22 октября Ушаков отдает указания Скипору о возвращении десантных войск из Рима в Неаполь, так как король Обеих Сицилий просит оказать помощь в овладении о. Мальта. А следующим днем датирован рескрипт Павла I о возвращении эскадры и всех войск в Черное море. Однако до возвращения пройдет ещё целый год…
Десантные войска полковника Скипора возвратились в Неаполь к середине ноября. Главнокомандующий в Риме неаполитанский генерал Нассели в письме Ушакову выражал свою признательность за доброе поведение, порядок и воздержанность «русского войска», которые вызвали общее народное почтение и любовь. Полковник Скипор, майор Боасель и лейтенант Балабин представлялись к императорскому «милостивому благоволению», читай – к награждению.
Можно сделать несколько выводов по действиям русских десантных войск при освобождении Рима. Во-первых, приход русской эскадры в Неаполь стал решающим фактором для решения французов сдать Рим и провинцию Чивита-Виккия. Во-вторых, авторитет Ушакова был настолько высок, что именно ему было поручено руководить союзными (неаполитанскими и русскими) войсками в походе на Рим. В-третьих, англичане сумели, воспользовавшись ситуацией, «украсть победу» у союзных войск, заключив договор с французами о капитуляции до вступления союзных войск в Рим. Данный факт стал ещё одной причиной подозрительности к англичанам. В-четвертых, несмотря на все дипломатические перипетии, неаполитанское правительство рассматривало русские десантные войска в качестве стабилизирующей силы в Риме. Они таковыми и стали, обеспечив в течение месяца «спокойствие, тишину и порядок» в городе.
Как отмечалось ранее, необходимость блокады Генуи возникла в середине 1799 года, в результате стремительного продвижения с востока на запад на севере Италии войск под руководством генерал-фельдмаршала графа А.В. Суворова-Рымникского. Уже в середине июля А.В. Суворов, как отмечалось, обратился к Ф.Ф. Ушакову, к Порте Оттоманской, к Г. Нельсону и королю неаполитанскому с просьбой организовать блокаду с моря главных сил противника в районе Генуи, т. к. «… субсистенцию (т. е. резервы – прим. авт.) они должны иметь морским путем из Франции». Кроме того, он просил охранять его «хлебные магазины» в районе Ливорно и Пизы.
О ходе выполнения данной задачи известно очень мало, хотя об Ф.Ф. Ушакове и написано много книг. Чаще всего упоминается только то, с какой целью было организовано крейсерство («по просьбе А.В.Суворова») и практически нет сведений о том, как оно осуществлялось, с какой результативностью и как завершилось. Характерным является описание этих действий приведенное в (Овчинников, с.77, 2001 г.): «В Мессине Ушаков получил письмо от Суворова, в котором тот просил срочно направить к Генуе отряд кораблей для блокады порта (выделено нами). И туда 19 августа был отправлен отряд из 2 кораблей и 2 фрегатов под командованием Пустошкина, получившего к тому времени чин вице-адмирала». Все! Больше в работе о действиях эскадры Пустошкина у Генуи ни слова. А ведь они заслуживают анализа, поскольку не только наполняют содержанием всю картину действий эскадр в Итальянской компании, но и проливают новый свет на взаимоотношения союзников в войне. В очередной раз, теперь у Генуи, возникли недоразумения между русскими и австрийцами.
Как было указано выше, 10 августа Ушаков отдал ордер вице-адмиралу В.П. Пустошкину с семью кораблями следовать в Генуэзский залив для блокады крепости. В распоряжение В.П. Пустошкина поступили корабли, пришедшие с ним с Черного моря перед взятием о. Корфу («Св. Михаил», «Симеон и Анна», поляка «Экспедицион» и требакул), а также турецкий корабль и два фрегата. На кораблях находились также десантные войска черноморского «Браммерового батальона» (более двухсот человек). Перед самым выходом в море турецкие матросы взбунтовались и отказались идти к Генуе.
В ожидании благоприятной погоды русские корабли находились в Мессине до 18 августа. Заметим, что 16 августа А.В. Суворов уже получил рескрипт царя об оставлении Италии. Однако ни Ф.Ф. Ушаков, ни В.П. Пустошкин этого не знали.
Через двадцать дней, 30 августа В.П. Пустошкин прибыл в Ливорно, в то время один из крупнейших торговых портов на западном побережье Италии. Отсюда он донес А.В. Суворову и Ф.Ф. Ушакову о своем прибытии и о подготовке к крейсерству.