Нольте утверждал: «Каждый автор в сфере науки и публицистики желает, чтобы его труд заслужил внимание, а вокруг большой книги развернулась дискуссия; в этом смысле он очень хотел бы стать «спорным автором». Однако в Германии есть другое значение этого понятия: «спорный автор» – это тот, кто выразил взгляды, которые классифицируются признанными стражами «политкорректности» как рискованные или даже опасные. То есть это понятие является своего рода сигналом тревоги: люди предпочитают не иметь с этим автором ничего общего и вообще не читать его книг». Свою методологию Нольте назвал «феноменологической историей», а свою позицию определяет как роль «размышляющего над историей». Германский историк Хорст Мёллер назвал Нольте «единственным философствующим историком среди немецких историков и единственным историком среди немецких философов истории».
Ученый является автором книг: «Кризис либеральной системы и фашистское движение» («Die Krise des liberalen Systems und die faschistischen Bewegungen») (1968), «Германия и холодная война» («Deutschland und der Kalte Krieg») (1974), «Марксизм и промышленная революция» («Marxismus und Industrielle Revolution») (1983), «Ницше и ницшеанство» («Nietzsche und der Nietzscheanismus») (1990), «Историческое мышление в XX веке. От Макса Вебера до Ханса Йонаса» («Geschichtsdenken im 20. Jahrhundert. Von Max Weber bis Hans Jonas») (1991), «Мартин Хайдеггер. Политика и история в жизни и мышлении» («Martin Heidegger. Politik und Geschichte im Leben und Denken») (1992), «Спорные вопросы. Сегодняшние и будущие споры о национал-социализме» («Streitpunkte. Heutige und künftige Kontroversen um den Nationalsozialismus») (1993), «Немцы и их прошлое. Память и забывание от основания империи Бисмарка до сегодняшних дней» («Die Deutschen und ihre Vergangenheiten. Erinnerung und Vergessen von der Reichsgründung Bismarcks bis heute») (1994), «Франсуа Фюре – Эрнст Нольте: «Враждебное соседство». Коммунизм и фашизм в XX веке. Переписка» («François Furet – Ernst Nolte: «Feindliche Nähe». Kommunismus und Faschismus im 20. Jahrhundert. Ein Briefwechsel») (1998), «Историческая экзистенция. Между началом и концом истории?» («Historische Existenz. Zwischen Anfang und Ende der Geschichte?») (1998), «Каузальный нексус. О ревизиях и ревизионизме в исторической науке. Исследования, статьи и доклады 1990–2000» («Der kausale Nexus. Über Revisionen und Revisionismen in der Geschichtswissenschaft. Studien, Artikel und Vorträge 1990–2000») (2002), «Веймарская республика. Демократия между Лениным и Гитлером» («Die Weimarer Republik. Demokratie zwischen Lenin und Hitler») (2006) и др.
