Пополнив свой боевой арсенал, армада двинулась дальше. Морган, чтобы испанцы нс догадались о цели экспедиции — взятии Панамы, — послал часть флота захватить крепость Сан-Лоренсо на реке Чагре. Яростный штурм не дал результата. Пираты отступили, неся большие потери. Снова пошли на приступ. Им удалось подпалить деревянные постройки внутри укреплений. Вспыхнул пожар. От огня взорвался арсенал. Испанцы продолжали мужественно защищаться. Ворваться в крепость удалось лишь после того, как пираты подожгли внешние редуты. Затем началась резня.
Потери нападавших были велики: около сотни убитых и примерно столько же раненых (в операции участвовали 400 человек). У взятых в плен узнали, что в Панаму явился пират-дезертир, ирландец, и сообщил о готовящемся нападении. Губернатор Панамы принял надлежащие меры защиты, усилил гарнизон и устроил засады на дорогах.
Когда прибыл Морган с основными силами, крепость Сан-Лоренсо уже была приведена в порядок. Оставив здесь свой гарнизон, он с отрядом в 1200 человек двинулся на Панаму. По реке на больших кораблях они медленно шли против течения. Селения на пути следования были пусты, еды доставалось слишком мало, подкреплялись главным образом курением табака.
Встретив засаду возле одного поселка, обрадовались возможности поживиться пищей. Бросились в атаку, как на банкет. Испанцы бежали. После них осталось лишь полтораста кожаных мешков из-под хлеба, которые пираты отмочили, поджарили и съели.
Целую неделю они продвигались на каноэ и пешком, страдая от голода. От усталости и истощения едва передвигали ноги. Многие проклинали затею и готовы были возвратиться. Испанцы и индейцы сжигали на их пути поселки и опустошали поля.
На девятый день с горы им открылся Тихий океан. Спустившись в долину, они напали на стадо коров и наконец-то смогли нормально поесть. Увидя вдалеке Панаму, восторженно закричали, словно их там ждали с распростертыми объятиями.
Испанцы дали бой на подступах к городу. Их было примерно вдвое больше, чем флибустьеров. Помимо конницы они имели стадо быков, которым предстояло разрушить пиратские ряды. Однако испанские военачальники просчитались. По болотистой местности конница двигалась медленно. Точным огнем буканьеры обратили ее в бегство. «Бычья атака» тоже не удалась. А пехота, видя приближающихся разъяренных пиратов, дала неприцельный залп, побросала мушкеты и бросилась наутек.
Флибустьеры одержали победу почти без потерь (испанцы потеряли около ста человек). Они подступили к Панаме. Несмотря на отчаянное сопротивление, город был захвачен после двухчасового боя. Морган устроил общий сбор и объявил: у него есть сведения, что все вино в городе отравлено, поэтому категорически запрещается его пить. Он справедливо опасался, что перепившихся победителей смогла бы перерезать и сотня врагов.
Разграбив город, пираты подожгли его. В пламени сгорело много людей, прятавшихся от бандитов, животных, а также произведений искусства и товаров.
Пираты пировали. Они даже прозевали галион с серебром. Как отметил Эксквемелин, «предводителю пиратов было намного милее пьянствовать и проводить время с испанскими женщинами, которых он захватил в плен, нежели преследовать корабль». Пока снарядили погоню, галиона и след простыл.
Морган осуществил организованный грабеж страны. Часть флибустьеров на захваченных кораблях нападала на торговые суда, большинство орудовало на суше. Из Панамы поочередно отправлялись к разным селениям отряды до двухсот человек. Ведь в районе Панамы находились основные склады драгоценных металлов, награбленных испанцами в Перу.
Предполагается, что добыча разбойников составила полмиллиона реалов. Чтобы доставить ее на Атлантическое побережье, потребовалось около двухсот тяжело нагруженных мулов. При дележе не обошлось без споров. Морган в них не участвовал: с группой сообщников отправился восвояси, захватив значительную часть сокровищ. Считается, что он, вопреки пиратскому кодексу чести, урвал у своих товарищей четвертую часть от причитавшейся им доли. Алчный предводитель флибустьеров не остановился перед предательством — первым, но не последним в своей жизни: обманул товарищей, обокрал грабителей. Несколько кораблей французских пиратов пошли за ним в погоню, но не смогли догнать.
Этот поход ознаменовал высшее достижение флибустьеров. Ничего подобного уже не удалось осуществить никому. Сам Морган после такого неслыханного успеха едва не лишился главного своего достояния — головы.
Дело в том, что когда пираты отправились грабить испанцев, подняв британский флаг, то совершили государственное преступление. Между Англией и Испанией в это время было заключено мирное соглашение. Флибустьер Морган осмелился перечеркнуть договор глав великих держав!
Возможно, предводитель флибустьеров не знал о данном соглашении. Однако это не снимало с него ответственности за бесчинства и преступления. Разрушение Панамы вообще выходило за грани «обычного» разбоя.