На бортах и палубе «Армении» были нанесены яркой красной краской большие кресты, хорошо видные с воздуха. На грот-мачте находился белый флаг с изображением Международного Красного Креста. Однако немцы статьи Женевской и Гаагской конвенций на востоке практически не соблюдали. Так, в июле 1941 года гитлеровцы повредили санитарные суда «Котовский» и «Чехов». Атакованный самолетами люфтваффе лайнер «Аджария», объятый огнем, на виду у всей Одессы выбросился на мель. В августе такая же участь постигла судно «Кубань». Поэтому на «Армении» установили четыре 45‑мм полуавтоматические универсальные пушки 21К и четыре пулемета. Также судно обычно сопровождал конвой.
По данным историков: эвакуация из Севастополя
На судно были погружены раненые, медицинский и хозяйственный персонал Севастопольского военно-морского госпиталя (крупнейшего на флоте), во главе с его главврачом военврачом 1‑го ранга Семеном Каганом. Также на судно поместили 2‑й военно-морской и Николаевский базовый госпитали, санитарный склад № 280, санитарно-эпидемиологическую лабораторию, 5‑й медико-санитарный отряд, госпиталь от Ялтинского санатория. Были приняты на теплоход часть медперсонала Приморской и 51‑й армий, а также мирные жители Севастополя. По разным оценкам, на корабле в итоге было собрано от 5000 до 7000—10 000 человек.
Сначала капитан Плаушеуский получил указание выйти в море 6 ноября в 19 часов и идти в Туапсе. Для сопровождения выделялся небольшой морской охотник «041» старшего лейтенанта Кулашова. При отсутствии сильного конвоя хорошей защитой для большого судна была только ночь. Днем большой грузопассажирский лайнер, почти не имеющий средств ПВО, конвойных кораблей и самолетов, был отличной мишенью для немецких бомбардировщиков и торпедоносцев. Немецкие ВВС в это время господствовали в воздухе. Первый приказ давал хорошие шансы судну покинуть Крым и дойти до Туапсе. Поэтому капитана Плаушевского возмутил второй приказ: выйти в море 17 часов, в светлое время суток! Такой приказ мог привести к гибели тысяч людей.