Первоначально Главком ВВС утвердил программу полёта на одни сутки с возможностью продления до трёх. Решение о продлении должна была принять Госкомиссия уже во время полёта. Споры между ВВС и промышленностью обострились. В итоге Королёву удалось убедить генералов, что программу полёта сложно будет выполнить за сутки, а упрощать её чрезмерно было невыгодно. На организацию запуска с двух столь зарубежных космодромов были потрачены немалые средства, и не только СССР, и теперь политическое руководство 6 стран ждало соответствующих результатов. Командование ВВС нехотя пошло на уступки. Каманин обсудил с космонавтами возможность двухсуточных полётов для обоих кораблей. Члены экипажей его поддержали. Но затем с космонавтами встретился Королёв и убедил их в необходимости трёхсуточного полёта. Каманин, возмущённый «вмешательством промышленности не в своё дело», оказал давление на космонавтов, и они обещали отстаивать двухсуточные полёты.
В споре с «промышленностью» Каманин попытался «объехать» Королёва, находившегося на Байконуре, и согласовать длительность с председателем Госкомиссии Смирновым и его заместителем Сергеем Алексеевичем Зверевым. Но Смирнов в отсутствие Королёва отказался даже обсуждать этот вопрос. А Зверев прислал Каманину официальное предложение Королева о трёхсуточных полётах с предложением его согласовать, чем вызвал крайнее негодование Николая Петровича.
20 апреля под председательством Л.В.Смирнова состоялось заседание комиссии по пуску. Каманин доложил, что космонавты готовы к трёхсуточному полёту, но продолжал настаивать, что лететь надо только на двое суток. Поэтому вопрос с продолжительностью полёта остался нерешённым. Но затем заместитель Главкома ВВС маршал Сергей Игнатьевич Руденко дал согласие на трёхсуточный полёт.
21 апреля все космонавты примеряли свои скафандры. Затем каждый экипаж садился в корабль и проводил там всю предстартовую подготовку. Вечером на техническом совещании было подтверждено, что оба корабля – 3КБ «Север-3» и 3КБ «Север-4» будут готовы к пуску 29 апреля.
Уже 22 апреля, сразу после старта Титова, две заранее отобранные группы космонавтов на самолётах Ту-114 вылетели во Французскую Гвиану и в Индию. Времени на подготовку было мало, а программа полёта была достаточно сложной.
27 апреля состоялось окончательное заседание Госкомиссии. Королёв доложил о готовности кораблей, а Каманин – о готовности космонавтов.
Групповой полёт стал возможен только за счёт тщательного сетевого планирования всей космической программы и связанных с ней работ множества субподрядчиков. ОКБ-918 заранее произвело доработки космических скафандров и аварийных комплектов НАЗ, а завод № 918 (НПО «Звезда») изготовил скафандры для всех 12 космонавтов, по индивидуальным меркам.
(В реальной истории к апрелю 1961 г были готовы только два скафандра – для Гагарина и Титова, а также после полёта Гагарина проводились множественные доработки КК «Восток», что задержало следующий полёт до августа 1961 года.)
Запуск обоих экипажей был осуществлён 29 апреля, с интервалом в несколько часов. Первым взлетел немецко-индийско-китайский экипаж – Вольфганг Бюттнер, Индер Мохан Чопра и Чжао Баотун, с космодрома Шрихарикота. Затем, выждав строго рассчитанное время, чтобы Земля под кораблём успела «провернуться» на заданный угол, с космодрома Куру был запущен второй корабль, с советско-французско-югославским экипажем – Андриян Николаев, Жан-Мари Саже и Любомир Зекавица (АИ). Продолжительность полёта установили от 1 до 3 суток, по состоянию членов экипажа.
(По такой же схеме производился запуск кораблей «Союз» и «Аполлон» в ходе миссии ЭПАС)
Если экипажу «Север-3» не требовалось совершать никаких сложных манёвров, то Николаеву, Саже и Зекавице пришлось после первого витка менять наклонение орбиты. Управление манёвром осуществлялось с советского судна контрольно-измерительного комплекса, находившегося в Тихом океане. По команде с Земли корабль «Север-4» был автоматически сориентирован, затем включился двигатель, и поданный импульс вывел его на орбиту, близкую к орбите «Север-3». За счёт точного расчёта орбит корабли оказались в нескольких километрах друг от друга. Разглядеть корабль партнёров визуально космонавтам не удалось, но как только Николаев включил систему сближения «Игла», её антенны тут же приняли сигнал корабля «Север-3». Экипажу «Север-4» оставалось только сориентировать корабль по пеленгу, рассчитать орбитальные параметры и дать импульс.
(АИ, в полёте «Восток-3» и «Восток-4» Николаев и Попович видели друг друга с расстояния около 6500 м, но там точность совпадения орбит при выведении из одной и той же географической точки была много лучше)