Из Медины путешественник вернулся в Мекку, где, стараясь не привлекать к себе внимания, занялся изучением города и религиозных обрядов, а также астрономическими наблюдениями, давшими возможность определить местоположение столицы ислама. За два месяца он определил географическое положение города и начертил несколько планов 23 марта 1810 года Зетцен вернулся в Джидду. Затем вместе с арабом, который в Мекке был его постоянным советчиком и руководителем, он отплыл в Ходейду, один из главных портов Йемена. Путешественник прибыл туда 8 апреля, в то самое время, когда все гавани принадлежали уже не имаму Йемена, а шерифу Абу-Ариша.
Ученый сообщает, что Бейт-эль-Факих
Оттуда путешественник намерен отправиться на поиски древних надписей, о которых было известно еще Нибуру. Так, он начинает разыскивать указанное Нибуром селение Хаддафа. Никто, однако, ничего не знал про это селение. Тогда Зетцен сам пускается в путь и доезжает до Зафара. Он называет его Дофаром и принимает за город, название которого якобы плохо понял Нибур. Согласно греческим авторам, это древняя столица химьяритских царей. Зетцен не видит там развалин, зато находит фрагменты надписей, двух - на камнях, попавших во вновь построенную стену, третьей - на камне, проданном ему позднее. Еще пять надписей он находит в Манкате, на камнях, заделанных в стену мечети.
Некоторое время спустя путешественник пишет одному из своих покровителей уже из Мохи и предлагает ему первым воспользоваться этой важнейшей находкой. Он посылает ему копии четырех надписей, которые ему удалось снять, не привлекая ничьего внимания (в действительности прочесть их оказалось невозможно), и чрезвычайно точное изображение камня, который он купил. Благодаря этому письму Европа познакомилась с химьяритской письменностью. Под химьяритским письмом разумеется алфавитная письменность, которой составлены надписи, найденные на территории Южной Аравии. Химьяр, собственно, область, располагавшаяся в древности на крайнем юго-западе Аравийского полуострова. Незадолго до начала нашей эры здесь было создано государство, распространившее вскоре свою гегемонию на всю Южную Аравию.
Зетцен, правда, не был первым европейцем, увидевшим химьяритские надписи (отец Паэс тоже видел их в марибском храме), но он первым их скопировал и собрал Его, следовательно, можно считать пионером южноаравийской эпиграфики, то есть научного изучения надписей, которое по-настоящему смогло получить развитие лишь полвека спустя. Из Мохи Зетцен пишет также свои последние письма фон Цаху.
Отсюда он хочет подняться по суше до Центральной Аравии и Персидского залива, то есть вновь идет по дорогам внутреннего Йемена, по пути, который уже прошел однажды и где невозможно было идти, не возбуждая подозрений. Без сомнения, это было его ошибкой. У него находят и отнимают его коллекции под предлогом, что он пользуется трупами животных для совершения магических обрядов, из-за чего иссякают источники. Ученый спешит в Сану, чтобы пожаловаться имаму, но в декабре 1811 года неожиданно умирает в Таиззе. Полагают, что он был отравлен по приказу одного из властителей.
Из писем Констана, датированных концом 1815 года, известно, что имам, Думая найти в багаже Зетцена драгоценности, захватил его и был весьма удивлен, не найдя там ничего, кроме астрономических инструментов, засушенных растений, книг и скудной суммы в 600 пиастров. Коллекции, заметки, записные книжки - все было потеряно; и успех путешествия Зетцена, которое было так прекрасно подготовлено, что наука могла бы извлечь из него максимальную пользу, обернулся неудачей.
Работы Зетцена до середины прошлого столетия были опубликованы лишь в отрывках (в "Анналах путешествий" и в "Переписке барона Зака"). И только в 1858 году вышли в свет на немецком языке путевые дневники Зетцена, и то в неполном виде.
