Во главе Ордена стоял великий магистр—гроссмейстер, который избирался особой коллегией. Должность его, как правило, была пожизненной. Под руководством великого магистра начался захват тевтонскими рыцарями земель пруссов. Борьба была неравная. Пруссы жили небольшими племенами, во главе которых стояли отдельные старшины. Между отдельными племенами пруссов происходили частые столкновения, ослаблявшие сопротивляемость их немецко-рыцарскому напору, тогда как немцы-рыцари выступали единым фронтом против пруссов. Несмотря на то, что пруссы политически были раздроблены и по сравнению с рыцарями были плохо вооружены, понадобилось свыше пятидесяти лет, чтобы покорить мужественные племена и принудить их принять христианскую веру и „христианско-скотскую культуру", по образному выражению Маркса.
Завоевание „псами~рыцарями“ земель пруссов сопровождалось величайшими зверствами, о которых Маркс писал: „Рыцари" неистовствут, как испанцы в Мексике и Перу; пруссы храбро сопротивляются, но все более и более изнемогают; чужеземные захватчики проникают вглубь страны, вырубают леса, осушают болота,
Немцы-завоеватели превращали населенные местности в пустыни. Говоря об опустошениях, которые производили „псы-рыцари" в Пруссии, Маркс писал: „К концу XIII века цветущая страна была превращена в 1 пустыню, на месте деревень и возделанных полей появи1 лись леса и топи, жители частью были перебиты, частью уведены, частью вынуждены выселиться в Литву"1. Рыцари для поддержания своего господства над пруссами покрыли всю их страну густой сетью замков.
Тевтонский орден и Орден меченосцев были оплотами немецкой агрессии, устремившейся в Прибалтику. Общность интересов толкала оба Ордена к объединению сил для совместной борьбы с населением Прибалтики, которое уже не раз восставало против своих поработителей.
Объединение обоих орденов (Тевтонского и Меченосцев) состоялось в 1237 г. Орден меченосцев перестал существовать как отдельная феодально-политическая организация, образовав в объединенном Тевтонском ордене самоуправляющуюся провинцию под названием „Ливонского ордена". Объединение обоих орденов значительно укрепляло положение немецких рыцарей в Прибалтике. В основном объединение это было направлено против Северо-западной Руси и политической самостоятельности Новгорода.