Гроб с почестями был перенесен на ют «Владимира», где возвышался богато убранный катафалк.
Флаги были приспущены, рубку обили черным сукном. Возле катафалка стояли священнослужители и певчие, командир парохода и все офицеры в траурной форме.
В девять часов вечера оба парохода взяли курс на Севастополь. «Владимир» шел впереди под адмиральским флагом с черной перевязью.
Исполнявший обязанности главного командира Черноморского флота вице-адмирал М. Б. Берх свой флаг спустил.
Пароходы двигались медленно и лишь на другой день в четыре часа дня подошли к Севастополю. Флот стоял на рейде, выстроенный в линию, с перекрещенными реями, с приспущенными флагами.
«Владимир» вошел в Севастопольскую бухту, прошел вдоль линии кораблей и в пятом часу бросил якорь перед Екатерининской (Графской) пристанью. Толпы народа стояли на пристани, вокруг парохода было много шлюпок. В городе царила мертвая тишина, которую лишь ночью нарушили звуки топора и пилы — это устраивали помост от пристани прямо на пароход, чтобы удобнее было совершить погребальное шествие.
Ночью же из Одессы пароходом прибыл преосвященный Иннокентий, архиепископ Херсонский и Таврический, чтобы отдать последний долг чтимому всеми адмиралу Михаилу Петровичу Лазареву.
В восемь часов утра все было готово к перенесению гроба в Петропавловский собор на Центральном городском холме. Войска были расставлены от самой пристани до собора, все флотские и армейские генералы и офицеры в траурной форме стояли на лестнице, церковные хоругви и военные знамена развевались вокруг них.
Офицеры, назначенные для несения гроба и знаков отличия покойного, поднялись на пароход. Началась панихида, совершал которую сам архиепископ в присутствии высокопреосвященного митрополита Агафангела, которому преклонные годы не позволяли священнодействовать лично.
По окончании панихиды гроб подняли, и процессия двинулась.
Порядок ее был следующий: адмирал на коне; два батальона войск: один от флота, другой от 13-й пехотной дивизии со знаменами; шесть орудий; почетный караул со знаменем; три адмирала с шестью ассистентами-офицерами, несшими три адмиральских флага (контр-адмиральский, вице-адмиральский и адмиральский); 13 штаб-офицеров с 26 ассистентами обер-офицерами, несшими ордена и знаки отличия покойного; затем несли церковные хоругви; шли певчие и духовные особы: архиепископ, митрополит, два архимандрита и множество священников; затем адмиралы и близкие покойному люди несли гроб.
Никогда не видели в Севастополе такого стечения народа. Казалось, проститься с адмиралом вышел весь город. По мере того как процессия проходила мимо разных отделений войск, каждое встречало ее погребальной музыкой.
Процессия приблизилась к Петропавловскому собору, совсем недавно построенному «особенными попечениями покойного». Гроб внесли в церковь, поставили на возвышенном месте. Началась литургия.
Окончание печальной церемонии, перенесение праха на место вечного покоя, решено было отложить до следующего дня, чтобы дать возможность каждому подойти к гробу и помолиться за упокой усопшего. Церковные двери оставались открытыми весь день…
На следующий день, 7 мая, все собрались у собора. Церковный сановник рассказал о жизни покойного, который исполнил свято свой долг от самой юности до последних своих минут.
После выноса гроба из церкви его предполагали поставить на богато убранную колесницу, но чувства тех, кто его нес, были так сильны и искренни, что никто не пожелал отойти от гроба, и его так и донесли до самого склепа, устроенного на месте, где предполагалось воздвигнуть храм во имя Святого равноапостольного князя Владимира.
Упомянутый выше Петропавловский собор (Собор Святых апостолов Петра и Павла) был построен на Центральном холме со стороны Южной бухты в 1792 году. Точнее, тогда на месте современного собора была построена одна из первых церквей Севастополя, Петропавловская. Она была небольшая, деревянная, прямоугольной формы. В 1837 году во время бури она разрушилась. И именно тогда М. П. Лазарев сделал заказ городскому архитектору В. А. Рулеву на строительство новой церкви. Строительство началось в 1840 году и продолжалось четыре года.
К сожалению, собор разрушался во время первой и второй оборон города. Реконструкции потом проводились на средства купцов Максимова и Кундишева-Володина.
В 1931 году богослужения в храме были прекращены. В здании был размещен городской архив, который существенно пострадал во время Великой Отечественной войны.
Потом в помещении церкви располагался театр, позже — городской Дом культуры, а в 2006 году собор был передан церковной общине, и службы в нем возобновились.