Правда, источники говорят, что Парменион советовал принять морской бой и мотивировал это тем, что поражение не ухудшит общего положения, так как греко-македонский флот и без того значительно уступает персидскому. Если же, паче чаяния, бой будет выигран, это сразу же резко улучшит обстановку на море. Парменион предлагал лично стать во главе флота для этой отчаянной попытки. Но Александр категорически отклонил план Пермениона. Он указывал, что надежды на победу нет никакой, а поражение македонского флота произведет дурное впечатление на Грецию.
Если рассказ об этом случае достоверен (некоторые современные историки в нем сомневаются), то он лишний раз показывает осторожность Александра, который, хотя и был лично весьма храбр, но никогда не шел на авантюры.
Тем временем к Милету были подвезены стенобитные машины, которые македонское командование здесь впервые применило в широком масштабе. В стенах были пробиты бреши, и город взят штурмом. Мемнону удалось бежать, а 300 греческих наемников укрылись в гавани на маленьком скалистом островке и готовились дорого продать свою жизнь. Александр приказал объявить, что он сохранит им жизнь, если они сдадутся. Греки сдались и были зачислены в македонскую армию. Персидский флот отступил на юг от Милета к городу Галикарнасу. Греческое население Милета Александр пощадил и восстановил там демократию (июль 334 г.).
После этого Александр отпустил в Грецию свой флот, за исключением 20 афинских кораблей, которые он оставил в качестве залога. В науке много спорят о том, была ли здесь совершена Александром ошибка или нет. Указывают, что отпускать флот и тем самым остаться беззащитными со стороны моря было крайне неосторожно. Однако нужно представить себе ясно всю обстановку. Приближалась осень, когда греки из-за бурь вообще избегали плавать. Кроме этого, у Александра было мало денег, а содержание флота стоило дорого. Наконец, самым решающим явилось то обстоятельство, что бороться на море против превосходных сил персов флот Александра все равно не мог. Рано или поздно флот погиб бы, не принеся никакой пользы. У Александра был другой план: занимая своими сухопутными войсками побережье, он предполагал затруднить снабжение персидского флота продовольствием, чтобы сделать для него совершенно невозможным всякие операции. Весь этот план в основе своей был правилен, поскольку судьба кампании должна была решиться не на море, а на суше. Но македонское командование, невидимому, не учло того обстоятельства, что персидский флот мог перенести свои операции в глубокий тыл македонян — на острова Эгейского моря, к берегам Греции. Это, конечно, не определило бы исхода войны, но могло создать и создало, как увидим ниже, большие затруднения для Александра.
После взятия Милета Александр двинулся в Карию, главным городом которой был Галикарнас. В Карии его встретила царица Ада, раньше управлявшая всей областью под персидским протекторатом. Незадолго до этого она была лишена верховной власти одним из своих родственников, и теперь под ее управлением находилось только несколько городов. Ада добровольно передала Александру эти города и усыновила его (она была не молода). За это царь вернул ей власть над всей Карией. С обеих сторон здесь была, конечно, тонко рассчитанная дипломатическая игра. Ада хотела восстановить свои права, а Александру политически было крайне важно его «усыновление» Адой. Таким путем в глазах местного населения он приобретал «законные» права, как член одной из восточных династий.
Но оставалось еще овладеть Галикарнасом, великолепно укрепленным городом, с двумя неприступными цитаделями. Здесь собрались все последние защитники Малой Азии: Мемнон, которого к этому времени Дарий назначил командующим флотом и всеми сухопутными силами побережья, греко-македонские эмигранты и остатки греческих наемников. Флот помогал осажденному гарнизону с моря. Однако греко-македонская военная техника взяла верх. Несмотря на неоднократные отчаянные вылазки гарнизона, во время которых были подожжены осадные сооружения, и на большие потери македонян, положение города в конце концов стало крайне тяжелым. Поэтому Мемнон решил его очистить. Сам он перешел на флот, а часть гарнизона заперлась в цитаделях. Но Александр не стал задерживаться на их осаде. Оставив в Галикарнасе отряд из 3000 пехоты и 200 всадников (этому отряду вскоре и сдались галикарнасские цитадели), он с главными силами двинулся в Линию, а затем в Памфилию.