Красный главнокомандующий поручил популярному белому партизану взять на себя «агитацию», а гвардейскому полковнику-генштабисту поручил составить «план обороны» Северного Кавказа. Слащёв такой план составил. Но Автономову было уже не до него. Он вошел в конфликт с руководством «Кубано-Черноморской Советской Республики», был обвинен в подготовке мятежа и уехал в Москву искать «справедливости».
Слащёв же вновь встретился со Шкурой на «Волчьей поляне» близ станицы Бекешевской. Там появился белоказачий партизанский отряд, в рядах которого числилось пока семь офицеров, два вахмистра и четыре урядника. Все они были фронтовиками, все были готовы с оружием в руках постоять за Белое дело в борьбе с большевиками.
В июне 1918 года одно за другим вспыхивали восстания казаков в Баталпашинском отделе Кубанского войска и Пятигорском отделе Терского войска. Войско полковника Шкуры росло с каждым днем. Начальником штаба у него стал способный генштабист Слащёв. Именно он настоял на том, чтобы шкуринский отряд действовал против красных заодно с белыми добровольцами, уже лишившимися своего военного вождя генерала Л. Г. Корнилова.
Шкуринский отряд занимает Ставрополь. Полковник Слащёв въезжает в город на отбитом у красных грузовом автомобиле. Он борется с «партизанщиной» в рядах белоказаков. Был случай, когда ему втроем с ординарцем и шофером пришлось огнем из двух пулеметов удерживать участок фронта, который «бросила» загулявшая казачья сотня.
Вскоре полковник Я. А. Слащёв вступает в командование формируемой Кубанской пластунской бригадой. Бригада входила в состав 3-го армейского корпуса генерала В. П. Ляхова, обладавшего крутым нравом и ставшего командующим Терско-Дагестанским Краем. С ним Яков Александрович не ужился, и после излечения раны, полученной в осенних боях, он, будучи уже начальником штаба 2-й Кубанской казачьей дивизии, добился перевода в Добровольческую армию.
Деникинским приказом от 18 февраля 1919 года полковник гвардии назначается командиром бригады 5-й дивизии, которая формировалась в Северной Таврии. Теперь его биография была связана с Новороссией и Крымом. Прибывший к новому месту службы Слащёв оказывается перед фактом: 5-й дивизии фактически не существовало, в ее отдельных ротах насчитывалось по 11–18 штыков. Но на этих людей можно было положиться в предстоящих тяжелых боях.
Крымско-Азовская Добровольческая армия белых развалилась, хотя назвать ее армией было трудно. Слащёв начинает деятельно собирать силы для защиты Крыма, в котором белых полевых войск тогда почти не имелось. 10 марта его части с боями отходят на Сальковский полуостров, отразив попытку красных ворваться в Крым на плечах отступающих добровольцев. 15 марта следует отход к Чонгорскому железнодорожному мосту через Сиваш, 23-го числа – к Перекопу. На следующий день Слащёв на Перекопском перешейке наносит сильный контрудар и останавливает наступление красных.
Но уже 26-го числа командование белой армии отдает приказ об отходе к Керчи, на импровизированные Ак-Манайские позиции, последний клочок крымской земли. В ходе одной из контратак тяжелое ранение получает начальник 5-й пехотной дивизии генерал Н. Н. Шиллинг, и полковник Слащёв вступает во временное командование дивизией. В том же апреле месяце он в 33 года производится в чин генерал-майора.
К начале мая у новоиспеченного генерала имелось всего около 3 тысяч штыков и сабель против 9 тысяч у противника. Красное командование не спешило покончить с белыми у Керчи, и те провели реорганизацию своих сил на полуострове. Крымско-Азовская армия превращается в 3-й армейский корпус в составе Отдельной кавалерийской бригады и 4-й пехотной дивизии, начальником которой назначается генерал-майор Я. А. Слащёв.
Слащёв сумел хорошо подготовиться к наступлению. Взломав позицию красных, нанеся удар кавалерийской бригадой вдоль берега Сиваша и высадив с моря десант у Коктебеля (ныне Планерное) белые в 23 дня не только освободили Крым, но и всю Таврическую губернию, выйдя на берега Нижнего Днепра.
В одном из своих приказов Слащёв назвал эту наступательную операцию «победоносным шествием от Ак-Маная через Перекоп на Бериславль». Бросок из Крыма в Северную Таврию закончился в день 27 июня атакой города Алешки и местечка Голая Пристань. Артиллерия белых обстреляла вокзал и пристань Херсона, а их небольшой отряд форсировал Днепр на пароходе и с боем прошел до железнодорожного моста, посеяв во вражеском тылу большую панику, после чего вернулся на левый берег реки.
В ходе Гражданской войны в 1919 году на Юге России сдача белыми Крыма, а потом очищение его от красных стало большим событием. Телеграммой от 4 июля главнокомандующий ВСЮР Деникин поблагодарил генерал-майора Я. А. Слащёва за боевой успех.