Ф.Ф. Ушаков предполагал идти к Мальте с пятью из шести, имеемых в наличии, кораблями. Один корабль и три фрегата он оставлял в Неаполе «для содержания спокойствия и поправления худостей». Однако в ноябре совместные действия не начались, а в декабре Ф.Ф. Ушаков получает рескрипт о возвращении в Черное море, «…когда помощь флота в Италии будет не нужна».
Ф.Ф. Ушаков всегда помнил о необходимости участия России в овладении Мальтой и о размещении на острове предназначенных для этой цели войск. Однако к концу осени состояние кораблей его эскадр сильно ухудшилось. Реально в действиях против Мальты могла принять участие только эскадра вице-адмирала Карцова. Линейные корабли «Св. Павел», «Св. Петр», «Захарий и Елисавет» и «Мария Магдалина» нуждались в серьезном ремонте, который можно выполнить только на о. Корфу. К 20 декабря 1799 года в Неаполе была закончена подготовка части эскадры для действий против Мальты: эскадра Карцова и войска Волконского. Вместе с кораблями, направляющимися в Корфу, а также с шестью неаполитанскими судами с размещенными на них русскими войсками, они вышли в Мессину, а оттуда через Аугусту должны были следовать к Мальте. Однако по приходу в Мессину (25 декабря) от военного министра (военного атташе) Андрея Яковлевича Италинского из Палермо было получено указание не участвовать в совместных действиях (рескрипт царя о возвращении эскадры в Черное море). И все корабли и войска во главе с Ф.Ф. Ушаковым отправились на о. Корфу. Фёдор Фёдорович очень сильно сожалел, что опять не удалось участвовать во взятии Мальты, а также, что он лично не сдержал обещание, данное в октябре Нельсону. Однако это не было последним его разочарованием.
В середине февраля 1800 года командующим английскими силами в Средиземном море становится вице-адмирал лорд Кейт, который вновь обращается к русским за помощью в отношении Мальты. Аналогичная просьба одновременно поступает и от Неаполитанского короля. Начинаются консультации, а Ф.Ф. Ушаков стоит перед неразрешимыми проблемами: неисправные корабли, отсутствие провианта и такелажа. В ремонте нуждались уже 6 из 7 кораблей. Для окончания работ требовалось не менее месяца. Припасы также ожидались из Черного моря только через месяц. Оттоманская Порта под разными предлогами провиант практически не поставляла. Порта не имела интереса присутствия России в Средиземном море, в частности, – на Мальте. Она объективно препятствовала активным действиям русской эскадры. Союз был действительно «причудливым». Разочарованный Ф.Ф. Ушаков в одном из писем употребил даже такую фразу: «Порта два года морит нас голодом…» (Документы, т.3, док. 222).
Следует учитывать, что именно в это время русская эскадра готовилась выполнять и ещё одну задачу – перехват французских судов из Египта.
При всем при том, Ф.Ф. Ушаков сильно опасался, что англичане самостоятельно возьмут Мальту и тогда возникнет проблема с размещением на острове русских войск. Как следует из документов, разместить войска на Мальте – было безусловное требование императора. Не выполнить его Ф.Ф. Ушаков не мог.
В середине апреля 1800 года появляется указание царя – эскадре принять участие в освобождении Мальты и в наведении порядка в Неаполе по просьбе Неаполитанского короля. Самому Ф.Ф. Ушакову быть в Неаполе и руководить действиями. Как резко менял свои предпочтения Павел I… Осенью «возвращал» эскадру со всеми войсками в Черное море, а весной – все наоборот. Исчерпав все возможные меры для подготовки сил, Ф.Ф. Ушаков 2 июня доносит царю о неисправных кораблях, об отсутствии провианта, о нерешенных вопросах снабжения эскадры у Мальты. По существу, он сообщает о невозможности выполнить задачу и ожидает ответа. Задумаемся, как должны были реагировать на это сообщение в Санкт – Петербурге, как должны были переменить отношение к командованию русских эскадр все те, кто привык к тому, что достаточно одного их слова, чтобы все возможное и невозможное свершалось. А тут вдруг какой – то Ушаков сообщает, что не может выполнить задачу. Возможно, именно тут надо искать причину охлаждения чиновников в Санкт – Петербурге к Ушакову и к роли проведенных в Средиземном море кампаний под его руководством.
Ответа Фёдор Фёдорович не дождался. Ровно через месяц, 2 июля, он доносит царю решение Генерального военного совета эскадры – следовать в Черное море. И в третий раз не удалось принять участие в освобождении Мальты.
Таким образом, в течение года (с июля 1799 года по июль 1800 года) трижды предпринимались усилия для организации совместных действий с англо-португальскими союзниками и неаполитанцами по овладению Мальтой. В первом случае отказались англичане и португальцы, во втором – политики и дипломаты России, в третьем – русские эскадры уже были небоеспособны. В результате, не достигнута одна из целей посылки эскадр в Средиземное море, поставленных царем и правительством России. Мальтой овладели англичане и португальцы в августе 1800 года.