Он отвечал за сферу науки и высшего образования. Покровский настаивал на введении бесплатного обучения; уничтожении дипломов как документального свидетельства привилегии (отныне дипломы не требовались для поступления в университет и не выдавались при окончании университета), уничтожении учёных степеней, открытом конкурсе для замещения должностей на кафедре, выборности профессуры на срок не более 5 лет, коллегиальности управления как университетом, так и всеми его учреждениями, обязательном участии учащихся в управлении университетом, обязательном участии университетов в распространении «научного образования» среди широких масс, создании факультетов общественных наук для разработки и распространения идей научного социализма и ознакомления широких масс с переменами в общественно-политическом строе России и на автономии университетов в организации учебного процесса. Он был одним из организаторов Социалистической (1918, с 1924 года – Коммунистической) академии, Государственного учёного совета (1919), Института истории и Института красной профессуры (1921). С 1925 года он избран председателем Общества историков-марксистов и являлся редактором исторических журналов «Красный архив», «Историк-марксист», «Борьба классов». Покровский был членом ВЦИК и ЦИК СССР, членом Президиума Центральной контрольной комиссии ВКП(б). В 1922–1932 годах он возглавлял Центрархив. В 1928 году был избран академиком Белорусской АН (1928), а в 1929 году – академиком АН СССР. Покровский был награжден орденом Ленина (1930).
Он ограничивал возможности для творчества и публикаций историков-немарксистов, утверждая, что «в нашей науке специалисту-немарксисту грош цена». Покровский умер от рака 10 апреля 1932 года в Москве. Урна с прахом захоронена в Кремлёвской стене.
После революции Покровский выпустил книгу «Русская история в самом сжатом очерке» (1920–1923) в 3 томах, впоследствии неоднократно переиздававшуюся в одном томе. Он утверждал, что в основе развития России лежат экономические процессы. К российской истории Покровский применил марксистское учение об общественно-экономических формациях, рассматривая последовательную смену первобытно-общинной, феодальной, капиталистической стадий развития. Это приводило к упрощению и схематизации реальных исторических процессов. С другой стороны, Покровский стремился разрушить мифы, созданные «буржуазной историографией», но порой сам при этом конструировал новые мифы. Покровский придавал преувеличенное значение роли торгового капитала в развитии российской государственности. Правда, в 1930 году он отказался от этого тезиса. Для него история России начиная с XVI века была частью истории мирового капитализма. Он исходил из того, что «история – это политика, опрокинутая в прошлое». По мнению российского историка и политолога Б.Ю. Кагарлицкого, «теория торгового капитала, которую мы находим в работах Покровского, подвергалась самой большой критике, ее обвиняли в «вульгарном социологизме». Но именно она оказалась, быть может, наиболее перспективной и интересной сегодня частью его наследия. Оценивая роль России в формирующейся глобальной капиталистической экономике, Покровский не только во многом сходился с идеями своей современницы Розы Люксембург, но и предвосхитил исследования западных историков и социологов конца ХХ века – Фернана Броделя, Иммануила Валлерстайна, Джованни Арриги». Историк В.Б. Кобрин, напротив, оценивал Покровского весьма критически: «Он никогда не был строгим исследователем: начав как популяризатор, он сразу перешёл к созданию концепций, широких обобщений. Да, он очень много прочёл, очень много знал, но его эрудиция была эрудицией знатока, а не исследователя. Когда знакомишься с его трудами, возникает впечатление, что Покровский искал в трудах своих предшественников и в источниках факты, подтверждающие уже сложившиеся у историка концепции».
Покровский является автором книг: «Борьба классов и русская историческая литература» (1923), «Внешняя политики России в XX веке. Популярный очерк» (1926), «Марксизм и особенности исторического развития России. Сборник статей. 1922–1925 гг.» (1925), «Историческая наука и борьба классов. (Историографические очерки, критические статьи и заметки)» (1933) в 2 томах, «Очерки русского революционного движения XIX–XX вв.» (1924), «Дипломатия и войны России в XIX столетии» (1923), «Октябрьская революция. Сборник статей, 1917–1927» (1927), «Империалистическая война. Сборник статей» (1934) и др.
