Несмотря на технологическое отставание в области металлических инструментов и оружия, многие коренные народы Бразилии ответили на вторжение португальцев на их земли и агрессивные попытки похитить и выкупить их людей собственными контрнабегами. Часто они были направлены на уничтожение сахарных заводов, что отражает четкое понимание туземцами важности урожая тростника и готового продукта - сахара - для португальского имперского проекта. Несмотря на то, что в традиционных исторических рассказах об этом почти не говорится, подобное сопротивление коренного американского населения - часто затяжное - наблюдалось практически везде, где европейские иммигранты "оседали" в Новом Свете, от островов Карибского бассейна до самых первых континентальных поселений Британской Америки, а затем и равнинных территорий Соединенных Штатов.
Из сопротивления туземцев португальскому захвату их земель и попыткам обратить индейцев в плантационное рабство выросла волна восстаний под предводительством мессианского культа, который колонисты назвали Сантидаде. Лидеры этого движения объединили элементы ритуалов тупинамба, основной этнической группы, и римско-католической символики, обещая будущее искупление и воцарение мира на земле после изгнания белых. Численность некоторых из этих повстанческих общин достигала двадцати тысяч человек к концу 1600-х 1580-х годов, когда африканцы только начали становиться основным источником рабочей силы. И, как это случилось во многих других частях Америки, некоторые из них включали в себя и беглых негров .
В отличие от порабощенных негров, которых заставляли работать на небольших островах, так называемые бразильские индейцы жили и работали на своих родных землях, и португальцы, к своему огромному разочарованию, оказались практически не в состоянии предотвратить их побег. Сопротивление индейцев принимало и другие формы: от только что упомянутых вооруженных набегов и недоуменного (для португальцев) отказа покупаться на европейские материальные ценности, включая денежные поощрения, до упорно низкой производительности труда - классической формы сопротивления, которую колонизаторы часто принимали за лень, крепкое " оружие слабого ", по выражению политолога и антрополога Джеймса К. Скотта.
Практические ограничения на использование таких коренных рабочих заставили португальцев задуматься о замене африканцев на индейцев. И без прибытия миллионов порабощенных африканцев трудно представить себе целую цепочку знакомых исторических событий, которые последовали за этим. Новый Свет не стал бы жизнеспособным в той степени, в которой он стал. Без своих процветающих колоний крупные имперские государства Европы, да и вся Европа в целом, стали бы гораздо менее богатыми и могущественными. А без этого богатства и власти, в сочетании с растущими европейскими диаспорами в Америке, что бы осталось от расплывчатого, но уже неизбежного термина "Запад"? Тяжесть настоящего такова, что все это трудно представить. Но без этого взаимосвязанного комплекса событий Европа вполне могла бы остаться своего рода географическим и цивилизационным тупиком. Если бы она не держалась за Новый Свет , ставший жизнеспособным и прибыльным благодаря порабощению африканцев, нет особых оснований полагать, что место, которое сегодня называют Старым Континентом, не продолжало бы отставать от ведущих центров глобальной цивилизации в Азии и исламском мире.
Именно в таком мрачном свете, наконец, следует рассматривать эпидемиологическое преимущество, которым пользовались европейцы, прибывшие в Бразилию (и многие другие части Северной и Южной Америки в XVI и XVII веках). Без этого им никогда бы не удалось захватить и заселить огромные территории Нового Света в таких масштабах и с такой скоростью, как они это сделали в конечном итоге.