Следующим островом, который предстояло освободить стал о. Занте (Закинф). Это был тот самый остров, на который в своё время (в 1770 году) базировались эскадры адмирала Г.А. Спиридова. В то время крупный корпус жителей (до 2 тысяч человек) во главе с В. Макрисовым принял участие в операциях русской эскадры и был практически полностью уничтожен. Местный житель Д. Мочениго создал на Занте настоящий центр службы при русской экспедиции. В последующем Венеция подвергла его суровым преследованиям. В 1797 году, после того как французы заняли Корфу, но ещё не подошли к Занте, приверженцы России на острове с криками «Да здравствует Павел I» подняли над крепостью русский флаг, что в те времена означало добровольный переход под покровительство державы флага (Скаловский, с. 107). Таким образом, жители острова в политическом плане были готовы доброжелательно встретить соединённые эскадры.
От занятого накануне острова Цериго эскадры смогли двинуться к Занте лишь 6 октября, т. к. мешали сильные «противные ветры». Как и ранее, вперед были отправлены фрегаты «Григорий Великия Армении» и «Счастливый» под командованием все того же капитана И.А. Шостака. Корабли были встречены почетными гражданами острова на лодках. Они приветствовали Ушакова и получили от него российский кормовой флаг вместо знамени для восставших жителей острова. На берег был высажен русско-турецкий десантный отряд под командованием майора И.А. Иванова (командир русских подразделений) и лейтенанта Е.П. Метаксы (командир турецких подразделений). Всеми силами (десантом и отрядом кораблей) при овладении островом командовал капитан И.А. Шостак.
К моменту высадки десанта 13 октября французы уже не контролировали весь остров, где вооружилось к тому времени до 8 тысяч местных жителей. Подошедшие фрегаты артиллерийским огнем сбили вблизи крепости пять небольших французских батарей и вынудили противника укрыться в крепости. К вечеру все корабли соединённых эскадр стали на якорь вблизи крепости. Десантные войска и местные жители осуществляли последние приготовления к штурму. Видя превосходящие силы, противник в полночь запросил перемирия и на следующий день сдал крепость. В плен были взяты 491 человек, в том числе 47 офицеров. За взятие Занте Ф.Ф. Ушаков был награжден 21 декабря 1798 года только что учрежденным новым орденом Святого Иоанна Иерусалимского с «присовокуплением Командорства в две тысячи рублей ежегодного дохода» (по тем временам большая сумма). Фёдор Фёдорович стал командором Великого Российского Приорства, то есть титулованным рыцарем.
Этот орден по статуту считался высокой военной наградой и имел три степени: I степень – Большой командорский крест; II степень – Командорский крест; III степень – Кавалерский крест. Знак ордена был золотым, покрытым белой эмалью. По форме Кавалерский знак ордена (III-я степень) представлял собой равноконечный крест с расширяющимися от центра концами, которые раздваивались наподобие ласточкиных хвостов, но у знака III-й степени не было верхнего луча. Что же касается знаков ордена I-й и II-й степени, то в их основе лежал белый четырехконечный Мальтийский крест, но он был значительно крупнее Кавалерского и украшен короной, золотыми лилиями, рыцарскими трофеями и назывались соответственно Большим и Малым командорскими крестами.
Судя по документам, если быть точными, вице-адмирал Ф.Ф. Ушаков награждён Командорским крестом Св. Иоанна Иерусалимского II-й степени.
На следующий день победителей с триумфом встречали на берегу. Жители восклицали: «Да здравствует государь наш Павел Петрович! Да здравствует избавитель и восстановитель Православной Веры в нашем отечестве» (Скаловский). Также как и на предыдущем острове, в последующие десять суток была избрана власть и оставлен русско-турецкий гарнизон.
Окрыленные успехом, Ф.Ф. Ушаков и Кадыр-бей решили изменить тактику последующих действий. Вместо последовательного овладения островами они решили одновременно послать отряды кораблей к нескольким островам. 14 октября к о. Кефаллония (Кефаллиния) отправился отряд кораблей под командованием капитана 2 ранга И.С. Поскочина (3 русских и 1 турецкое судно), 18 октября – к о. Св. Мавры (Левкас) – под командованием капитана 1 ранга Д.Н. Сенявина (2 русских и 2 турецких судна), 20 октября – к о. Корфу – под командованием капитана 1 ранга И.А. Селивачева (3 русских и 3 турецких судна).