Над метущимся и бунтующим Новгородом носилось что-то зловещее и таинственное. Мрачные предзнаменования и предсказания смущали волнующихся жителей. Отшельник Соловецкого монастыря преподобный Зосима пришел в Новгород и обратился к Марфе за заступничеством против бояр, притеснявших иноков в ее владениях на Белом море. Марфа не приняла его сначала, и он сказал, уходя из ее дома: «Придут дни, когда живущие в доме сем не оставят в нем следов своих, и затворятся двери дома сего, и двор их будет пуст». Вече и духовенство стало на сторону Зосимы и дало инокам в полное владение Соловецкий остров. Марфа одумалась и пригласила к себе на пир отшельника. Посреди пира Зосима вдруг с ужасом посмотрел на сидевших вокруг него бояр и молча заплакал. Потом он сказал спрашивавшим его, что видел, как вдруг не стало голов у нескольких бояр, сидевших за столом. Это были те самые четыре боярина, которым князь Иван велел отрубить потом голову. Была страшная буря в эти дни в Новгороде и сломала крест на соборе Св. Софии, видели кровь на гробницах двух архиепископов, почивающих в соборе, у Хутынского Спаса сами собой зазвонили колокола, из очей Богородицы на иконе в одном женском монастыре показались слезы, показались также слезы у Николы Чудотворца, а на Федоровой улице полилась вдруг вода с ветвей и вершины ветл.
Громадная великокняжеская рать подступила к Новгороду со всех сторон и застала жителей врасплох. Поспешно набранное войско новгородское было многочисленно, но состояло из неопытных и неумелых людей. Городские плотники, гончары, перевозчики так же, как и сельские жители, силком выгонялись на войну. 13 июня 1471 года произошла битва у Коростыня, между озером Ильменем и Руссою. В первый же день произошло разногласие в новгородском войске. Конный владычный полк не помогал пехоте, потому что владыка велел им драться с псковичами, но запретил поднимать руку на людей великого князя. Неопытные воины не выдержали дружного натиска боевых москвичей и обратились в бегство. Снова поднялся бунт в Новгороде. Меньшие люди роптали на больших, втянувших их в войну с московским князем. Они отказывались продолжать войну, говоря, что у них нет ни коней, ни доспехов, что они и без того разорены вконец. Решено было отправить посольство к князю для переговоров о мире. Между тем предводители литовской партии снарядили новое войско, еще более многочисленное и на этот раз из людей более опытных. Войско подошло к реке Шелони, москвичи, стоявшие на другом берегу, перебрались через реку, и началась битва. Победа клонилась уже на сторону новгородцев, когда татарская рать вышла из засады и ударила на них с тыла. Произошло страшное сражение, и снова новгородцы были обращены в бегство. Все главные воеводы и между ними сын Марфы, Димитрий, попали в плен. Разбирая обоз, предводитель московского войска нашел между разными бумагами договорную грамоту новгородцев с Казимиром. Вместе с вестью о победе он послал эту грамоту великому князю, находившемуся в Яжелбицах. Главные воеводы новгородские были казнены, остальные отправлены в Москву и Коломну в заточение. Новгородцы поспешили отправить посла к Казимиру, чтобы он шел на выручку. Но ливонские немцы не пропустили посла через свои земли. Великий князь подходил уже к Руссе, и новгородцам оставалось только думать о защите собственного города. Междоусобия не прекращались, но партия Борецкой, состоявшая из богатой молодежи, все еще не хотела сдаваться. По ее распоряжению были сожжены все посады около Новгорода. Но толпы народа, набежавшего из побежденных и сожженных посадов, произвели страшную дороговизну съестных припасов. Ржаного хлеба не было, да и пшеничного осталось немного. Опять восстали бедняки на богатых, опять посыпались укоры на партию Борецких, втянувшую в войну с Москвой. Сторонники партии, которая поддерживала их прежде деньгами, отрекались теперь от нее и искали спасения у приверженцев Москвы. Один из них, некий Упадыш, заколотил даже пушки, чтобы оказать содействие московскому войску. Он был казнен, как изменник. «Лучше бы тебе, Упадыш, не быть в утробе материей, чем наречься предателем Новгорода», — говорит летописец.
