Мир позволил ирокезам восстановить определенную демографическую стабильность, но принес новые проблемы, поскольку французские миссионеры-иезуиты начали проводить среди них евангелизацию, разделив каждый из пяти народов по внутреннему признаку. Ирокезы, в частности, понесли потери, когда новообращенные переселились вдоль реки Святого Лаврентия. Отделение католиков-каунавагов (названных так по названию их крупнейшего поселения) было самым драматичным примером фракционирования, но все пять наций разделились внутри на франкофильское, нейтралистское и англофильское крылья. Внутри Совета Конфедерации англофилы одержали верх и в 1677 году создали торговый и стратегический союз, Цепь Завета, с правительством Нью-Йорка, а затем и с колониями от Виргинии до Новой Англии. Английская поддержка и оружие позволили Конфедерации в последней четверти века начать агрессивную политику, направленную на проникновение во "французские торговые и союзные системы, которые распространялись на регионы Великих озер и долины Миссисипи".5 Результат почти неизбежен. 5 Результатом, почти неизбежно, стало возобновление прежней модели военных действий, которая после 1689 года слилась в первый англо-французский колониальный конфликт, Войну короля Вильгельма.
Союз Онондаги с англичанами оказался губительным, поскольку за время мирной жизни французы создали весьма эффективную систему союзов с алгонкиноязычными группами беженцев , которых ирокезские воины в первой половине века вытеснили далеко на запад, за озеро Мичиган. Ключом к этой французской системе союзов была способность миссионеров, торговцев и чиновников взять на себя культурную роль отца, как это понималось среди индейцев бассейна верхних Великих озер, или pays d'en haut. Поскольку алгонкинские отцы не наказывали своих детей, а стремились создать гармонию, их реальная власть проистекала из способности дарить подарки и выступать посредниками в спорах; отцы могли убеждать, но не могли стремиться к прямому контролю, не теряя при этом своего морального авторитета. Французские посредники действовали именно таким образом среди разрозненных, часто взаимно враждебных народов-беженцев pays d'en haut, групп, которые мало что разделяли, кроме общей истории вражды с ирокезами. Под направляющим влиянием "Ононтио", как алгонкины называли французского генерал-губернатора (и, соответственно, короля, которого он представлял, а также священников, торговцев и военных, которые представляли его среди индейцев), деревни беженцев постепенно объединились в систему союзов, в центре которой была французская власть. Французские дипломатические подарки, торговые отношения с акцентом на взаимность, а не на конкуренцию, французское оружие и военная помощь стали валютой власти для вождей, возглавлявших группы беженцев. Таким образом, по мере того как ирокезы укрепляли свои связи с англичанами в рамках Ковенантской цепи, Ононтио создал весьма эффективный противовес их власти.6
Если в начале века сравнительно сплоченные Пять Народов обычно имели преимущество над своими разобщенными врагами, то возобновление военных действий приносило поражение за поражением и перенесло войну в самое сердце Ирокезии. Осознав, что англичане - некомпетентные военные союзники, военачальники, представлявшие англофильскую, франкофильскую и нейтралистскую фракции, боролись за контроль над политикой, пока Конфедерация не развалилась на части. В конце концов главы различных фракций заключили внутреннее перемирие, которое позволило ирокезским дипломатам заключить мирный договор с французами в Монреале и одновременно возобновить Ковенантскую цепь с англичанами в Олбани. Эти соглашения, известные как Великое урегулирование 1701 года, сохранили независимость Пяти наций и открыли новую эру нейтралитета в ирокезской дипломатии.7
По мере того как в Большом совете постепенно утихали фракции, хрупкое соглашение о том, чтобы оставаться в стороне от англо-французских споров, переросло в прочный консенсус о том, что можно извлечь выгоду, разыгрывая одну европейскую группу против другой и не позволяя ни одной из них занять господствующее положение. Таким образом, ирокезский нейтралитет стал одновременно и основой стабильности внутри лиги, и источником власти для влияния на отношения между враждующими империями. Нейтралитет означал для Пяти Народов не пассивность или пацифизм, а скорее проведение трех взаимодополняющих, активных политик: враждебность к индейским народам далеко на юге, особенно к чероки и катавбасам Южной Каролины; сотрудничество с правительством Пенсильвании для получения контроля над индейскими народами и землями на южном фланге Ирокезии; и мир с "дальними индейцами", или союзными Франции алгонкинами из pays d'en haut и верхней части долины Миссисипи.8