О численности армии Великого Могола Аурангзеба нет полных данных, Ф. Бернье сообщает в своих записках лишь некоторые из них. Так, в Декане содержалось от 20 до 30 тысяч всадников. На территории Кабула для защиты от персов, афганцев, балушей и прочих горцев находилось 12-15 тысяч всадников, в Кашмире — более 4 тысяч, а в Бенгалии — «много больше». Всего насчитывалось 40-60 тысяч всадников. В поход под знамёнами полководца Аурангзеба выступало 200-300 тысяч «настоящих военных людей». В это число не включались слуги, торговцы, носильщики, поставщики продовольствия и фуража и женщины, часто следовавшие за армией. Обычно в поход выступало почти все население столиц — Дели или Агры, которое жило исключительно за счёт армии.
Свои завоевательные походы новый правитель империи Великих Моголов начал с востока Индии. В 1661-1663 годах огромная могольская армия под командованием Аурангзеба завоевала Ассам, область в среднем течении реки Брахмапутра. В 1666 году он силой оружия аннексировал бенгальский портовый город Читтагонг с прилегавшей к нему территорией. На севере предпринял попытку вновь завоевать Кандагар и область Балх.
Вскоре после восшествия на престол Аурангзеб начал проводить такую внутреннюю политику, которая поставила под вопрос существование империи Великих Моголов. В стране начались преследования и дискриминация по религиозному признаку, что сделало жизнь немусульманского населения невыносимой. Разорялись индусские храмы, конфисковывалось в пользу казны имущество индусских купцов. Это вызвало многочисленные антимогольские вооружённые выступления, во многих случаях во главе их стояли местные раджи.
Особенно мощным оказалось восстание раджпутов в 1675-1681 годах. Политика преследования немусульман превратила мирных сикхов в фанатичных воинов, поклявшихся не складывать оружия до тех пор, пока не будет свергнут правитель-мусульманин. Около 1700 года сикхи — секта воинствующих индуистов — стали одной из главных военно-политических сил в Раджпутане и Пенджабе. Восставших раджпутов возглавил народный лидер Дургада, который изгнал из городов немало могольских гарнизонов. Аурангзебу стоило большого труда справиться с восставшими раджпутами и сикхами.
В 1681 году против своего отца, Великого Могола, выступил Акбар. Он присоединился со своими воинами к мятежным раджпутам и собрал многочисленное войско. Аурангзеб во главе армии выступил против войска Акбара, нанёс ему в сражении полное поражение, и наследник был вынужден, спасая собственную жизнь, бежать в Персию.
Вооружённые столкновения между правительственными войсками и мятежниками продолжались 26 лет, до самой смерти Аурангзеба в 1707 году. В результате этой войны могольское войско лишилось большей части раджпутской конницы, которая составляла основную силу империи Великих Моголов.
В 1681-1689 годах Великий Могол — Аурангзеб совершил несколько походов на юг современной Индии. Причиной их стало опасное возрастание могущества маратхов и победы мятежника Шиваджи.
Могольская армия разорила маратхские земли. Потерпел поражение сын Шиваджи Самбхуджи, он попал в плен и был казнён в 1686 году. Аурангзеб отвоевал Биджапур, лежащий на берегу Аравийского моря, и в 1689 году Голконду — на берегу Бенгальского залива. Аурангзеб вновь покорил Ахмаднагар. Однако окончательно утвердиться на отвоёванных землях моголам так и не удалось, хотя они и одержали победу над войсками этих индийских государств.
Маратхская конфедерация отчаянно боролась за своё существование, за свою независимость от Аурангзеба. Воинственные маратхи отказались признать своё поражение и перешли к затяжной партизанской борьбе против моголов. Последние были неспособны эффективно воевать в условиях горной местности и труднопроходимых джунглей. Маратхские земли мусульманскому завоевателю не удалось покорить.
Самой значительной военной операцией во время похода на юг Индии стала осада сильной крепости Джинджи, в которой с многотысячным войском оборонялся мятежный раджа Рам. Сначала Аурангзеб поручил осаду крепости одному из своих полководцев Зульфикар-хану, а затем своему сыну Кембакшу, потом снова Зульфикар-хану. Город Джинджи стойко оборонялся, и моголы несли под его стенами немалые потери.
После безрезультатной длительной осады крепости Аурангзеб лично возглавил осадные войска под Джинджей. Здесь он пошёл на хитрость и добился успеха. Радже Раму с семьёй и приближёнными дали возможность бежать, после чего индийская крепость, защитники которой лишились своего начальника, штурмом была взята могольской армией. Город был отдан на разграбление и за несколько дней полностью разорён. После этой победы военные действия в Декане пошли на спад, и больших боевых столкновений с мятежными маратхами уже не происходило.
