Уже в Мессине турецкие матросы с кораблей эскадры Пустошкина, ссылаясь на долгое нахождение на море, отказались идти к Генуе. Ушакову и Кадыр – бею удалось убедить их идти в составе эскадры в Палермо. 16 сентября при первом попутном ветре эскадры вышли в Палермо, эскадра Сорокина – в Неаполь. Эскадра Пустошкина направилась в Ливорно на пути к Генуе 18 августа.
21 августа соединённая эскадра прибыла в Палермо. На русском и турецком флагманских кораблях побывали контр-адмирал Г. Нельсон и английский полномочный министр У. Гамильтон. Затем последовал ответный визит Ушакова и российского полномочного военного министра Италинского на флагманский английский корабль. Здесь состоялся обмен мнениями о совместных действиях против Мальты. Нельсон не согласился с Ушаковым о немедленных действиях против Мальты. Он считал, что первоочередными должны быть другие задачи. У русских сложилось впечатление, что их не допускают к Мальте.
24 августа командование эскадрами было представлено полномочным министрам графом В.В. Мусиным-Пушкиным-Брюсом королю Обеих Сицилий (так он стал «величаться» в документах, хотя фактически это государство будет образовано только в 1816 г.) и высочайшей фамилии, которые их приняли «с отменной ласковостью». На следующий день король посетил адмиральский корабль «Св. Павел» и был «в крайнем удовольствии».
В эти дни Нельсон, Ушаков, Карцов, Кадыр-бей, первый неаполитанский министр Актон неоднократно советовались относительно дальнейших действий. Предложение Ушакова о первоочередных совместных действиях против Мальты не были приняты. Нельсон предполагал действовать в районе западных Средиземноморских портов (Магон, Гибралтар), португальская эскадра направлялась в Португалию, Ушакову же с обеими союзными эскадрами предлагалось отправиться в Неаполь «для восстановления и утверждения в оном тишины и порядка».
При оценке визитов и переговоров, которые многими исследователями интерпретируются весьма неоднозначно, необходимо учитывать важные психологические обстоятельства. Ф.Ф. Ушаков был командующим соединёнными эскадрами, имел звание адмирала., Г. Нельсон же командовал эскадрой и звание его было – контр-адмирал. Г. Нельсон был победителем французов в Абукирском сражении, однако уже долее года, блокируя Мальту, не мог её взять. Ф.Ф. Ушаков же, имея за плечами громкие победы в Чёрном море, только что овладел, считавшейся неприступной, крепостью Корфу и, как он считал и докладывал своему императору, «…освободил половину Италии». Наконец, Нельсону исполнилось всего сорок один год, в то время как Ушакову – пятьдесят четыре. Для людей военных и политиков эти обстоятельства были важными всегда.
Тем не менее, Ушаков в ходе совета с союзниками принял план дальнейших действий по освобождению Северной Италии (Рима, Генуэзской провинции, Анконы). Действия против Мальты откладывались.
В конце августа получил драматическое развитие конфликт на турецких кораблях. Матросы продолжали требовать возвращения в Константинополь. Более того, на берегу турецкие матросы вели себя недостойно и дали повод к недовольству местных жителей. Недовольство вылилось в грандиозную драку. В результате было «убито до смерти» 14, ранено 53 и пропало без вести 40 турецких матросов. Погибло также немалое число местных жителей. Происшествие стимулировало требование турецких матросов о возвращении в Константинополь. На этот раз уговорить их не удалось. Турецкая эскадра в составе 4 кораблей, трех фрегатов, корвета и кирлангича отправилась через Корфу в Константинополь. Ушаков с русскими кораблями в составе семи кораблей, фрегата, двух авизо 2 сентября отбыл из Палермо в Неаполь, куда и прибыл 7 сентября. Здесь он планировал вылечить большое количество больных цингой с эскадры Карцова, по возможности отремонтировать неисправные корабли и действовать в зависимости от обстоятельств.
По существу, в середине сентября оставшиеся русские эскадры действовали в 4-х направлениях: в Неаполе, у Анконы, в Генуэзском заливе и готовили поход на Рим.
Таким образом, переразвертывание эскадр в Неаполь было осуществлено через Мессину и Палермо за 45 суток (с 24 июля по 7 сентября). За это время в Италии произошли большие события – закончено освобождение от французов всего Неаполитанского королевства. А ведь именно для этого направлялись сюда эскадры. Правда, в освобождении ряда юго-восточных провинций и Неаполя участвовали русские десантные войска, однако они составляли меньшую часть всех войск и не могли претендовать на роль единственных освободителей королевства. Более того, в овладении Неаполем, несмотря на значительный вклад русских войск, они были «оттеснены от победы» Нельсоном. Капитуляцию последней крепости приняли англичане, перехватив, по существу, победу у россиян.