Дальнейший ход переговоров с генералом Флугом целиком взял в свои руки Александр Гаттенбергер. На вечер того же дня, 28 апреля, он назначил членам делегации «деловое свидание, к которому обещал пригласить нескольких лиц». С собой он привёл трёх офицеров, представленных руководителями офицерской подпольной организации, обозначенной в качестве беспартийной, но находящейся под патронажем областнического кружка Потанина. К сожалению, фамилии тех трёх человек Флуг также весьма тщательно зашифровал в своих воспоминаниях, поэтому мы можем только догадываться по поводу того, кто именно присутствовал тогда на встрече с членами корниловской делегации. С относительной степенью уверенности мы можем предположить, что этими офицерами вполне могли оказаться полковник Николай Николаевич Сумароков и подполковник Анатолий Николаевич Пепеляев, третьим подпольщиком, возможно, был полковник Евгений Кондратьевич Вишневский. По версии некоторых комментаторов, им также мог оказаться и поручик Борис Михайлович Михайловский.
Прибывшие на встречу офицеры рассказали Флугу и Глухарёву, что в их подпольных организациях в общей сложности состоит около одной тысячи человек, главным образом офицеров. Что они уже вышли к тому времени из финансовой зависимости от эсеровского комитета, что деньги теперь для них регулярно поступают от местных торгово-промышленных кругов, а также из Харбина, от Комитета защиты Родины и Учредительного собрания, что в общей сложности за истекший период офицерские организации получили из указанных источников около 700 тысяч рублей. Тех средств с избытком, надо полагать, хватило, чтобы последние два месяца выплачивать членам организации в среднем по 200 рублей[187]. (В современном исчислении что-то около 30 тысяч.) Проценты по кредитам тогда вряд ли кто платил, так что полученных средств было вполне достаточно, чтобы довольно сносно существовать, при этом, собственно, как правило, не обременяя себя никакой регулярной практической деятельностью, опасаясь лишь ареста и связанных с ним разного рода неприятностей, могущих, впрочем, оказаться весьма серьёзными.
Так, например, незадолго до приезда Флуга и Глухарёва в Томске оказались провалены сразу два подпольных учебных центра. Один, как выяснилось, находился буквально в нескольких кварталах от губернского исполкома, в здании духовной семинарии. В годы мировой войны помещения семинарии царские власти перепрофилировали под казармы запасных частей, а после их демобилизации опустевшие классы бывшего религиозного училища, теперь уже по распоряжению большевиков приспособили для общежития инвалидов войны, здесь же были открыты и несколько кустарных мастерских для них, лавка для продажи произведённой продукции ну и т. п. Пользуясь этим обстоятельством, томские подпольщики под видом кружка по интересам для инвалидов открыли в одном из помещений общежития свой учебный центр, куда, по всей видимости, приглашались члены организации из числа гражданских лиц, не имевших опыта обращения с оружием, для прохождения курса начальной военной подготовки. Частое посещение приюта для инвалидов молодыми людьми из богатых семей вскоре вызвало вполне естественные подозрения у соответствующих органов, и вскоре для осмотра здания бывшей духовной семинарии прибыл отряд Красной гвардии. В результате проведённого обыска красногвардейцам удалось обнаружить в одном из классов учебное оружие, а также задержать некоторое количество посторонних лиц — не инвалидов. Так произошел первый провал.
А вскоре после него случился и второй: события имели место в посёлке Басандайка (пригород Томска). Там на небольшом свечном заводе, принадлежавшем Томской епархии, было обнаружено целое общежитие офицеров-подпольщиков, то ли работавших, то ли формально числившихся в качестве рабочих. И всё бы ничего, многие офицеры, как мы знаем, подрабатывали в тот период практически где угодно и кем угодно, но вот только все проживавшие в общежитии на Басандайке оказались не прошедшими регистрации, и поэтому их сразу же задержали по подозрению в организации антисоветского подпольного сопротивления. По одному только этому делу за решёткой оказалось более 30 человек.
Значительные потери в живой силе понесла в тот же период и местная эсеровская подпольная группировка. В апреле в связи с кражей винтовок со складов 39-го стрелкового полка и выявившимися в ходе расследования данного дела обстоятельствами были произведены массовые аресты членов городской эсеровской организации, среди которых оказались и некоторые боевики из числа подпольщиков.