Однако довольно скоро Джон Мальборо, откровенный приверженец протестантства (ставшего господствующей религией в Англии), попадает в опалу короля-католика Якова II. Лорд Сэнндридж превращается из его приверженца в непримиримого противника по религиозным мотивам.
Во время государственного переворота 1688 года генерал-майор лорд Джон Мальборо переходит на сторону герцога Вильгельма Оранского, который становится английским королём Вильгельмом III. Новый монарх в знак благодарности делает Мальборо членом Тайного совета государства. Теперь ему поручается главное командование сухопутной армией Английского королевства.
В 1690 году генерал Джон Мальборо успешно руководит борьбой с антианглийским движением в Ирландии. Там английские войска под его командованием в нескольких боях разбили ирландских католиков — сторонников короля Якова II. Затем принуждаются к сдаче сильные гарнизоны укреплённых городов Корка и Кинселя. После этого восставшая против английского владычества Ирландия была приведена в полное повиновение Лондону.
По возвращении из Ирландии лорд Джон Мальборо оказался замешанным в заговоре против королевской власти. Он вместе с лордом Годольфином начал вести переговоры с низвергнутым с английского престола Яковом II о восстановлении его на престоле. Попытка государственного переворота окончилась полной неудачей, и генерал Мальборо был арестован, обвинён в государственной измене и заточен в Тауэр. Однако в ходе судебного разбирательства лорды не нашли достаточных оснований для полного обвинения пэра Мальборо в измене Английскому королевству.
Мальборо с великими трудами удалось вернуть своё прежнее положение при дворе. Этому во многом способствовала начавшаяся европейская война за Испанское наследство 1701-1714 годов, в которой он за свои прежние боевые заслуги получил должность главнокомандующего английскими войсками на континенте, где успешно действовал с союзниками в лице Австрии и Голландии.
Испания, кроме своих огромных колониальных владений за пределами Европы — в Южной, Центральной и Северной Америке, в Африке, на Канарских, Антильских, Филиппинских и других островах, владела на континенте большей частью Италии и Испанскими Нидерландами. Поэтому обладание Испанским наследством в немалой степени означало господство в Европе. Война эта началась после смерти короля Карла II, последнего Габсбурга на испанском престоле, не оставившего после себя прямого наследника. В родстве с умершим монархом находились французский король Людовик XIV и император Священной Римской империи Леопольд I Габсбург.
В ноябре 1700 года после смерти испанского короля Карла II французский монарх провозгласил своего внука Филиппа Анжуйского (Филипп V) королём Испании. Такой альянс Парижа и Мадрида означал одно — возвышение Франции в Европе. Против этого сразу выступили Англия, Голландия и Священная Римская империя. В ходе войны к ним присоединились Дания, Португалия, Пруссия и ряд небольших германских государств. На стороне Франции воевали Испания, Бавария, Кёльнское курфюрство, Савойя (которая вскоре перешла на сторону противников), итальянские города-государства Парма и Мантуя.
Англия превратилась в главного врага Франции. Король Вильгельм III призывает к себе лорда Джона Мальборо (спустя два года после попытки государственного переворота), производит его в полные генералы и назначает главнокомандующим английскими войсками в союзной Голландии. На него же возлагаются обязанности ведения переговоров по созданию военной коалиции против французского короля Людовика XIV.
Лорд Джон Мальборо справляется с королевским поручением блестяще. За этот несомненный успех в самом начале войны за Испанское наследство генерал Мальборо получает титул герцога и производится в генерал-фельдцейхмейстеры. Воцарившаяся на английском престоле королева Анна награждает своего полководца орденом Подвязки. После этого герцог со своей супругой герцогиней Сарой Дженнингс, пользуясь полным доверием королевы Анны, становятся одними из наиболее влиятельных людей в Англии.
В самом начале войны главнокомандующий английскими войсками в Голландии столкнулся с проблемой согласованности своих действий с союзниками. По этой причине ему не удалось после взятия города Бонна отрезать французские войска от Антверпена. В августе 1703 года он вынудил к капитуляции 6-тысячный гарнизон крепости Гюи. За эти победы голландское правительство пожаловало ему герцогский титул и большое денежное вознаграждение.
После этого генерал-фельдцейхмейстер герцог Мальборо, оставив часть войск для защиты Нидерландов, двинулся по левому берегу Рейна на соединение с имперской армией австрийцев. Командующий французской армией во Фландрии маршал Виллеруа разгадал этот манёвр неприятеля и преградил ему путь на юг. Но Джон Мальборо все же сумел соединиться с 16-тысячной армией Евгения Савойского.
