В 1170 году Генрих провел расследование деятельности шерифов – главных королевских чиновников в графствах, назначавшихся из числа крупных и знатных землевладельцев, и 20 из них отстранил от должности за злоупотребления. С тех пор стало традицией назначать шерифами лиц, не имевших крупных феодальных владений.
Замена церковных судов королевскими вызвала острый конфликт между Генрихом и его близким другом в прошлом Томасом (Фомой) Бекетом, архиепископом Кентерберийским. В 1164 году Генрих вынудил епископов подписать выработанные великим советом «Кларендонские конституции», регулирующие отношения короля и церкви. Епископам запрещалось покидать Англию и предписывалось хранить верность королю. Без согласия короля от церкви не мог быть отлучен никто из его вассалов или советников. Отныне королевская курия должна была решать, какие дела подлежат юрисдикции церковных, а какие – светских судов. В церковных судах должен был присутствовать королевский чиновник, контролировавший, чтобы суд не превышал своей компетенции. Клирик, обвиненный церковным судом, должен был передаваться для наказания светским властям. Королевская курия получила право отменять постановления церковных судов. Церкви в Англии было запрещено апеллировать к папе на королевские решения. Бекет отказался признать ограничения прав церковных судов. Генрих отправил Бекета на 6 лет в ссылку. Однако многие епископы тайно поддерживали Бекета. К тому же многие англичане больше верили церковному, а не королевскому суду и выражали недовольство ростом налогов и судебных поборов. Когда в 1170 году Бекет с разрешения короля вернулся в Англию, он во время рождественской проповеди отлучил от церкви несколько преданных королю рыцарей. Узнав об этом, Генрих, находившийся во Франции, в сердцах воскликнул: «Неужели нет никого, кто избавил бы меня от этого попа!» Четверо рыцарей поняли это как приказ и в 1171 году организовали убийство Бекета. Это вызвало волнения в народе и мятеж баронов во французских владениях Генриха. Затем восстали бароны на севере Англии, и их поддержал шотландский король. Правда, эти мятежи были довольно легко подавлены, но гораздо тревожнее было то, что народ совершал паломничества к гробнице Бекета, которого считали мучеником и защитником народных интересов. Церковь объявила Фому Бекета святым и грозила королю отлучением. Генрих вынужден был взять на себя ответственность за это преступление и, выполняя предписание римского папы, совершил публичное покаяние перед гробницей Бекета, а затем подвергся бичеванию. Епископы и монахи нанесли ему 80 ударов. Королю пришлось отказаться от контроля над церковными судами.
В 1173 году в Англии вспыхнул мятеж баронов, который Генриху удалось быстро подавить. В битве при Алике 13 июля 1174 года он пленил короля Шотландии Вильгельма Льва.
Своим сыновьям Генриху, Ричарду, Жоффруа и Иоанну Генрих дал земли и титулы, но не дал денег, что вызывало их недовольство. Старшего сына Генриха он еще при своей жизни короновал как короля Генриха III. Однако в 1183 году тот поднял против отца мятеж, быстро подавленный. Огорченный Генрих III вскоре помер от лихорадки. После этого Генрих объявил своим наследником Ричарда. Королева Элеонора подстрекала Ричарда и Жоффруа на новый мятеж против отца. Ричард вступил в союз с новым королем Франции Филиппом II Августом. Жоффруа и Ричард подняли в 1189 году восстание против отца, в котором тайно соучаствовал и Иоанн. С большим трудом Генриху удалось помириться с мятежниками. Он умер в своем замке в Шиньоне 6 июля 1189 года на руках у своего сына Жоффруа.
