось здесь в ноябре 1827 г. В мае 1828 г. "Сивуч" под командой шкипера Андрея Ингстрема был направлен на Атха для поддержания сообщения между островами Атхинского отдела. А "Бобр" использовался для снабжения факторий. В декабре 1828 г. в адмиралтействе Москвы был заложен трехмачтовый корабль "Уруп", вошедший в конце следующего года в состав колониальной флотилии. Кроме того, еще в 1827 г. у бостонцев был куплен небольшой бриг "Тэлли-ха", переименованный в "Чичагов".
Федор Петрович Литке, побывавший в Америке в 1827г., с большой похвалой отзывался о состоянии колониальной флотилии. "Управляемые офицерами императорского флота суда содержатся весьма чисто, некоторые даже щеголевато и в воинской дисциплине, что делает равную честь как командирам, так и компании, доставляющей им к тому средства". И действительно, за время правления Чистякова Компания не потеряла ни одного судна: мрачные времена чуть ли не ежегодных морских катастроф, которыми был так богат период правления Баранова, казалось, навсегда канули в лету. Отслужившие своё суда списывались и отправлялись на слом своим ходом, не дожидаясь их гибели.
В 1825г. в Америку отправились сразу 5 барков и четырём из них предназначалось остаться там навсегда. "Архангельск", "Рыльск", "Великий Устюг", "Курск" - славные имена кораблей по 10 и более раз опоясовших земной шар. Они состарились.
"Никакая починка не могла уж укрепить их усталый остов или не допустить течи долее чем до первого шторма. Наскоро подлатанные они должны были доставить в к новому месту службы самый неприхотливый груз - русских чудо-богатырей… Пусть льет сверху сквозь рассохшую палубу; пусть снизу из трюма подступает вода. Ничего. Чай не сахар, не соль, не сукно - даже размокнув убытку не принесет, ведь деньги за провоз из казны уж получены. А ежели вода слишком прибудет можно поставить его к насосам хоть на всю дорогу, пусть отрабатывает свой рацион."