Но переселенцы московские уже достаточно вытравили вольный дух и из коренных жителей. Несмотря на только что минувшие бедствия, не было заметно печали в жителях, с веселием и радостью встречавших торжественный княжеский поезд. Псковичи послали в Новгород послов, которые с величайшей покорностью излагали жалобы и просьбы его отчины Пскова. Князь милостиво выслушал их и повелел через своих бояр собраться в Новгород всем жалобщикам и челобитчикам на наместников. Так как наместники притесняли и грабили лучших и богатых людей, то и набралось в Новгороде большое количество этих лучших людей Пскова. С ними же пришли посадники из всех пригородов и купеческие старосты всех рядов. Князь никого еще не выслушивал и говорил: «Копитесь, копитесь, жалобники, придет Крещенье Господне, тогда я вам всем управу дам». Прибыл и наместник Оболенский, который со своей стороны жаловался на великое бесчестье и оскорбления от псковичей. В Крещение князь пошел на Волхов на водосвятие, приказал прийти и всем псковичам. Затем зазвали их на Софийский двор, а начальствующих лиц пригласили во владычную палату. Когда все собрались, тогда княжеские бояре провозгласили: «Пойманы есте Богом и великим князем Василием Ивановичем всея Руси». Это значило, что все псковичи были арестованы. В испуге и смятении арестованные исполнили все, что от них требовали. Они послали сказать псковичам, что ничего больше не остается, как покориться во всем великому князю. Страх, трепет и печаль напали тогда на псковичей, говорит летописец, и горла их пересохли и уста слепились. Зазвонили на вече, сбежалась толпа, и некоторые смельчаки стали требовать сопротивления князю.
Но память о новгородском погроме была еще свежа у псковичей. Благоразумие скоро взяло верх, и вече постановило во всем покориться воле княжеской. Посол княжеский приказал спустить вечевой колокол с башни, и плакали псковичи, как плакали тридцать лет назад новгородцы. Потом привели их к присяге, а через несколько дней псковский владыка москвич осенил крестом приехавшего князя и сказал: «Бог тебя благословляет Псков вземши». И здесь произвели перетасовку жителей, отослав несколько тысяч семей в Московское княжество и прислав на их место воспитанных в покорности москвичей.
Присоединив к Московскому княжеству Псков и Новгород, московские князья взяли на себя и защиту границ этих отчин. Вскоре после окончательного подчинения Новгорода Иван III заключил с немцами перемирие на десять лет. В договорной грамоте этого перемирия говорится, что по Божьей воле и повелению великого государя, царя русского, приехали в Великий Новгород к великому князю, наместникам, боярам, житым, купцам и ко всему Великому Новгороду послы немецкие, добили челом великокняжеским наместникам и заключили с ними перемирие за всю Новгородскую державу. В грамоте говорится, между прочим, что немцы не должны самоуправствовать над русскими купцами, торгующими в их городах.
Русский летописец говорит, что «ревельцы купцам новгородским многие обиды чинили и поругание без обсылки с великим князем без обыску», т. е. без суда. Через год после заключения мирного договора два новгородские купца были казнены в Ревеле. Хотя они и совершили тяжкие преступления, но Иван Васильевич не хотел оставлять без наказания нового самоуправства немцев. Он велел схватить в Новгороде всех немецких купцов и посадить их в тюрьмы. Немецкие гостиные дворы и церковь были закрыты, товары переписаны и отправлены в Москву. Таким образом прекратилось участие Новгорода в Ганзейском союзе. Несколько раз после этого возобновлялись другими русскими царями торговые договоры с немецкими городами, но Новгород не играл уже в них такой роли, какую играл раньше.
