Митрополит Антоний председательствовал на общецерковном заграничном собрании, созванном в ноябре-декабре 1921 г. в сербском городе Сремские Кар-ловцы. Собрание (позже переименованное в Русский Всезаграничный Церковный Собор) положило начало длительному разделению Русской православной церкви под управлением патриарха Московского и зарубежной православной церкви. С одной стороны, расхождение имело канонический характер, так как карло-вацкое собрание, формально признавая высшую власть патриарха Московского и всея Руси, образовало особое высшее церковное управление за границей под председательством митрополита Антония, который без ведома и согласия патриарха Тихона был назван его заместителем. Под влиянием монархистов, верховодивших на общецерковном собрании, было принято «Послание чадам русской православной церкви, в рассеянии и изгнании сущим», в котором говорилось, что Господь «вернет на всероссийский престол Помазанника, сильного любовью народа, законного православного царя из дома Романовых». В специальном послании государствам — участникам Генуэзской мирной конференции говорилось: «Народы Европы! Народы Мира! Пожалейте наш добрый, открытый, благородный по сердцу русский народ, попавший в руки мировых злодеев! Не поддерживайте их, не укрепляйте их против ваших детей и внуков! А лучше помогите честным русским гражданам. Дайте им в руки оружие, дайте им своих добровольцев и помогите изгнать большевиков — этот культ убийства, грабежа и богохульства — из России и всего мира». С такими призывами согласились не все участники карловацкого собрания. Часть членов собрания уклонилась от участия в голосовании, сделав заявление, что «постановка вопроса о монархии... носит политический характер и как таковая обсуждению церковного собрания не подлежит», а архиепископ Евлогий призывал не ставить под удар церковь в России. Однако радикально настроенное большинство настояло на своем.
Патриарх Тихон издал указ, гласивший: «Я признаю Карловацкий собор заграничного духовенства и мирян не имеющим канонического значения и послание его о восстановлении династии Романовых и обращение к Генуэзской конференции не выражающими официального голоса Русской Церкви». Патриарх упразднил высшее церковное управление за границей. Сначала митрополит Антоний собирался подчиниться. Более того, он хотел отказаться от политической деятельности, снять с себя сан митрополита и провести остаток жизни простым монахом в Афонском монастыре. Но этим намерениям не суждено было исполниться. Епископы подчинились указу только формально. Выразив сыновье почтение патриарху, они распустили высшее церковное управление и тут же создали архиерейский Синод во главе с тем же митрополитом Антонием. Таким образом, центр управления зарубежной церковью в Сремских Карловцах полностью сохранялся, хотя и под иным наименованием.
Антоний и его коллеги по Синоду считали, что патриарх Тихон, находящийся во власти воинствующего атеистического режима, не может быть полностью свободен в своих решениях. В качестве веского подтверждения своих подозрений они указывали на тот факт, что буквально на следующий день после опубликования указа святейший патриарх был взят под домашний арест. С точки зрения советских властей, за патриархом уже числилось множество прегрешений, а последней каплей, переполнившей чашу терпения большевиков, стал протест церковных иерархов против изъятия церковных ценностей. Московский ревтрибунал постановил привлечь «граждан Белавина и Феноменова, именуемых организацией православной иерархии, первый — патриархом Тихоном, второй — архиепископом Никандром, к судебной ответственности».
Из Донского монастыря патриарха Тихона привозили на допросы на Лубянку. Через год патриарх обратился в Верховный Суд РСФСР с покаянным заявлением: «Будучи воспитан в монархическом обществе и находясь до самого ареста под влиянием антисоветских лиц, я действительно был настроен к советской власти враждебно, причем враждебность из пассивного состояния временами переходила к активным действиям, как то: обращение по поводу Брестского мира 1918 г., анафематствование в том же году власти, и, наконец, воззвание против декрета об изъятии церковных ценностей в 1922 г... Признавая правильность решения суда о привлечении меня к уголовной ответственности... за антисоветскую деятельность, я раскаиваюсь в своих поступках против государственного строя и прошу Верховный Суд изменить мне меру пресечения, т.е. освободить меня из-под стражи. При этом я заявляю Верховному Суду, что отныне я Советской власти не враг. Я окончательно и решительно отмежевываюсь как от зарубежной, так и от внутренней монархическо-белогвардейской контрреволюции».
