В тот же самый день Акаев приступил к сведению счетов с коммунистической партией, активно стремившейся саботировать президентские реформы. Акаев действовал примерно по той же модели, что и Ельцин: был издан ряд указов, в том числе и указ о деполитизации, при этом Генеральной прокуратуре республики было поручено инициировать расследование в отношении руководящей верхушки киргизской коммунистической партии. Деятельность партии была запрещена, ее активы конфискованы, сама же партия была на определенное время выбита из политического процесса. К этому моменту в рядах недовольных Акаевым уже были не только коммунисты. Партии демократического толка, сформированные в основном из этнических кыргызов, также имели претензии к президенту, который, по их мнению, не отдавал должный приоритет интересам коренного населения страны. Акаев, со своей стороны, настаивал на том, что Кыргызстан — это многонациональное государство, и, значит, все этнические группы должны играть свою роль в создании нового имиджа Кыргызстана. Этот новый имидж тоже не всем нравился. С одной стороны, Акаев и его сподвижники желали, чтобы их воспринимали как квазиевропейцев. Именно поэтому, в частности, президент призывал немецкий сегмент населения не покидать страну. С другой стороны, Кыргызстан незамедлительно стал налаживать экономическое взаимодействие с Китаем, результатом чего стало подписание ряда соглашений об экономическом сотрудничестве. Южнокорейские деловые круги также стали проявлять возрастающий интерес к Кыргызстану.
В 1992 году стартовала амбициозная программа приватизации государственных активов и перехода к рыночной экономике. К сожалению, реализация этой программы оказалась под угрозой из-за катастрофического состояния экономики страны. Кыргызстан был очень тесно связан с экономикой СССР, возможно, более тесно, чем другие среднеазиатские республики, и, соответственно, сильнее пострадал в результате прекращения привычных поставок из центра. Политическая элита полагала, что усугубляющийся экономический кризис являлся одним из основных препятствий для создания в стране образцовой демократии. К концу 1992 года спад промышленного и сельскохозяйственного производства достиг 20 %. Массовая безработица постепенно превращалась в реальную угрозу, в особенности с учетом того обстоятельства, что программа приватизации подразумевала закрытие убыточных предприятий. Состоявшаяся в сентябре 1992 года либерализация цен обернулась акциями протеста недовольных граждан. Политические и экономические пертурбации сопровождались серией природных катаклизмов, обрушившихся на Кыргызстан весной и летом 1992 года. Наиболее разрушительным стало землетрясение в горах Сузамир, в результате которого страна понесла огромные убытки. Неоднократно в течение этого тяжелого года руководство республики выражало опасение, что без помощи из-за рубежа выживание страны может оказаться под вопросом.
В 1993 году парламент Кыргызстана принял Конституцию. В качестве формы правления была избрана смешанная (полупрезидентская) республика, а в тексте Основного закона присутствовал ряд трогательно знакомых положений, вызывавших четкие ассоциации с Конституцией России. Например, ч. 7 ст. 71 гласила, что в случае, если Жогорку Кенеш (однопалатный парламент) Кыргызской Республики в течение трех месяцев повторно примет решение о вотуме недоверия правительству Кыргызской Республики, президент объявляет об отставке правительства или распускает парламент. Ч. 3 ст. 42, как и ч. 3 ст. 80 Конституции, нивелировала принцип разделения властей посредством воспроизведения сакральной формулировки «Президент определяет основные направления внутренней и внешней политики государства». Более того, предыдущая Конституция Кыргызстана содержала положение, в соответствии с которым президент давал правительству указания в этой сфере без согласования с представителями других ветвей государственной власти (ст. 71 ч. 1 гласила, что президент вправе выступать на заседаниях правительства, ставить перед ним цели и задачи по достижению основных направлений внутренней и внешней политики государства). При этом ст. 7 Конституции, разумеется, устанавливала в качестве одного из основополагающих принцип разделения властей.
В 1994 году постепенно назревавший конфликт между президентом и парламентом страны стал явным. Когда находившееся в оппозиции президенту парламентское большинство призвало к бойкоту парламентской сессии, президент нанес ответный удар, объявив, что парламент фактически совершил са-мороспуск. В октябре состоялся спешно организованный референдум по вопросу изменения действующей Конституции, в ходе которого избиратели ОДОбрили предпочтительную для президента редакцию поправок. В мае 1995 года прошли парламентские выборы, победу на которых получили сторонники действующего президента. В декабре того же года Акаев одержал убедительную победу на президентских выборах. На время внутриполитические конфликты замерли.
