Падение Центральной Рады и УНР было предрешено. На последнем заседании Малой Рады 29 апреля 1918 года была принята Конституция УНР и земельный закон, а Михаил Грушевский был избран президентом Украины. Однако акции эти были скорее символическими и не могли повлиять на дальнейший ход событий. В этот же день, 29 апреля представители съехавшегося в город крепкого крестьянства избрали гетманом Украины Павла Петровича Скоропадского, генерал-лейтенанта царской армии и прямого потомка гетмана Украины Ивана Скоропадского. Члены Малой Рады, узнав об избрании гетмана, без сопротивления разошлись по домам, уступив власть П. П. Скоропадскому и его приверженцам из организации «Украинская Громада».
Подобно подавляющему большинству украинских социалистов, М. С. Грушевский перешел в непримиримую оппозицию по отношению к гетману, но активного участия в борьбе с ним не принимал. Он отверг предложение Скоропадского возглавить создававшуюся под гетманским патронатом Украинскую Академию наук, мотивируя свой отказ принципиальным неприятием новой власти. Тогда президентом вновь созданной УАН был избран знаменитый ученый-естественник В. И. Вернадский. Утешение М. С. Грушевский в это время, как и влечение почти всей своей жизни, находил в работе над томами своей «Истории Украины-Руси».
Когда в середине декабря 1918 года Киев заняли силы Директории, Грушевский снова рассчитывал выйти на авансцену украинской политической жизни и восстановить Центральную Раду в ее прежнем статусе, но эти инициативы не нашли поддержки. Власть на еще не занятой красными и белыми части Украины оказалась в руках соперничавших между собой В. Винниченко и С. Петлюры.
Стремительное наступление большевиков на Киев вынудило Грушевского с семьей в первых числах февраля 1919 г. покинуть город. На короткое время он задержался в Каменец-Подольском, где редактировал газету «Голос Поділля», работал над учебником по истории Украины. В марте он участвовал в работе совещания представителей украинских социалистических партий, на котором обсуждались меры влияния на Директорию с целью воспрепятствовать подписанию союза с Антантой, войска которой уже высадились на юге Украины. Участники совещания даже создали Комитет по охране республики и предложили Грушевскому войти в его состав. Но Михаил Сергеевич, сославшись на свой предстоящий отъезд за границу, отказался. Комитет просуществовал всего несколько дней. В конце марта 1919 года Грушевский с семьей выехал в Прагу, затем некоторое время жил в Берлине, Вене и Женеве, а в 1922 году поселился в Бадене. Осенью 1919 года он основал Украинский социологический институт, наладил издание журнала «Борітеся — поборете», библиотеки ценных книг. Сотрудники института подготовили к печати серию оригинальных и переводных трудов по социологии, истории культуры и социальному движению. Сам Михаил Сергеевич в это время закончил работать над монографией «Начала гражданства (генетическая социология)», опубликованной в 1921 г.
Одновременно Грушевский фактически возглавлял Заграничную делегацию УПСР, члены которой внимательно следили за развитием событий в Украине. Летом 1920 г. М. Грушевский и А. Жуковский направили письмо в ЦК КП(б)У, в котором, наряду с признанием заслуг большевистской партии в борьбе с империализмом, подчеркивали также, что политическая ситуация в Украине не способствует дальнейшему развитию мировой революции «в результате борьбы, которая возникла между украинским народом и Советской Россией и до сих пор не остановлена вследствие ошибок, допущенных с обеих сторон». Это письмо, адресованное секретарю ЦК КП(б)У С. Косиору, стало первым предложением Заграничной делегации ЦК УПСР о сотрудничестве с правящей большевистской партией, а, по сути, намеком на возможность возвращения эсеров в Украину.
Часть руководителей ЦК КП(б)У одобрительно отнеслась к возможному возвращению М. С. Грушевского, о чем свидетельствовало приглашение приехать на родину, переданное Михаилу Сергеевичу членами делегации УССР на советско-польских переговорах в Риге в феврале 1921 года.
