1 октября Бела Кун получил назначение в Реввоенсовет Южного фронта, здесь мы подходим к одной из наиболее мрачных страниц в истории гражданской войны и не менее мрачной роли в этих событиях Бела Куна. К октябрю 1920 на европейской территории бывшей Российской империи остался только один активный очаг сопротивления большевистской диктатуре - армия барона Петра Врангеля, закрепившаяся в Крыму. После того, как, потерпев поражения в войне с Польшей, большевики заключили перемирие с поляками, у них появилась возможность, перегруппировать свои войска против Врангеля. Командовать Южным фронтом был назначен Михаил Фрунзе, в состав Реввоенсовета вошли Бела Кун, Мирон Владимиров (Меир Шейнфинкель), Сергей Гусев (Яков Драбкин) и Ивар Смилга. Ленин и Троцкий поставили перед ними задачу ликвидировать белую армию в Крыму до начала зимы. Для того, чтобы поднять к фронту необходимые силы большевики приняли решение привлечь к штурму Крыма Революционно-повстанческую армию Нестора Махно, отряды которого контролировали юго-восточную Украину. В обмен на военную помощь большевики объявляли амнистию махновцам, легализовывали деятельность анархической конфедерации "Набат" и гарантировали Махно автономию его "вольного района", где он мог бы продолжить свои анархические эксперименты. Одним из ключевых переговорщиков с анархистами был Бела Кун , его подпись стоит на соглашении о военно-политическом сотрудничестве подписанном в Старобельске 22 октября 1920. Махно писал в эмигрантских мемуарах, что Кун привез ему в подарок именной набор фотокарточек с конгресса Коминтерна, и, переходя с ломанного русского на немецкий, усиленно расспрашивал его про готовность быть верным мировой революции. Сам Бела Кун вспоминал, что, находясь в штабе махновцев, он постоянно ожидал подвоха и был готов к тому, что анархисты попытаются его прикончить, так как у них были причины ненавидеть Куна - еще весной 1918, вместе со своими "красными мадъярами" он участвовал в разгроме отрядов московских анархистов.
По поводу нового соглашения между большевиками и анархистами у обеих сторон не было иллюзий - первые ждали только удобного повода, чтобы расправиться с вынужденными союзниками, вторые - особенно анархисты из Реввоенсовета Махно, стремились прорваться в Крым, чтобы начать там очередной этап анархической революции.
Крым, в котором закрепился Врангель, был превращен в настоящую крепость. На соединяющем его с материком Перекопском перешейке были выстроены несколько линий обороны. Отступать белой армии было некуда, за спиной было Черное море. Понимая загнанное положение своих противников, большевики демагогически предлагали врангелевцам амнистию, в сентябре 1920 такое обращение к ним опубликовала "Правда", за подписью трех высших лиц государства - Ленина, Троцкого и Калинина, главнокомандующего Красной Армии Сергея Каменева, а также заслуженного царского генерала Анатолия Брусилова, героя 1-й мировой войны, принявшего сторону красных в гражданской войне. В ходе боев 8 -12 ноября красные перешли вброд озеро Сиваш и провались на территорию Крыма через Перекоп, белые стали отступать к портам на Черноморское побережье, чтобы начать эвакуацию с полуострова. 11 и 12 ноября командующий Южным фронтом Фрунзе и члены Реввоенсовета фронта, в их числе Кун, обращались по радио к армии Врангеля, призывая к капитуляции, обещая сдавшимся неприкосновенность и гарантии беспрепятственного выезда из страны. Определенная часть бойцов Врангелевской армии и значительное число гражданских лиц из числа скопившихся в Крыму за годы гражданской войны беженцев, поверили обещаниям большевиков. Между тем стихийные расправы над пленными белыми начались сразу после вторжения на полуостров, а Ленин прислал РВС Южного фронта телеграмму: "Только что узнал о вашем предложении Врангелю сдаться. Крайне удивлён непомерной уступчивостью условий. Если противник примет их, то надо реально обеспечить взятие флота и невыпуск ни одного судна; если же противник не примет этих условий, то, по-моему, нельзя больше повторять их и нужно расправиться беспощадно".
