Внешняя политика Кыргызстана носила ярко выраженный миролюбивый характер. Неоднократно обозначая свои намерения создать демократию европейского образца, Акаев стремился сделать страну неким среднеазиатским аналогом нейтральной Швейцарии. В качестве приоритета международных отношений были провозглашены мирное сотрудничество и партнерство. Во внешнеполитической сфере президент открыто заявлял о том, что создание истинной демократии невозможно без политического плюрализма, и поощрял создание и функционирование оппозиционных политических партий. Еще более активно президент приветствовал создание и деятельность независимых средств массовой информации. Отдельного упоминания заслуживают усилия Акаева по предотвращению эмиграции из страны русскоязычного населения. Сначала был основан Славянский университет, в 1994 году была создана Ассамблея народов Кыргызстана, провозгласившая единство интересов всех этнических групп, проживающих на территории страны. Принятые в 2001 году поправки к Конституции наделили русский язык статусом официального языка Кыргызской Республики (государственным языком был провозглашен кыргызский язык).
В экономической сфере Акаев последовательно проводил политику создания основ рыночной экономики. Команда президента в достаточно короткие сроки ввела в стране национальную валюту, предприняла значительные усилия по установлению контроля над инфляцией, установила частную собственность на землю, поощряла создание частных фермерских хозяйств и проводила политику приватизации промышленности. Кыргызстан первым из стран СНГ стал членом ВТО. Политические оппоненты Акаева заявляли, что главной целью президента было обогащение его семьи, родственников и ближайших сподвижников. Вторым аргументом оппозиции было утверждение, что экономическая политика Акаева была первопричиной роста социальных проблем в стране. Помимо этого, звучали обвинения в стремительном повышении уровня коррупции в государственном аппарате и в нарастании авторитарных тенденций. В 2002 году взаимные обвинения команды президента и оппозиции сменились действиями. После осуждения в марте 2002 года одного из главных политических оппонентов Акаева Азимбека Бекназарова в Жалал-Абаде, одном из крупнейших городов в южной части страны, начались массовые демонстрации протеста, которые были жестоко подавлены властями. В мае восстания начались в Бишкеке, в ходе которых зазвучали призывы к свержению Акаева. Новое обострение внутриполитической ситуации произошло в начале 2005 года после парламентских выборов, в результате которых большинство мандатов в Жогорку Кенеш вновь получили сторонники президента, в том числе его сын Айдар и дочь Бермет. Оппозиция незамедлительно выступила с жесткой критикой результатов выборов, объявила руководство страны в фальсификации итогов голосования и призвала к акциям протеста против президента Акаева и его команды. Население, чей жизненный уровень катастрофически упал в результате рыночных реформ действующего президента, откликнулось на призыв оппозиции. В южной части страны начались восстания, которые очень быстро достигли столицы. 24 марта протестующие захватили президентский дворец, но президента в нем не оказалось: за несколько часов до этого Акаев с семьей срочно вылетел в Россию. 4 апреля Акаев встретился с парламентской делегацией и подписал заявление об отставке. Главой государства стал Курманбек Бакиев.
Очень яркой вехой развития Кыргызстана после обретения независимости является судебная реформа. Определенные изменения в судебной системе и иных правоохранительных органах были инициированы руководством страны еще в начале 1990-х годов и были проведены посредством принятия пакета нового законодательства, изданием ряда указов президента и актов правительства страны. Судебная реформа в Кыргызстане характерна тем, что она всегда являлась составной частью масштабной программы реформ, и ее основные направления обычно устанавливались в государственных программах (например, в Стратегии развития Кыргызской Республики до 2010 года). Помимо принятия нового законодательства о судах и статусе судей в качестве основных достижений кыргызской судебной реформы можно выделить следующее:
• запрет смертной казни и замена ее пожизненным заключением;
• значительное повышение доступности правосудия посредством освобождения истцов от уплаты судебных пошлин;
• существенное увеличение числа судей;
• создание Конституционного Суда (1993);
• создание Национального совета по делам правосудия в целях улучшения процедуры отбора кандидатов на судейские должности (2004);
• создание органов судейского самоуправления (Съезд судей и Совет судей);
• создание третейских судов (2002).