Успешное, пусть и незаконченное наступление белых на Тоболе стало для них «лебединой песней». Резервы были исчерпаны, а контрудар Красной Армии, последовавший 14 октября, отразить не удалось. Причина виделась в том, что бездарный в вопросах тактики и стратегии главнокомандующий армиями Восточного фронта генерал-лейтенант К. В. Сахаров перед Омском вытянул войска в одну линию, которая легко прорывалась массированным ударом в любом месте. Парировать прорыв было нечем, поскольку подготовленные резервы в прифронтовой полосе отсутствовали. Красное командование так и поступило.
Началось безостановочное отступление колчаковских войск по линии Транссиба, которое завершилось для них через четыре месяца суровой сибирской зимы выходом в Забайкалье и соединением там с войсками атамана в генерал-лейтенантском чине Г. М. Семенова. Но в забайкальские степи сумела прорваться только малая часть белых войск и еще более малая часть беженцев.
Колчак делает перестановки в высшем командовании Белой Сибири. Каппель 4 ноября 1919 года вступает в командование так называемой Московской группой (объединенных сил 3-й армии и Степной группы) с одновременным производством в чин генерал-лейтенанта.
Каппелевцы продолжали отступать по линии Транссиба. Серьезным препятствием для них стала река Иртыш, которая, вопреки обыкновению, не собиралась замерзать. Единственной переправой через нее оказался железнодорожный мост у станции Куломзино. Мороз грянул лишь в ночь на 10 ноября. Иртыш встал, и отступающие колчаковцы смогли переправиться на другой берег, в Омск. Столицу Белой Сибири адмирал В. В. Колчак защищать не стал, что произвело на войска тяжелое впечатление. Огоромные армейские запасы, собранные в городе, оказались брошенными, «подаренными» противнику.
Вскоре отступающие колчаковские войска оказались в безвыходном положении, будучи «заперты» на линии Транссиба с двух сторон. С запада напирали красные, а на востоке у станции Тайга железнодорожную магистраль перекрыли недавние союзники белочехи. Белая армия лишалась тылов, подвоза боеприпасов и возможности эвакуировать раненых и больных. Дело обстояло так.
Командование Чешско-Словацкого корпуса перед сдачей Омска опубликовало меморандум – обращение к союзным державам Антанты, в котором объявлялось о снятии с себя всех обязательств перед Россией. И что корпус будет эвакуироваться из России по железной дороге. Это означало, что на восток по Транссибу сперва будут идти только воинские эшелоны белочехов и составы с «благоприобретенным имуществом», и только потом эшелоны с отступающими колчаковскими войсками и беженцами.
После такого демарша союзников-белочехов моральное состояние и боеспособность войск Белой Сибири заметно упали. Это относилось к полкам последних формирований, стоявших гарнизонами в Ново-Николаевске (ныне Новосибирск), Томске, Красноярске и других городах. В таких условиях главнокомандующий армиями Восточного фронта генерал Сахаров занялся составлением совершенно нереальных планов. Командующий 1-й армией генерал А. Н. Пепеляев вместе со своим братом премьер-министром «омского правительства» В. Н. Пепеляевым на станции Тайга арестовал Сахарова и потребовал от адмирала Колчака суда над ним.
Сахаров был снят с поста главнокомандующего армиями Восточного фронта. Вместо него 9 декабря 1919 года был назначен генерал-лейтенант В. О. Каппель, на то время самый авторитетный человек из колчаковского генералитета. Нахождение на этом посту человека, пользующегося доверием войск, ободрило прежде всего тех, кто пришел в армию Белого дела добровольно. Начальник штаба 2-й армии генерал-майор С. А. Щепихин писал:
«Каппель: вот имя, к которому естественным, логическим путем приходила мысль каждого; здесь сходились все симпатии, все воспоминания самой отдаленной эпохи добровольчества. Глава названа, и ей отданы в руки судьба десятков тысяч испытанных бойцов. Только с этого времени вся отходящая масса может быть названа армией, и, во всяком случае, это уже военный организм, а не только вооруженное скопище людей, как было до этого».
Верховный правитель России адмирал Колчак принял каппелевский план об отводе армий за Енисей, чтобы там выправить положение. По этому плану начальник 8-й Камской стрелковой дивизии генерал-майор Ф. А. Пучков выразился так: «…Невозможны никакие наступательные операции с расстроенными частями, без огнеприпасов и налаженного снабжения, что необходим спешный отвод в глубокий тыл большинства частей и полная реорганизация их в спокойной обстановке, при условии успешного задержания красных на каком-либо удобном рубеже».
План разрушился почти сразу. В городе Томске восстали полки генерала Пепеляева, и 1-я белая армия «распалась». Войска 2-й и 3-й армий, располагавшиеся в тайге при ее бездорожье, оказались в условиях установившейся суровой зимы в ловушке. Трассибом белые по своему желанию воспользоваться не могли: по ней катили эшелоны белочехов.