Пока происходили приготовления, было получено указание от Ушакова, в котором он просил Бороздина до февраля 1800 года задержаться на Корфу. Однако к февралю до Ушакова доходят сведения о решении Двора оставить все-таки эти два батальона в королевство. И он решает тут же отправить батальоны в Бриндизи (по некоторым источникам – в Отранто), извлекая для себя «…две пользы – первое, что служители оные сойдут с моего попечения от продовольствия провиантом, а второе – после отправления их в Бриндичи на ескадре гребного флота под командою флота капитана 1 ранга и кавалера Пустошкина, оная ескадра останется свободную к скорейшему возвращению в Черноморские порты…» (Документы, т.3, док.208). 17 марта Ушаков рапортом донес Павлу I об отправке батальонов под командованием генерал-лейтенанта М.М. Бороздина через Бриндизи в Неаполь (генерал получил очередное звание, к тому времени ему исполнилось 33 года).
И всё-таки батальоны были доставлены в Бриндизи на тех же судах, на которых прибыли на Корфу из Черного моря. Далее они двинулись «сухим путем» к Неаполю. По пути не преминули побывать в святом для христиан храме в г. Бари и поклониться мощам Святого Николая Чудотворца. (В получасе ходьбы от Базилики Николая Чудотворца в Бари находится русская православная церковь этого святого, официально переданная правительством Италии весной 2009 года). 11 апреля отряд вступил в столицу Неаполитанского Королевства.
В итоге адмирал Ф.Ф. Ушаков выработал следующий замысел поддержки Неаполитанского королевства в первой половине 1800 года (Документы, т.3, док.217). Отряд Бороздина устанавливает «тишину и спокойствие» на пути из Бриндизи в Неаполь, а также в самой столице.
От него может быть отделен отряд для дислокации в Риме. Эскадры, крейсеруя у западных берегов, «доставляют спокойствие со стороны моря».
Задача перехвата судов с французскими войсками из Египта начала возникать в конце 1799 года. В ноябре посланнику России в Турции стало известно о подготовке капитуляции французских войск в Египте, которым всё это время после высадки на суше противостояли войска Блистательной Порты. Капитуляцией предполагалась эвакуация французов в Европу, для чего они требовали более двухсот судов. Русский император своим указом от 30 ноября приказал Ф.Ф. Ушакову войти во взаимодействие с английскими эскадрами, организовать крейсерство в Мессинском проливе, между Мальтой и тунисским берегом, перехватить французские суда «… разбить оные и взять в плен». До середины февраля 1800 года Ф.Ф. Ушаков через Томару, Италинского, Нельсона, Кейта организовывал совместные действия для выполнения указанной задачи.
Было решено от русской эскадры для крейсерства назначить оставшиеся боеспособные силы: эскадру кораблей вице-адмирала В.П. Пустошкина и эскадру кораблей вице-адмирала П.К. Карцова. Остальные силы были не боеспособны, хотя, как признавал сам Ф.Ф. Ушаков (Документы, т.3, док. 200) и требовалось их участие в предстоящих действиях. Первоначально предполагалось, что задача будет выполнена к апрелю 1800 года. Однако в реальности все было иначе.
Капитуляция французов состоялась 24 января 1800 года. Французы получили возможность на своих и турецких судах покинуть Египет. Началась подготовка к эвакуации. Параллельно союзники готовились перехватить суда. Выполнение задачи облегчалось их господством на море, а также наличием значительных сил в районе о. Мальта, блокаду которого продолжали англичане.
Ф.Ф. Ушаков отдал ордер В.П. Пустошкину 13 февраля, а 4 марта эскадра последнего (2 корабля, поляка и требакул) вышли из Неаполя в Мессину, куда прибыли 7 марта. Эскадра должна была крейсировать в Мессинском проливе. Уже 14 марта в крейсерство была отправлена поляка «Экспедицион». Однако линейные корабли смогли выйти в крейсерство только 15 апреля. Причина – необходимость ремонта фок-мачты на корабле «Симеон и Анна», которая сгорела в результате попадания молнии в ночь на 18 марта. Позднее обнаружилась течь и на корабле «Св. Михаил».
За весь период выполнения задачи, т. е. до 22 мая, поляка «Экспедицион» выходила в крейсерство 7 раз по 2–7 суток, а линейные корабли лишь один раз продолжительностью 11 суток. 26 апреля они зашли в порт Сиракузы (юго-восточное побережье Сицилии) и находились здесь до возвращения на о. Корфу. 22 мая «по открывшимся обстоятельствам» крейсерство было прекращено. Экипажи получили денежное довольствие по май 1799 года в неаполитанской монете и три дня «для исправления оного покупкой» оставались в Сиракузах. 25 мая эскадра покинула гостеприимные Сиракузы и 2 июня прибыла на о. Корфу.