Данная задача должна была неизбежно выполняться во время указанной кампании по двум причинам. Во-первых, к лету 1799 года оставалось реальной высадка на острова албанских войск, поскольку местные паши не прочь были прибрать беззащитные острова к своим рукам. Во-вторых, хотя на островах и были к тому времени проведены выборы местной власти, политическая и дипломатическая борьба за послевоенный международный статус островов, за характер власти на них только разгоралась между Россией, Блистательной Портой, Австрией, Неаполитанским королевством, Англией и местными политическими силами. Позиция Ф.Ф. Ушакова, подкрепленная реальной военной силой и её мирным применением были немаловажными факторами в той борьбе.
Уходя на соединение с Г. Нельсоном, Ф.Ф. Ушаков не имел возможности оставить значительные силы и войска на островах. Поэтому им было принято решение оставить на о. Корфу в качестве военной силы два, нуждающихся в ремонте, русских корабля («Богоявление Господне» и «Св. Троица»), захваченный «в приз», как считал командующий эскадрой, у французов бывший английский корабль «Леандр», несколько малых судов, а также турецких: три фрегата, корвет и несколько малых судов. На берегу – небольшие команды войск в крепостях и караул для охраны устроенных на Корфу магазинов (складов). Надо отметить, что силы были оставлены немалые, тем более, если учесть, что они дополнялись «городскими войсками», т. е. вооруженными нерегулярными формированиями из местных жителей. Старшим морским начальником, которому были подчинены все силы и войска, был назначен командир корабля «Богоявление Господне» капитан 1 ранга А.П. Алексиано, комендантом крепостей – майор Дандрия. Среди задач поставленных А.П. Алексиано были: «о. Корфу сохранять и защищать»; магазины охранять с солдатами во главе с обер-офицером, остальное – городскими войсками. Корабли ремонтировать и готовить к переходу в Ахтиар для основного ремонта. Иметь «… наприменнейшее старание за учрежденной здесь госпиталью». Накапливать на острове, доставляемую для эскадры, провизию.
Напомним, что 24 июля Ф.Ф. Ушаков с основными силами эскадры направился в Мессину и далее в Неаполь.
В августе 1799 года, наконец-то, состоялось русско-турецкое решение о совместном размещении в крепостях русских и турецких войск по 700 человек с каждой стороны. В каждой крепости могло размещаться одинаковое количество тех и других войск. Занятие крепостей должно было быть одновременным. Однако русские войска ещё не были доставлены из черноморских портов и А.П. Алексиано ни в коем случае не должен был позволить турецким войскам вступить в крепости. Этого он в конечном итоге и добился.
В целях выполнения указаний командующего эскадрой А.П. Алексиано усилил гарнизоны на островах Св. – Мавры и Парга, начал ремонт артиллерии на о. Корфу.
В середине сентября неожиданным для всех стало прибытие на о. Корфу турецких кораблей, отделившихся от флота в Палермо. Ф.Ф. Ушаков об этом заранее не был информирован, поэтому для исключения инцидентов, дал дополнительные указания А.П. Алексиано. Турецкие военнослужащие ограниченно допускались на берег и только без оружия. Корабли под командованием Кадыр – бея у острова находились чуть больше месяца. 16 октября, пополнив запасы, в том числе «коровьего масла» – за счет запасов созданных для эскадры Ф.Ф. Ушакова, турецкие корабли отбыли в Константинополь.
Примерно в то же самое время англичане добились от русских передачи им корабля «Леандр». Как ни писал Ф.Ф. Ушаков в различные инстанции, доказывая, что корабль – это его приз, что он ему необходим, решение Двора было – вернуть корабль англичанам. Его пришлось минимально исправить на Корфу, снабдить провиантом и такелажем и передать английской команде. (Из списка английских парусных кораблей: Leander, 50 (1780) – захвачен французами 1798, захвачен русскими 1799, возвращен Британии, превращен в госпитальное судно 1806, переименован в Hygeia 1813, продан 1817).
К середине сентября поступили сведения о том, что албанские войска разоружены и уже не претендуют на захват островов, т. е. в данном вопросе обстановка разрядилась сама собой. Однако политическая борьба вокруг устройства политической власти на островах кипела, и военные должны были быть готовы к любому повороту событий
В свете поставленной в данном разделе задачи следует отметить ход накопления провианта на о. Корфу. Ещё до отхода кораблей к о. Сицилия, летом на Корфу был доставлен провиант и такелаж из черноморских портов. Часть провианта была направлена в Мессину. Однако к началу октября в Неаполе возникли проблемы со снабжением эскадры продовольствием. Ф.Ф. Ушаков отправляет на о. Корфу корабль «Св. Петр» (командир – будущий флотоводец Н.Д. Сенявин) и фрегат «Поспешный» для доставки оттуда провианта эскадре. Так были использованы возможности острова в снабжении кораблей.