Отношение императора к флоту выразилось и в назначении председателем «Комитета образования флота» (составленного из адмиралов: М.П. Фон Дезина, Н.С. Мордвинова, И.П. Балле, М.К. Макарова, вице-адмирала П.К. Карцова, контр-адмирала П.В. Чичагова и капитана 1 ранга А.С. Грейга и др.) графа А.Р. Воронцова, действительного тайного советника и сенатора, убежденного противника морской идеи, отрицавшего необходимость для России сильного флота. «По многим причинам, – писал Воронцов, – физическим и локальным, России быть нельзя в числе первенствующих морских держав, да в том ни надобности, ни пользы не предвидится. Прямое могущество и сила наша должна быть в сухопутных войсках; оба же сии ополчения в большом количестве иметь было несообразно ни числу жителей, ни доходам государственным. Довольно, если морские силы наши устроены будут на двух только предметах: сбережении берегов и гаваней наших на Черном море, имев там силы соразмерные турецким, и достаточный флот на Балтийском море, чтоб на оном господствовать. Посылка наших эскадр в Средиземное море и другие дальние экспедиции стоили государству много, делали несколько блеску и пользы никакой». По этому мнению, определяющему характер деятельности Комитета, флоту назначалась второстепенная роль, ограниченная одной обороной государства и не допускающая дальних самостоятельных экспедиций – как дорогостоящих и не приносящих пользы.
Штаты флота, выработанные Комитетом и введенные в 1803 году, исходили, как было указано в наказе, из соображений о морской силе соседних держав, причем состав Балтийского флота должен был равняться датскому и шведскому флотам, вместе взятым, а Черноморского – флоту турецкому. В составе Балтийского флота предполагалось иметь – 27 кораблей, 26 фрегатов и 189 судов гребного флота; Черноморского – 21 корабль, 8 фрегатов и 140 судов гребного флота.
Однако то была теория, а практика требовала другого отношения к флоту. Начиная с 1804 года, Россия для борьбы с Францией начала концентрировать свои силы в Средиземном море. Из состава Черноморского флота туда были отправлены 2 корабля, 2 фрегата, 6 корветов и 4 брига под командой «ушаковского» капитан-командора А.А. Сорокина. Кроме того, из Севастополя в Корфу была переброшена пехотная дивизия. Из Кронштадта в Средиземное море в 1804 года пришла эскадра под командованием А.С. Грейга в составе двух кораблей и двух фрегатов – в дополнение к находившимся там силам из состава Черноморского флота.
Выполняя союзнические обязательства, 10 сентября 1805 года из Кронштадта в Архипелаг вышли основные силы русского флота под командованием Д.Н. Сенявина, только что произведенного в вице-адмиралы.
Далее последовали героические, драматические и трагические события в истории русского флота.
Все эти годы Фёдор Фёдорович добросовестно исполнял свои обязанности. В 1804 году он дополнительно был назначен начальником флотских команд. В том же году адмирал составил подробную записку о служении Российскому флоту, в которой подытоживал свою деятельность: «Благодарение Богу, при всех означенных боях с неприятелем и во всю бытность онаго флота под моим начальством на море, сохранением Всевысочайшей Благости ни одно судно из онаго не потеряно и пленными ни один человек из наших служителей неприятелю не достался». Тут мы должны отметить, что потери были и у адмирала Ф.Ф. Ушакова. Некоторые факты и количественные данные о потерях приводились в предыдущем разделе.
Обострялись болезни, усиливались душевные страдания от наблюдения за происходящим. Но не забывал адмирал заботиться о ближних своих: в его дом в Петербурге – а жил он на Васильевском острове в доме с относительно небольшим земельным участком, часто приходили за помощью. Одних он снабжал деньгами, одеждой, за других, особо нуждающихся, ходатайствовал перед более имущими господами. Например, переписывался по этому поводу с известным благотворителем графом Н.П. Шереметевым, построившим в Москве в память своей умершей жены Странноприимный дом.
В условиях начала новой войны с Францией и Турцией в 1807 году адмирал Ф.Ф. Ушаков по собственному желанию уходит в отставку, очевидно, понимая, что по состоянию здоровья он уже не сможет участвовать в начавшихся военных действиях. Ещё около трёх лет отставной адмирал жил в столице. Перед тем, как окончательно в 1810 году покинуть столицу, Фёдор Фёдорович, «памятуя час смертный с каковою незапностью оный приключается», написал завещание. Никогда не имевший своей семьи и своих детей, он все свои владения передал в собственность племянникам, «которых почитаю я вместо детей моих и о благе их стараюсь как собственный их отец». Есть свидетельства того, что в следующем году Ушаков совершил последнюю поездку в Крым, где продал, принадлежащие ему земельные участки (В.А. Машков).