При принятии его на службу, полагалось бы зачислить его по гвардейской пехоте, чином полковника, со старшинством сверстников его по Л. Гв. Гренадерскому полку, с назначением впредь, до приискания соответствующей должности, в распоряжение Начальника Главного Штаба, с отпуском ему из интендантских сумм содержания в размере: жалования по чину, квартирных по окладу гор. С. Петербурга и столовых в размере 1560 р. (присвоенном командирам отдельных батальонов)».
На подлинном тексте доклада 24 декабря император собственной рукой написал: «Согласен». Вот при каких обстоятельствах состоялось вторичное принятие Липоваца на русскую службу. Приказ об этом был подписан 6 января 1903 г., а с 19 мая по 19 сентября 1903 г. Попович-Липовац командовал батальоном в Лейб-гвардии Гренадерском полку во время лагерных сборов38.
Обязанности Липоваца состояли в написании книги о македонском вопросе. Его первая брошюра на эту тему была выпущена еще в 1899 г., сразу по возвращении в Россию. Предисловие к ней написал Сергей Шарапов, справедливо отметивший, что «г. Попович-Липовац, хотя по происхождению серб и черногорец, но остается все время строго объективным и правдивым и стоит на широкой и справедливой славянской точке зрения». Сама же брошюра представляла собой настоящий политический очерк, или аналитический отчет агента, посланного со специальной миссией дипломатическо-разведывательного характера в одну из наиболее горячих точек тогдашних Балкан. В преамбуле Попович сам вскользь упоминает, что прежде, чем написать его, много путешествовал по Македонии и встречался там с представителями местных революционных комитетов. К сожалению, больше ничего о таковых его путешествиях не известно. Теперь же, поступив на службу в Главный штаб, наш герой взялся развернуть свою брошюру в полноценную книгу. Однако в ходе этой работы он увлекся заочной полемикой с болгарскими авторами, так что в конечном итоге книга (рукопись которой была готова в конце 1903 г.) получилась уже далекой от объективности – это была именно сербская точка зрения на разрешение вопроса. В качестве плана политического урегулирования македонского вопроса она не годилась, на что справедливо обратил внимание генерал В. В. Сахаров, которому рукопись была дана на рецензию. Наш герой получил задание переделать ее39. Но все эти планы были перечеркнуты начавшейся русско-японской войной.
Как только началась война, Попович-Липовац немедленно попросился в действующую армию, и 4 февраля 1904 г. он был командирован в Маньчжурию в распоряжение командующего войсками Маньчжурской армии генерала А. Н. Куропаткина «для выполнения задач особенной важности и доверия», с правами командира полка40. Первой его задачей стало руководство черногорскими добровольцами, прибывшими разными путями в Маньчжурию, чтобы помочь России в борьбе с Японией41. Таковых набралось несколько десятков, и в дальнейшем эта «черногорская дружина» составляла как бы «конвой» Липоваца в различных битвах42.
В дальнейшем Липовацу довелось отличиться 3 июля 1904 г., на второй день боя под Вафангоу, когда он во время общего отхода возглавил арьергард отряда генерала Гласко. Будучи ранен в голову, он остался в строю, поставил орудия на позицию, навел порядок в пехотном прикрытии и тем дал возможность благополучно вывезти застрявшую было пушку и два зарядных ящика43.
Далее, 18 июля 1904 г. в бою у Кангуалина, когда японцы значительными силами обошли правый фланг русских войск, командующий 2-м Сибирским армейским корпусом генерал Засулич приказал Липовацу объединить действия как имеющихся на этом участке, так и выдвинутых из резерва частей44, и восстановить с ними исходное положение. В ходе блистательной штыковой атаки сводный отряд Липоваца сбросил японцев с занятых ими вершин, однако понес при этом тяжелые потери. За этот подвиг 27 ноября 1904 г. приказом Главнокомандующего всеми сухопутными и морскими вооруженными силами, действующими против Японии, за 181, Попович-Липовац был награжден золотым оружием с надписью «за храбрость»45.
В последний день сражения на реке Шахэ тот же Засулич поручил Липовацу отряд в составе двух батальонов и двух охотничьих команд и приказал с ним и занять важный стратегический пункт – «гору с кумирней» (Тера Аму). В течение десяти дней, с 5 по 14 октября 1904 г., отряд упорно оборонял гору и отступил только по приказу свыше. В этом бою Попович-Липовац получил сильную контузию в живот и был представлен к ордену Св. Георгия 4-й степени. Тогда эту награду ему получить не удалось, но три года спустя, 15 июля 1908 г. Георгиевская дума вновь вернулась к этому вопросу, и на этот раз наш герой был удостоен этой награды46.