После почетной для французов капитуляции отстранение русско-турецких войск от победы продолжалось. Фрелих самовольно отпустил турецкие войска, состоящие под началом Н.Д. Войновича в Неаполь. В результате команды турецких кораблей оказались разукомплектованы и не могли выйти в море. Более того, австрийцы отказывали в снабжении неаполитанских нерегулярных войск, сочувствующих русским. Оценивая события, Н.Д. Войнович позже писал: «Таким образом, награждены столь великие издержки и пролитая кровь…, употребление почти без остатка всей амуниции и снарядов, вред, претерпенный фрегатами от жестоких погод, повреждение 18-ти больших пушек, издержки на флотилии и содержание служителей…».
Очевидно, что побудительным мотивом для подобного поведения австрийцев было отстранение их от капитуляции Рима. (Но, заметим, и русские там, по существу, оказались ущемленными, см. ниже). Тем не менее, целью политики австрийцев при Анконе было, как отмечал Н.Д. Войнович, «… наградить сиё исключением нас из капитуляции анконской». Поведение австрийцев при Анконе было следующей трещиной в союзной коалиции. Ещё через два месяца русские откажутся взаимодействовать с австрийцами при Генуе. В результате будут прекращены совместные с австрийцами действия как на суше, так и на море.
В то время, когда на рубеже 1799–1800 гг. между австрийским (Австрией) и российским (Россией) императорами назревал разрыв, российский монарх выдвинул два условия для восстановления дружественных связей: чтобы Венский Двор отказался от своих притязаний на приобретения и вознаграждения в Италии и чтобы был сменен министр Тугут. Венский Двор не собирался уступать. Павел I готов был к разрыву отношений. И в тот момент пришло сообщение Ушакова о происшествиях при Анконе – оскорбление русского флага и оттеснение русских войск от победы. «Дерзкие оскорбления, нанесенные австрийцами российскому флагу, глубоко огорчили императора Павла» (Милютин, т.5, с. 191). Он потребовал «сатисфакции» и удалил австрийского посла сначала от Двора, а позже и из Петербурга. Демарш подействовал.
Генерал Фрейлих был вызван в Вену и отдан под суд. В конце февраля 1800 года военно-судебная комиссия признала генерала виновным в дерзких поступках в отношении к российскому флагу и он отставлен от службы, другим двум генералам, бывшим в Анконе (Скалу и Княжевичу), приказано явиться в Вену для объяснений; а непосредственные исполнители – майор и два капитана преданы суду. Решение суда Павла I не удовлетворило. Как известно в апреле из Вены и Лондона были отозваны российские послы.
В середине лета австрийцы вновь вынуждены были пойти на примирение с Россией. Павел I в качестве условий вновь потребовал строгого наказания генерала Фрейлиха и присылки в Петербург торжественного посольства с извинениями от Венского Двора. Император Австрии на оба условия соглашался, однако общая обстановка и, особенно, отношения обеих стран с Великобританией не позволили свершиться задуманному. К началу осени Россия окончательно вышла из коалиции и приступила к созданию Северного союза.
Более того, когда летом 1800 года Бонапарт, разгромив австрийцев, в очередной раз вторгнется в Италию и нанесет поражения австрийцам, русские будут считать это справедливым наказанием неблагодарного союзника. Корабли эскадры Н.Д. Войновича будут ремонтироваться в Анконе до этой новой победы французов. Они не смогут соединиться, несмотря на требования Ф.Ф. Ушакова с возвращающейся в Черное море эскадрой и уйдут в Триест. Только после этого французы вновь займут освобожденную область.
Во всей ситуации вокруг Анконы остается невыясненным вопрос о некоторой пассивности Ф.Ф. Ушакова в реагировании на события. Очевидно, следует признать ошибкой снятие первой блокады. В силу обстоятельств не удалось реализовать в полной мере принцип «эксплуатации победы», когда одна победа ведет за собой следующую. После взятия Рима Ф.Ф. Ушаков пытался вновь «проэксплуатировать победу» и тут же направить десантные войска полковника Скипора к Анконе. Но его убедили не делать этого, поскольку туда уже направлены войска Фрелиха. Фрелих же, как видно, распорядился ситуацией по – своему. По всем документам чувствуется, что Ф.Ф. Ушаков допустил просчеты, не имея истинной информации о положении под Анконой. Он дважды упрекал Н.Д. Войновича в том, что тот своевременно не сообщает о ситуации.