Как отмечалось, уже 4 февраля был подписан рескрипт Павла I Главному командиру Черноморскими флотами адмиралу Н.С. Мордвинову с требованием «привести флоты и берега наши в безопасность» на тот случай, если французы спровоцируют Оттоманскую Порту выступить против России. Очень важно заметить, что сначала приготовления были направлены именно против Порты, а, отнюдь, не против Франции. Предписывалось: вооружить двенадцать кораблей и фрегатов с необходимым количеством малых судов под командованием вице-адмирала Ф.Ф. Ушакова; по готовности – учредить крейсерство у крымских берегов; привести в готовность гребной флот под командованием вице-адмирала П.И. Лежнева; определены были и некоторые другие задачи.
Подготовку эскадры Ф.Ф. Ушаков начал с подбора «благонадежных» кораблей веё состав, а также командиров. Он просит задержать перевод на Балтийский флот ряда командиров кораблей. Далее встала проблема укомплектования команд кораблей «морскими служителями артиллеристами» и «солдатскими командами».
По опыту предыдущей войны Ф.Ф. Ушаков знал, что турки часто стремились уйти с дистанции артиллерийской дуэли на дистанцию абордажного боя. Для его ведения недостаточно было матросов из состава экипажей кораблей. На каждом корабле была, так называемая, «солдатская команда» специально предназначенная для ведения абордажного боя. Однако, в связи с предстоящими действиями, требовалось увеличить штаты, чтобы довести общую численность солдатских команд с 300 до 800 человек. Для этого в Севастополе не было достаточного количества «морских солдат», и Ф.Ф. Ушаков просил прислать их из Херсона (в то время – главной базы флота) или взять из пехотного полка. Кроме того на кораблях эскадры не хватало артиллеристов. Обращения Ф.Ф. Ушакова о пересмотре штатов кораблей и укомплектовании команд во флотские инстанции не привели к успеху. Поэтому в апреле он обращается по этому вопросу к самому царю и просил покровительства, как кода-то у Г.А. Потёмкина. Однако и после этого вопрос не был решен.
Надо отметить, что указанное понимание Ушаковым тактики турок, привело его к выработке и освоению собственной тактики борьбы с ними. Сущность её состояла в том, чтобы смело и стремительно сблизиться с противником не на дистанцию абордажного боя, а на дистанцию артиллерийской дуэли. Правда, Фёдор Фёдорович уменьшал эту дистанцию до кабельтова, а то и полкабельтова, чтобы артиллеристы били наверняка. Эта тактика, как показано выше, была проверена в предыдущих сражениях. Выработанной тактике он следовал практически во всех морских боях и даже, как увидим, в бою кораблей с крепостями.
В ходе подготовки эскадры возник очередной серьезный конфликт Ф.Ф. Ушакова с Главным командиром Черноморских флотов (корабельного и гребного) Н.С. Мордвиновым. Сначала на почве того, что Ушаков, якобы, без дополнительной команды Мордовинова в феврале приступил к вооружению кораблей. Мордвинов об этом доложил в Адмиралтейств-коллегию и требовал наказания Ушакова. Чуть позже Ушаков сообщил вышестоящим инстанциям, включая царя, о том, что Главный командир не укомплектовывает эскадру личным составом. В апреле Мордвинов неоднократно устно и письменно оскорбил Фёдор а Фёдоровича. На этот раз Ушаков пожаловался в Адмиралтейств-коллегию.
Трудно сегодня представить себе ту нервозную обстановку, в которой приходилось готовить эскадру. Естественно, конфликт между командующими сказывался на качестве подготовки: составе кораблей, укомплектованности команд, качестве ремонта, своевременности снабжения и др. Думается, Ушаков с облегчением покинул Ахтиарский рейд в начале мая (к тому времени Севастополь был переименован в Ахтиар), выйдя в крейсерство в направлении Одессы.
В ходе крейсерства между Одессой и Ахтиаром производилась усиленная отработка экипажей и маневрирования эскадры. К концу июня Адмиралтейств-коллегия оправдала вице-адмирала Ф.Ф. Ушакова по части начала вооружения судов и более того, – признала его действия весьма своевременными. Скорее всего, это обстоятельство ещё более обозлило Н.С. Мордвинова.
В ходе крейсерства произошли серьезные инциденты, в том числе погибли люди. 6 мая корабль «Св. Владимир» в тумане столкнулся с фрегатом «Св. Александр Невский». Оба получили повреждения и отправлены в Ахтиар для ремонта. 16 июля произошла катастрофа – во время шквала перевернулся и затонул кирлангич (небольшое парусное одномачтовое судно) «Ахил». Погибла вся команда судна, за исключением одного матроса.
К концу июля эскадра прибыла от Одессы на «вид Ахтиарского рейда», где она периодически пополняла запасы провизии и пресной воды. Тут и застал Ф.Ф. Ушакова 4 августа нарочный от царя с рескриптом от 25 июля 1798 года.