В 1898 году был опубликован его капитальный труд «Русская фабрика в прошлом и настоящем. Историко-экономическое исследование», защищенный им в Московском университете в качестве докторской диссертации. В ближайшие годы были изданы «Очерки по истории политической экономии» (1901–1902) и «Очерки по новейшей истории политической экономии» (1903). К рубежу XIX–XX веков относится его энергичная полемика с такими авторитетными представителями поздней народнической школы в российском обществоведении, как Н. К. Михайловский и Н. И. Кареев, обращавшими недостаточное внимание на развитие капиталистического предпринимательства в России.
Изучая становление капиталистического сектора производства и связанные с этим социальные проблемы, ученый полагал, что облегчение участи работников возможно благодаря развитию кооперативных форм производства и собственности. В этом он усматривал компромисс, некий «средний путь» развития между «диким» капитализмом с его диктатом рыночной конъюнктуры и социалистической доктриной, которая казалась ученому все более утопической.
Не порывая с высшими учебными заведениями российских столиц, М. И. Туган-Барановский в 1901–1905 годах жил преимущественно на Полтавщине, сотрудничая с местными земскими учреждениями в деле экономического развития и решения социальных проблем губернии. В эти и последующие годы он вносит большой практический вклад в развитие кооперативных структур губернии.
С 1906 года М. И. Туган-Барановский, будучи приват-доцентом, а затем профессором политической экономии Петербургского университета и Петербургского политехнического института, выступает главным редактором журнала «Вестник кооперации», совмещая эту работу с редактированием капитального серийного издания «Новые идеи в экономике» (всего вышло 5 томов). Свои теоретические выкладки относительно значения кооперации он смог проверять и применять на практике в Украине. Результаты этого сочетания теории и практики были обобщены в книге «Социальные основы кооперации» (1916). Вскоре была опубликована и его теоретическая работа «Бумажные деньги и металл» (1917).
В 1905 году Туган-Барановский, как и многие другие представители российской, в том числе, и украинской научной интеллигенции, активно включается в работу партии конституционных демократов — носительницы идей свободы и прав личности. В ходе первой русской революции 1905–1907 годов в многочисленных книгах, брошюрах и статьях он разрабатывает и пропагандирует новые, основанные на новейших политэкономических разработках, шаги по преодолению постигшего страну общественно-политического кризиса путем отказа от насилия и уважения к правам и свободам человека. Этому посвящены работы «Земельная реформа» (1905), «Современный социализм в своем историческом развитии» (1906), а также написанные в последующие годы «К лучшему будущему» (1912) и «В поисках нового мира» (1913).
Вполне преодолев марксизм как экономическую теорию, М. И. Туган-Барановский оставался верен социализму, видя в нем идеал социальной справедливости. В этом отношении он был органически близок украинским кадетам и умеренным социалистам, таким как Н. П. Василенко, Д. И. Дорошенко или С. А. Ефремов.
Все годы после возвращения из Англии и защиты докторской диссертации ученый был непосредственно связан с либерально-социалистическим крылом украинского национального движения, полностью разделяя его установку относительно необходимости реорганизации государства Российского на федеративных началах с предоставлением Украине, как и другим его самобытным частям, самых широких автономных прав. Он внес и весомый вклад в украиноведение. В частности, М. И. Туган-Барановский вместе с М. С. Грушевским, А. Е. Крымским и М. М. Ковалевским редактировал авторитетное справочное издание «Украинский народ в его прошлом и настоящем» (1914–1916).
Поэтому не удивительно, что вскоре после Февральской революции 1917 года, когда в Киеве друзья и сотрудники ученого образовали Центральную Раду, М. И. Туган-Барановский возвращается в Украину и примыкает к либерально-социалистическому крылу ее общественно-политического движения — партии украинских социалистов-федералистов. Летом 1917 года, после признания Временным правительством Центральной Рады в качестве краевого органа власти автономной Украины, ученый принимает деятельное участие в формировании украинских финансовых учреждений и пишет принятую Центральной Радой в качестве ее программного документа декларацию «Экономическая политика».
