Марфа Борецкая с внуком и многие другие предводители литовской партии были увезены в Москву, а имения их поступили во владение князя. Но не все главари партии были уничтожены и не смирилась еще сама партия. Казимир ободрял ее обещаниями помощи. Он действительно уговаривал папу помочь ему отнять Новгород от все усиливающегося московского княжества. Он восстановлял даже против Москвы татарского хана, но пока он собирался, московская партия тоже не дремала в Новгороде. Князю скоро был доставлен список новых заговорщиков, в числе которых он нашел даже владыку Феофила. Хитрый Иван Васильевич не отступил от своей обычной манеры действовать не торопясь и осторожно. Никто, даже сын его, не знал, что он собирается в поход на Новгород. А в Новгороде уже пробовали восстановить прежний порядок. Собрали вече, избрали посадника, тысяцкого, прогнали княжеских наместников. Но неподготовленность к войне, неисполнение обещания Казимиром, а главное, предательство противоположной партии и измена сторонников в последнюю минуту — снова отдали Новгород в руки великого князя. Покорно отворил город ворота княжескому войску. Архиепископ с духовенством, посадник, тысяцкий, старосты пяти концов, бояре и народ пали на колени и молили о пощаде. Обвиненные в заговоре были схвачены. Их пытали, затем казнили, а имения их отобрали снова в пользу князя. Феофила заточили в Чудов монастырь. И его богатства, состоявшие из множества жемчуга, золота, серебра и драгоценных камней, взял себе великий князь. Более семи тысяч семей было выслано из Новгорода и разослано по разным городам Московского княжества. Еще несколько раз повторялись вспышки недовольных новыми порядками, но система доносов глубоко пустила корни в обновленном новгородском обществе. Князь всегда имел время предупредить восстание и стереть с лица земли заговорщиков. Новгородцев, заподозренных в измене князю, казнили, заточали в тюрьмы или рассылали по всему Московскому княжеству. Земли и богатства их отбирались в пользу князя или раздавались переселенцам в Новгород из других земель по его приказу. Переселенцы не знали и не хотели знать прежних порядков вольного города. Разошлись по опустошенным селениям разоренные земледельцы. Притаились и попрятались от княжеского гнева сторонники былой свободы города.
При Василии III были присоединены к Московскому княжеству последние области, сохранившие еще тень самостоятельности. В 1510 году был подчинен Псков, а вслед за ним княжества Рязанское и Северское. Сильное и сплоченное Московское государство делалось не безопасным для врагов. Еще Иван Васильевич III исподволь и шаг за шагом душил псковскую свободу. Прибегая к нему за защитой против ливонских немцев, псковичи незаметно для себя самих подчинялись его требованиям. Наместники князья все больше и больше притесняли жителей, а великий князь не обращал внимания на их жалобы. Василий Иванович следовал в этом отношении примеру отца. Назначив псковским наместником ненавистного населению князя Репню-Оболенского, он как бы хотел вывести псковичей из терпения. Наместники и их доверенные делали разные насилия жителям всей Псковской области, грабили их и поощряли доносы и ябедничество. После многих жалоб из Пскова великий князь приехал, наконец, в Новгород со многими боярами и большим отрядом войска. Новгород в это время не успел еще оправиться от моровой язвы, опустошавшей его в продолжение трех лет, и от страшного пожара, в котором погибло около четырех тысяч жителей.
