При следующем короле, Сигизмунде III, иезуитам легче было приводить в исполнение свое намерение. Один из ученых иезуитов, Петр Скарга, был духовником этого короля. Убеждая его провести унию, он не только говорил ему о вечной награде на небеси, но и указывал также на политическое значение церковной унии. Он говорил, что Русь сольется тогда духовно с католической Польшей и окончательно порвет все связи с Московским государством, с которым соединяет ее теперь единая церковь. Отпор своим действиям иезуиты больше встречали среди православного общества, не перешедшего еще в католичество, чем среди высшего духовенства, склонявшегося на их льстивые обещания и предложения. На защиту православия стали сплоченные братства, составлявшиеся из городских жителей, преимущественно членов различных ремесленных цехов. Первое братство образовалось во Львове, при церкви Успения Богородицы. Членом братства мог быть всякий, плативший ежегодно в общую кружку шесть грошей. Константинопольские патриархи покровительствовали братствам и поручали им наблюдение за благочинением и порядком всей русской церкви. Это наблюдение оскорбляло и раздражало духовенство, особенно высшее. Митрополиты и епископы знатного рода считали для себя унижением подчиняться суждению обществ, состоявших из пекарей, кожемяк, чеботарей и разных других ремесленников и мещан. Члены братства понимали, что бороться можно только равным оружием, поэтому старались устраивать в противовес католическим просветительным учреждениям такие же свои. Они основывали училища и типографии, печатали книги, учили языкам славянскому и греческому. Но борьба была все-таки неравная. Не было православных учителей для школ, благодаря поголовному невежеству русских, неоткуда было и взять их. Московское государство было тогда в еще большей невежественной темноте. Иезуиты постоянно противопоставляли славянскому языку латинский, на котором писались в то время все ученые сочинения. Петр Скарга называл славянский язык источником темноты и невежества русского народа. «Еще не было, — говорит он, — на свете академии, где бы философия, богословие, логика и другие свободные науки преподавались по-славянски. С таким языком нельзя сделаться ученым. Да и что это за язык, когда теперь никто не понимает и не разумеет писанного на нем? На нем нет ни грамматики, ни риторики и быть не может. Попы русские на нем отправляют богослужение, а сами не в силах объяснить, что они в церкви читают, и даже принуждены бывают у других спрашивать объяснения по-польски». Западное просвещение щеголяло тогда изобилием умственного развития и смеялось над скудостью славянства, а православие указывало на науку как на греховное дело. Так, например, говорил один из видных проповедников-монахов того времени, Иоанн Вишенский: «Соблюдайте ваших детей от яда. Истинно говорю вам: кто с духом любви прильнет к этим мечтательным догматам, тот наверное погрешит в вере и отпадет от благочестия, что с вами и делается, как только вы начали лакомиться на латинскую мерзкую прелесть. Не лучше ли тебе изучить часословец, псалтырь, апостол, евангелие и другие церковные книги и быть простым богоугодником и приобрести вечную жизнь, чем постигнуть Аристотеля, Платона и прослыть в сей жизни мудрым философом, а потом отойти в геенну?..»
Невежество среди высшего и низшего духовенства было такое, что вследствие непонимания часто искажалось содержание священных книг. Один из писателей того времени говорил, что некоторые из пастырей разумного стада Христова едва достойны быть пастухами ослов. «Не пастыри они, а волки хищные, не вожди их начальники, а львы голодные, пожирающие овец своих. О несчастное стадо! Как может быть учителем такой пастырь, который сам ничему не учился и не знает, чем он обязан Богу и ближнему, когда он с детских лет занимался не изучением Св. Писания, а несвойственными духовному званию занятиями: кто из корчмы, кто из панского двора, кто из войска, кто проводил время в праздности, а когда не стало на что есть и во что одеться и нужда ему шею согнула, тогда он начинает благовествовать, а сам не смыслит, что такое благовествование и как за него взяться. Церковь наша наполнена на духовных местах мальчишками, недоростками, грубиянами, нахалами, гуляками, обжорами, подлипалами, ненасытными сластолюбцами, святопродавцами, несправедливыми судьями, обманщиками, фарисеями, коварными иудами».
