Сложно определить точную дату, когда Ньютон начал изучать алхимические работы. Так, отечественный исследователь творчества Ньютона С.И. Вавилов пишет: «Склонность к занятиям химией и алхимией, которым Ньютон посвящал впоследствии очень много времени, могла зародиться в обстановке жизни у аптекаря Клэрка. От аптеки XVII в. до алхимической лаборатории расстояние было небольшое». Рассматривая рукописи Ньютона, можно утверждать, что интерес к алхимии и трудам алхимиков древности возник во второй половине 1660-х годов. У Ньютона есть рукопись, которую исследователи относят к 1667 году, в ней он делится своими взглядами на материю и химические превращения, составляет химический словарь, включающий порядка 7000 слов, в котором нет никаких алхимических данных. Однако, вторая рукопись, датированная 1669 годом, содержит первые попытки Ньютона упорядочить разрозненные и отрывочные сведения, взятые из алхимических работ. Эти две работы являются свидетельством того, что Ньютон сознательно разделял химию «вегетативную», «живую» и химию механическую. С конца 60-х годов Ньютон начинает собирать различные алхимические сочинения. Так И.С. Дмитриев указывает, что «лишь 16% книг личной библиотеки ученого были посвящены проблемам математики, физики и астрономии, тогда как литература по теологии, философии, истории, герметизму составляла около 70%».
Интерес к алхимии в следующем десятилетии подтверждается двумя рукописями. Первую условно можно обозначить, по предложению Доббс, как «Of Natures obvious laws & processes in vegetation». В ней Ньютон уделяет особое внимание проблеме вегетативности металлов, признавая при этом, что вегетативные процессы действуют одинаково в животном мире, в растительном и в мире минералов. Он даже утверждает, что металлы подвержены вегетации не меньше, чем растения и животные, и что сама вегетация является следствием латентного воздействия некоего духа, который дает знать о себе во всех земных элементах. Рукопись Ньютона представляет из себя 12 страниц, исписанных убористым почерком с огромным количеством помарок и замечаний, которые явно возникали по мере того, как сам Ньютон все глубже и глубже погружался в исключительно алхимическую проблему вегетации. Во второй рукописи, названной «Key», по большей части идет речь об экспериментальных алхимических успехах Ньютона.
В 1690-е годы Ньютон, кроме проведения экспериментов, занимается изучением ряда алхимических работ. В частности, пристальное внимание он уделил трудам анонимного алхимика Эренея Филарета (псевдоним анонимного алхимика XVII века), кроме того, до нас дошла его рукопись, которая представляет собой комментарий Ньютона к «Изумрудной скрижали» Гермеса Трисмегиста.
Итоговым результатом алхимических исследований Ньютона стали рукописи, выставленные на продажу на аукционе Сотби в 1936 году «объемом около 650000 слов», как было указано в каталоге. Материалы, свидетельствующие об алхимических увлечениях Ньютона, можно условно разделить на следующие четыре группы: 1) рукописи, написанные рукой неизвестного переписчика, 2) конспекты как опубликованных, так и неопубликованных алхимических трактатов, составленные самим Ньютоном, 3) компиляции различных трактатов, содержащие комментарии Ньютона и 4) сочинения (или фрагменты сочинений), принадлежащие самому Ньютону.
Историки, занимавшиеся исследованием алхимических работ Ньютона, считают, что 1680-е и 90-е годы были временем его наивысшей активности в алхимических изысканиях несмотря на то, что в это же время Ньютон активно работал над «Началами». Р. Уэстфоллу принадлежат следующие слова: «Не ошибаемся ли мы в расстановке акцентов в ньютоновском творчестве? Для нас, бесспорно, «Начала» представляются его кульминационным пунктом. Но с точки зрения самого Ньютона, возможно, работа над «Началами» могла представляться как некоторая помеха его прежней деятельности».
Вряд ли теперь можно с легкостью согласиться с тем, что единственной методологией великого физика было математическое исследование и описание законов Вселенной. Математика – это лишь один из путей к истине. И хотя математика действительно оказалась очень мощным инструментом в руках великого ученого, она не исчерпывала всех подходов в познании природы, к которым прибегал Ньютон. Его цель была явно значительнее, чем открытие «математических принципов в натурфилософии». Ньютон не стремился проникнуть в область божественных принципов, которые скрывались за покровом природных явлений, Святого Писания и божественных откровений. Его целью было познание Бога. И для достижения этой цели ученый пользовался всеми доступными ему источниками, будь то: математика, чистый эксперимент, наблюдение, работа разума, божественное откровение, исторический факт, миф или данные, почерпнутые из древней мудрости. И в этой, на первый взгляд, мозаичной неразберихе поиски Ньютона были очень схожи с поисками того же Агриппы и других представителей так называемой магической науки позднего Возрождения.
