Насильственная инкорпорация Эстонии, Латвии и Литвы в состав Советского Союза создает еще один общий для этих стран признак: в отличие от остальных республик СССР, Эстония, Латвия и Литва имели свой опыт национальной государственности в период между двумя мировыми войнами, свои конституции, свое законодательство и свои государственные институты, достаточно успешно функционировавшие на протяжении двух десятилетий независимости. Все кончилось 24 августа 1939 года, когда Советский Союз и национал-социалистическая Германии подписали печально известный пакт о ненападении, вошедший в историю как пакт Молотова-Рибентроппа. Пакт содержал секретный протокол, в соответствии с которым страны Северной и Восточной Европы делились на сферы советского и немецкого влияния. Эстония и Латвия были определены в сферу влияния Советского Союза, Литва же изначально предназначалась Германии и перешла в «советскую зону» после поражения Польши. В сентябре-октябре 1939 года Эстония, Латвия и Литва подписали пакты о взаимопомощи с Советским Союзом, предоставлявшие советскому правительству право создавать на их территориях воздушные и морские военные базы, а также располагать войска. Под предлогом невыполнения прибалтийскими государствами условий этих пактов Советский Союз предъявил ультиматум Литве 15 июня 1940 года, а на следующий день — Эстонии и Латвии. В числе заявленных требований были формирование правительств, способных обеспечить надлежащие выполнение положений пактов о взаимопомощи с СССР, а также ввод дополнительных войск на территории этих стран. Конституционные преобразования «по-советски» начались в конце июня посредством спешного формирования временных «народных правительств». Чтобы легитимировать новый режим, уже в июле 1940 г. были проведены выборы в народные ассамблеи. Выборы были организованы спешно и в полном соответствии с советскими порядками, период для назначения кандидатов был сокращен до нескольких дней. Желаемым результатом было сокращение числа кандидатов до одного, единственного и неповторимого, имеющего право участвовать в этих псевдовыборах. Избирательные процедуры открыто нарушали конституции Эстонии, Латвии и Литвы, формально еще действовавшие на территории этих стран. Свежеизбранные марионеточные народные ассамблеи не замедлили обратиться с заявлением о вхождении в состав Советского Союза, и в самом начале августа 1940 г. процедура насильственной инкорпорации была завершена: Эстония, Латвия и Литва стали Эстонской, Латвийской и Литовской советскими социалистическими республиками.
По мнению известного специалиста по данному региону Кэролайн Таубе, описанные выше действия Советского Союза представляли собой акт агрессии и грубо нарушали двусторонние договоры о мире 1920 года, посредством которых Эстонии, Латвии и Литве была предоставлена независимость. Данный акт агрессии может быть разделен на три преступления с точки зрения международного права — агрессия и угроза применения насилия (события июня 1940 года), оккупация (политический захват власти посредством спешно организованных выборов, фальсифицирования их результатов и формирования марионеточных правительств в июне-июле 1940 года) и непосредственно аннексия (август 1940 года). Неудивительно, что действия СССР по отношению к Эстонии, Латвии и Литве не получили признания со стороны международного сообщества в 1940 году[80]. В рамках первой советской оккупации прошли массовые депортации и расправы над «врагами народа»; президенты Эстонии и Латвии оказались в заключении и затем скончались в сибирской ссылке. Массовые депортации проводились в соответствии с Приказом НКВД СССР № 001223 «О процедуре депортации антисоветских элементов в Литве, Латвии и Эстонии». Первая оккупация продолжалась до июля 1941 года, когда на территории Эстонии и Латвии, а затем Литвы пришли немецкие войска. Население поначалу воспряло духом и приветствовало немцев как освободителей. Однако очень скоро стало очевидно, что смена оккупанта не изменила характер оккупации — массовые депортации, политические репрессии и расстрелы продолжались.
Прибалтика, тем не менее, не оставляла попытки вернуть независимость. После начала Германией войны против Советского Союза в июне 1941 года литовцы свергли советскую власть. Началось так называемое Июньское восстание, центрами которого были Каунас и Вильнюс. Восставшие провозгласили независимость и создали Временное правительство, которое в итоге продержалось чуть более месяца[81]. Очень быстро территорию Литвы заняли войска вермахта, в задачу которых входило не восстановление политических институтов независимой Литвы, а создание на территории страны собственной администрации. 5 августа того же года Временное правительство приняло решение о само рос пуске.