Сначала, до середины октября 1941 года, судно принимало участие в поддержании сообщения осажденной Одессы с Крымом и Кавказом, а затем и осажденного Севастополя с Кавказом. При переходах из Севастополя в Новороссийск судно не могло идти вдоль крымских берегов или даже на небольшом удалении от них, поскольку они были уже захвачены германской армией и оттуда мог произойти как обстрел из орудий или наводка для авиации, так и атака со стороны самих германских люфтваффе. Поэтому из Севастополя судно сначала уходило как можно дальше в открытое море и, отойдя уже далеко от крымских берегов, брало курс на Новороссийск. Это не исключало совсем встречу с авиацией или флотом Германии и ее союзников, но, по крайней мере, сильно снижало ее вероятность.
Рано утром 17 апреля 1942 года «Сванетия» стала под погрузку. Севастополь постоянно подвергался налетам вражеской авиации. Наступило некоторое затишье. Поэтому, опасаясь очередного налета, портовики совместно с экипажем транспорта в быстром темпе провели выгрузку и погрузку.
На борт приняли 240 тяжелораненых, которых разместили в приспособленных под палаты каютах, 354 кавалериста 154‑го кавалерийского полка, 50 эвакуированных. В числе пассажиров 65 военнослужащих, в том числе морские летчики, которые отправлялись за получением новых самолетов. Всего вместе с экипажем более 1000 человек. Перед самым отходом поступил приказ принять дополнительно 150 раненых.
Вспоминает штурман «Сванетии» Г.Я. Кухаренко:
17 апреля 1942 года в 21.00 вслед за эсминцем «Сванетия» вышла из Южной бухты Севастополя. За ночь ушли далеко в море. Капитан и его помощники надеялись на то, что вражеские самолеты-разведчики, занятые слежкой за прибрежными коммуникациями и передвижениями военных кораблей у кавказского побережья и Крыма, не смогут их обнаружить.
К сожалению, этой надежде не суждено было сбыться. Наступило светлое время суток. В 7.24 вахтенные доложили капитану о появлении самолета противника. Обнаружив сопровождение, разведчик опасался угодить под обстрел эсминца, держался далеко и вскоре скрылся за горизонтом. Воздушная тревога отменена, но капитан приказал усилить наблюдение.
Напряжение спало. Капитан, соблюдая внешнее спокойствие, испытывал тревогу и предчувствовал беду.
В 14.00 на высоте 3000 метров появился первый бомбардировщик. 14 самолетов со стороны солнца атаковали теплоход. За первую атаку было сброшено 48 бомб. Только умелое маневрирование спасло на этот раз корабль. И только одна бомба угодила прямо в трубу и разворотила ее. В бой вступили зенитчики «Бдительного» и «Сванетии»: сбили один самолет, второй был подбит, стал терять высоту и скрылся. Израсходовав весь боезапас, бомбардировщики ушли. Ненадолго. Следовало ожидать нового налета. Капитану доложили о результатах первого налета: от близких разрывов бомб на левом борту образовались пробоины, вышла из строя топливная магистраль, нарушена телефонная связь, взрывной волной сорван пожарный насос с фундамента…
В 15.55 появились самолеты. Девять торпедоносцев He-111 с высоты 30–40 метров сбросили на судно восемь торпед. Две из них достигли цели: последовало два мощных взрыва, появился крен на левый борт. Возникла страшная паника. Краснофлотцам Данченко и Воронову удалось спустить на воду только две шлюпки. Спуску остальных шлюпок помешали появившиеся на палубе кавалеристы. Они, естественно, не имели понятия о механике спуска шлюпок на воду, выхватили шашки и перерубили блоки, которые удерживали шлюпки.
В результате эти спасательные плавсредства вместе с людьми полетели за борт, переворачивались и разбивались о воду. Быстро увеличивался крен. Зенитчики продолжали вести огонь. Один из атакующих торпедоносцев, видимо, не рассчитал, зацепил крылом воду и взорвался.
