Блокада продолжалась 69 суток. Характер действий таков. Блокирующие старались как можно ближе построить достаточное количество артиллерийских батарей, обстреливать крепость и никого не впускать и не выпускать. Обороняющиеся стремились обстрелами, вылазками разорвать кольцо блокады. Боевые столкновения часто были ожесточенными, с обеих сторон были значительные потери. Как окажется позже из семитысячного французского гарнизона к концу блокады останется в живых три тысячи четыреста человек.
В начале октября на помощь осаждающим прибыли австрийские войска (~8000 человек) под командованием генерал-лейтенанта Фрелиха, те самые, которые не успели войти в Рим (о взятии Рима см. ниже).
В ходе освобождения области и блокады Анконы русские в восьмидесяти четырех городах и поселках учредили магистраты и правления. В важнейших населенных пунктах были созданы военные комендатуры и назначены коменданты. Однако уже накануне прихода основной части австрийских войск в провинцию, как позже писал Н.Д. Войнович, «…многие магистраты бежали в объятия сильнейших». К русским возникло некоторое недовольство. Австрийцы тут же дали указание, чтобы не довольствовать русских без подписи австрийского командования. Было отказано кораблям в пополнении пресной водой. С приходом всех войск Фрелих направил письмо Н.Д. Войновичу с требованием заменить всех русских комендантов, подать ведомость на снабжение войск и кораблей. Н.Д. Войнович выразилнесогласие с первым требованием, так как по ордеру Ф.Ф. Ушакова считал себя не подчиненным австрийскому генералу, а содействующим. Ведомости же обещал передать «… при первом свидании с ним на батареях». Однако, как покажет дальнейший ход событий, ни первого, ни последующих свиданий на батареях не будет. Австрийцы, используячисленное превосходство в войсках, овладеют ситуацией и установят свои политические порядки во всей области.
Политическая ситуация в районе резко меняется. Если до этого русские были хозяевами положения, то теперь «генерал Фрелих по прибытии своем вдруг захотел сделаться начальником всех мест». Позже прибыл А. Кавалар в качестве гражданского и политического комиссара австрийского правительства. Русским было дано понять, что ни в их войсках, ни в их кораблях австрийцы не нуждаются.
Все их действия вписываются в общую военно-политическую ситуацию. В сентябре суворовские войска по настоянию Австрии отправляются из Италии в Швейцарию. И практически одновременно противник разгромил русский корпус генерала А.М. Римского-Корсакова при Цюрихе. Как впервые сказал Ф. Шиллер в своей драме, написанной, кстати, незадолго до описываемых событий («Заговор Фиеско в Генуе», 1783 г.) – «Мавр сделал своё дело мавр может уходить».
В такой обстановке Н. Д. Войнович перенес свою штаб-квартиру с корабля на берег. Он не давал согласия на самостоятельные действия австрийцев. Однако, несмотря на то, что местные жители больше желали иметь российскую «протекцию», австрийцы проводили свою политику.
Н.Д. Войнович неоднократно предлагал Фрелиху совместный штурм крепости с суши и моря. И это понятно. У русских были корабли, но не было десантных войск, у австрийцев были войска, но не было кораблей. Однако на данном этапе действий можно было обойтись без кораблей, которые уже выполнили свои основные задачи по блокаде крепости. Тем не менее, австрийцы предприняли штурм только после того, как русско-турецкие фрегаты из-за плохой погоды и неисправностей ушли в Триест. Этим ещё больше снижалась роль русско-турецкого отряда во взятии крепости. Однако русские и при отсутствии фрегатов активно действовали с моря сформированной флотилией малых судов. Был уничтожен один французский корабль, одно судно было пленено, а также захвачено несколько ключевых мест в гавани.
В начале ноября австрийцы без русских и турок начали переговоры с французами о капитуляции. 4 ноября без штурма капитуляция была подписана без учета позиции Н.Д. Войновича, более того, с игнорированием данной позиции. Возникли инциденты со снятием русских и турецких флагов и часовых. Караулы пришлось снять и солдат принять на корабли. Другая часть войск была размещена в Фано и Сенигаллии, но не в Анконе. Флотилия малых судов продолжала находиться в гавани Анконы, фрегат «Казанская Богородица» следовал из Триеста к Анконе, а остальные фрегаты ремонтировались в Триесте.
16 ноября Ф.Ф. Ушаков о всех возникших конфликтах донес императору.