Известно также, что механистическая философия основана на признании принципа атомизма, или корпускулярности, который представляет материю составленной из неделимых мелких частиц, находящихся в непрерывном движении. И тогда все явления окружающего мира объясняются с точки зрения материи и движения. Так малые частицы пассивной и инертной материи под определенным воздействием оказываются в движении и во взаимодействии друг с другом. Но благодаря основному принципу пассивности материи в механистической философии, внутри этой философии возникали неразрешимые противоречия, связанные с проблемой зарождения жизни. Действительно, как могут пассивные бильярдные шары, лишь механически ударяясь друг о друга, сплестись и создать новую форму живой материи? Как могут эти пассивные в основе своей частицы общей универсальной материи создать все однообразие жизни на земле. Связь живых форм между собой интуитивно квалифицировалась как нечто отличное от простого механического движения малых частиц, которое и могла лишь произвести материальная субстанция.
В различных формах и видах эта проблема так и осталась неразрешенной вплоть до XVII века. Учеными были предложены различные варианты ее решения, но они так и остались безрезультатными. Декарт, например, предположил, что в результате простого механистического движения внешнее давление со стороны окружающих материальных частиц оказывается сбалансированным со стороны внутреннего давления каждой из частиц. В результате на свет появляется твердое тело, в котором все взаимосвязано, никакого специального объяснения для процесса сцепления атомов и молекул больше и не требовалось. Все казалось самоочевидным, а, значит, не требующим доказательств. Мелкие частицы, из которых, собственно, и состоит материя, соединяются между собой, потому что они оказываются очень близко расположенными друг к другу в некой внутренне уравновешенной системе. Вот и все. С точки зрения Гассенди атомы соединялись друг с другом с помощью всевозможных крючков и коготков наподобие атомов римского поэта и ученого Лукреция («О природе вещей»). Чарлтон склонялся не только к тому, чтобы допустить существование крючков и коготков, но предполагал также и влияние того давления, которое оказывают друг на друга близко расположенные частицы, а также отсутствие атомов – возбудителей, способных нарушить возникшую структуру. Фрэнсис Бэкон ввел понятие «пневматиков» или определенных духов в своих спекуляциях на эту тему. Ф. Бэкон, опираясь в основном на труды стоиков, этих древнейших критиков античного атомизма, решил, что материя как таковая не может существовать без так называемого активного витального начала, придающего этой материи определенную форму – дух, который, в конечном счете, и несет ответственность за то или иное качество.
Это стоики постулировали существование некого медиума, посредника между духовным и материальным миром, который и ответственен за жизнь на земле и за ее вариативность. Этот медиум, или посредник, состоит из воздуха и огня. Стоики называли его еще пневмой, или «дыханием жизни», что покидает тело в момент смерти, и позволяет соединиться мертвому телу с неким единым телом. Божественное начало, согласно стоикам, присутствует всюду и являет собой наиболее активное, жаркое, творящее воплощение космической пневмы, или эфира. Это чистый огонь, божественный пламень. Весь космос сформирован и создан этим пламенем. Наиболее важным аргументом стоиков против античных атомистов было утверждение божественного порядка, красоты, гармонии и смысла, чего, по их понятиям, невозможно было ожидать от атомистической концепции мира. Только благодаря божественному провиденциализму мир обладает такими многозначными живыми формами. Вселенная, наподобие живого тела, родилась в результате действия созидательного огня, породившего четыре основных элемента; она проживает отпущенный ей срок, пока хранится еще жизненный жар и дух, совершая свой цикл и неизменно вновь регенерируясь и сотворяя все заново.