Во время Мукденских боев полковник Липовац временно командовал отрядом в составе Царицынского и Верхнеудинского пехотных полков с одной батареей, с которым оборонял Сюятенскую долину. После оставления Мукдена с 12 марта по 13 сентября 1905 г. был вр. командующим 4-м пехотным сибирским Верхнеудинским полком, 4 сентября того же года за боевые отличия в Мукденском сражении был произведен в генерал-майоры, и далее в течение месяца командовал 1-й бригадой 5-й Восточно-Сибирской стрелковой дивизии. Русско-японская война, без сомнения, являлась самой яркой страницей в военной карьере нашего героя: его подвиги в эту войну были неоспоримы, впрочем, и не остались без соответствующих наград47.
По окончании войны высочайшим приказом от 18 октября 1905 г. генерал Липовац был вновь назначен в распоряжение начальника Главного штаба и продолжил работу над новым вариантом книги по македонскому вопросу48. Но затем, 20 апреля 1908 г., Попович-Липовац написал прошение об отставке под предлогом болезни и старых ран. Впрочем, сам он в личном письме к генералу А. Е. Эверту утверждал, что уйти в отставку его вынудили «подлые интриги» недругов и «ядовитая аттестация», данная ему бывшими его начальниками на японской войне генералами Штакельбергом и Засуличем, которые поставили крест на его планах дальнейшего карьерного роста 49. В конце того же 1908 г. разразился новый кризис на Балканах, вызванный аннексией Австро-Венгрией Боснии и Герцеговины (оккупированных ею в 1879 г., но формально считавшихся принадлежащими Турции). В дни этого кризиса Липовац уехал в Белград, чтобы в случае войны предоставить себя в распоряжение Сербии; он был принят там с воодушевлением и восторгом50. Но Россия отказалась поддержать выступление балканских славян против Австрии, и война не состоялось51.
В момент своего выхода в отставку Попович-Липовац обратился в военное министерство с просьбой произвести его в следующий чин генерал-лейтенанта, но в этом ему было отказано 52, поскольку он не имел достаточной для этого выслуги лет. На службе в русской армии он пробыл всего лишь 10 лет, 1 месяц и 13 дней, к этому прибавлялось еще 20 лет и 6 месяцев черногорской службы53. Зато военное министерство поддержало другую его просьбу – об увеличении пенсии, которая полагалась ему в размере 860 рублей в год54. После двух лет переписки с министерством финансов и благодаря новой личной встрече с Николаем II в ноябре 1909 г., пенсия Липовацу была повышена до 3360 рублей55. В то же время, пока тянулась тяжба, Попович-Липовац получал негласное пособие из денег из Кабинета Его Величества в размере 2000 (позднее – 1500) рублей56.
Во время Первой балканской войны 1912–1913 гг. Попович-Липовац отправился в Черногорию и находился в рядах ее войск при осаде турецкой крепости Скутари (или Шкодер) на территории Албании. Однако в чем конкретно заключалась его служба здесь, неизвестно.
С началом Первой мировой войны Липовац подал рапорт о зачислении его вновь на русскую службу, и Высочайшим приказом 29 августа 1914 г. он был назначен командиром 2-й бригады 9-й пехотной дивизии (10-й армейский корпус 3-й армии)57. С этим корпусом и армией он принимал участие в боях на Карпатах против австрийцев; за боевые отличия был награжден орденами Св. Анны 1-й ст. с мечами и Св. Владимира 2-й ст. с мечами. Впрочем, не обошлось без конфликта с начальником – командующим 3-й армией генералом Р. Д. Радко-Дмитриевым, болгарином по происхождению. По словам черногорского биографа, Радко-Дмитриев «терпеть не мог Липоваца, громко называвшего Болгарию изменницей славянства»58. В январе 1915 г. Попович-Липовац временно командовал бригадой 60-й пехотной дивизии, с которой и прибыл на поддержку 12-й кавалерийской дивизии генерала А. М. Каледина, защищавшей стык 3-й и 8-й армий в районе Лутовиско. В состав сводного отряда Каледина кроме его дивизии и бригады Липоваца вошла также 4-я «Железная» стрелковая бригада генерала А. И. Деникина. В упорных боях отряду удалось остановить наступление австрийцев через карпатские перевалы59.
