В том же году Гумбольдт и Бонплан отплыли на корабле "Писарро" из гавани Ла-Корунья.
Во время плавания Гумбольдт вел научную работу. Его интересовали морские течения, морские животные и растения, фосфоресценция моря.
На Канарских островах путешественники пробыли несколько дней, поднимались на Тенерифский пик, где занимались метеорологическими, ботаническими и прочими исследованиями. Наблюдая различные растительные пояса Пика-де-Тейде, меняющиеся по мере продвижения к вершине, Гумбольдт задумался о связи растительности с климатом. Впоследствии эти соображения были положены им в основу ботанической географии.
16 июля 1799 года ученые высадились на берегу Венесуэлы (порт Кумана).
Богатство и разнообразие тропической природы совершенно вскружило им головы.
Они совершили несколько вылазок в соседние местности, в том числе в Карипе, поселение католических миссионеров, которые приняли их любезно, хотя и удивлялись чудачеству людей, затеявших далекое и опасное путешествие для собирания растений, камней, птичьих шкурок и прочей чепухи.
Из Куманы путешественники отправились в Каракас, столицу Венесуэлы, где пробыли два месяца. Затем они двинулись прямо на юг в сторону городка Апуре. Дорога шла через бесконечные травянистые степи, льяносы, прекрасно описанные Гумбольдтом в "Картинах природы". Ученые познакомились с "гимнотами" - электрическими угрями, которые очень заинтересовали Гумбольдта, так как он давно занимался электричеством животных.
Растительный и животный мир, геология и орография, климат - все в этой стране или почти все не было исследовано, так что путешествие Гумбольдта и Бонплана часто называют вторым - научным - открытием Америки.