Недовольство Куном в среде Коминтерновской бюрократии стало нарастать. В 1933-34 Кун вошел в конфликт с секретарем Коминтерна Дмитрием Мануильским. Мануильский, украинец по происхождению, сын сельского священника, принадлежал к числу старых революционеров, вернувшись в 1917 в Россию в одном из немецких "пломбированных вагонов", примыкал к группе сторонников Троцкого, однако в условиях фракционной борьбы 20-х сделал ставку на Сталина и стал новой "звездой" Коминтерна.
И что было более всего опасно, к противникам Куна стал прислушиваться сам Сталин, в условиях победы Гитлера, он стал искать сближения с западными демократиями, и в этих условиях апологеты революционного радикализма, типа Куна, все более его раздражали.
25 июня 1935 начал работу VII Конгресс Коминтерна, события на котором стали разворачиваться для Куна самым печальным образом - венгерскую делегацию предупредили, что товарища Белу больше не будут выдвигать в руководящие органы Коминтерна. Взбешенный этим Кун устроил публичную перепалку с Мануильским, затем попытался пробиться к Сталину, но вождь отказался его принять. В итоге Кун был вынужден униженно отрекаться от своих взглядов перед всей мировой коммунистической общественностью. Впервые за многие годы он оказался вне высшего руководства Коминтерна, даже его пребывание в Исполкоме было поставлено под вопрос. Общаясь с венгерскими делегатами, Мануильский прямо сказал, что в Москве Куна считают ненадежным человеком, упоминалась его былая дружба с Троцким, Каменевым и Зиновьевым (хотя как лидеру компартии было можно не дружить с Зиновьевым, лидером Коминтерна?). Это было начало конца.
Конгресс Комитерна утвердил тактику "народного фронта" против фашизма, как базовую, социал-демократы в один день перестали быть "социал-фашистами", ну и по аппаратной логике наиболее рьяные противники новой тактики должны были понести наказание. 5 сентября 1936, на заседании Секретариата ИККИ Куна исключили из Исполкома Коминтерна и сняли с руководства венгерской компартией. Ему в вину ставили проведение ошибочной политики в международном коммунистическом движении и развале ВКП. Объективно это было действительно так, но еще недавно, когда линия партии была другой, деятельность Куна считалась "борьбой за единство рабочего класса".
Писатель Артур Кестлер, коминтерновский пропагандист в 1934-38, так описывал суть фракционной борьбы в международном коммунистическом движении: "Фракции" были не политическими партиями, а скорее временными альянсами вокруг общих стратегических концепций или общей ставки в борьбе за власть. Внутренняя история различных компартий, включая российскую, это история внутренней борьбы фракций, которая в отсутствии демократических процедур, велась преимущественно при помощи интриг, подстав, опоры на личную преданность и других приемов фракционной борьбы. Окончательное же решение выносило советское Политбюро, позднее Сталин единолично, который использовал свою власть, для периодических низвержений, исключений из партии и физической ликвидации некоторых фракций, с заменой их на другие".
Фракция Куна потерпела поражение, и теперь вставал вопрос о ее физической ликвидации. В СССР уже полным ходом шли чистки, страна входила в "Большой террор". В августе 1936 на открытом московском процессе бывший лидер Коминтерна Зиновьев и его соратник Каменев сознались в чудовищных преступлениях против страны, которую они создали и были казнены, был арестован Радек, Троцкого объявили исчадием ада и заграничным кукловодом заговоров против СССР, на очереди был Бухарин. Коминтерн был обречен - все коммунистические вожди, были связаны в свое время с Зиновьевым, хоть и отреклись от него после его низвержения с Олимпа. Кому из иностранных вождей это припомнить сразу, а кому позже решал лично Сталин, это был его любимый момент взвешивания человеческих жизней на весах революционной целесообразности.
Понимая это, Кун бросился к Сталину, выпрашивать прощение. Сталин принял его благосклонно и назначил директором Социально-экономического издательства. Кун прекрасно понимал, что эта милость лишь отсрочка перед расправой, слишком хорошо он знал систему, которую сам же и создавал. Его жена вспоминала, что во время работы в издательстве Кун приходя с работы, ни с кем не разговаривал, больше того, даже не читал. "Сидел уставившись в одну точку. Когда обращались к нему - не отвечал". Единственной отдушиной для него стала подготовка к изданию тома стихов его любимого венгерского поэта Шандора Петефи.
За время руководства издательством Сталин дважды вызывал Куна к телефону, второй - по весьма издевательскому поводу, французская пресса написала о том, что Кун арестован. Сталин попросил Куна дать опровержение для французских журналистов. Это было фирменное коварство Сталина, его любимая игра в кошки-мышки с обреченной жертвой. 26 июня 1937 Кун покорно выполнил просьбу вождя, а 29 июня он был арестован.